La plej frue iliroj vivis tie. Ekde la 2-a jarcento antaŭ Kristoromianoj havis tie urbon Theranda. Baldaŭe la loko nomiĝis jam Petrizên. Ekde 830 ĝi apartenis al la unua prabulgara imperio, poste al Bizanca imperio. En 1018 Prizren iĝis episkopejo. En 1072 la bulgaroj ribelis, sed post 1 jaroBizanco reakiris la potencon. Sekvis la serboj en 1189, sed poste la urbo denove apartenis al la dua prabulgara imperio, poste denove la serboj sekvis. La urbo estis grava komerca komunumo. Ekde 1545 longe ĝi apartenis al la Osmana Imperio, dume ĝi estis kultura centro de la albanoj. En 1878 Alianco de Prizren fondiĝis, kie estis ribelo de la albanoj kontraŭ la turkoj. La alianco deklaris sendependan Albanion en la 15-a de aŭgusto1880. En la Balkana milito la serboj okupis Prizren. Inter 1915-1918 la Habsburgoj okupis la urbon, poste ĝi estis parto de baldaŭ formiĝanta Jugoslavio. Dum la 2-a mondmilitoitaloj kaj albanoj okupis Prizren. Post disfalo de Jugoslavio la urbo apartenas al sendependa Kosovo.
En 1991 vivis en Prizren 175413 homoj, (132591 albanoj, 19423 bosnoj, 10950 serboj, 7227 turkoj, 3963 ciganoj kaj aliaj). En 2002 vivis en Prizren 221374 homoj, (180176 albanoj, 21266 bosnoj, 194 serboj, 14050 turkoj, 5148 ciganoj kaj aliaj).