Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
KDM5B
|
---|
|
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB |
Список кодів PDB |
2MA5, 2MNY, 2MNZ, 5A1F, 5A3N, 5A3P, 5A3T, 5A3W, 5FPL, 5FPU, 5FV3, 5FZ6, 5FUP, 5FUN, 5FZK, 5FYZ, 5FZ7, 5FZ9, 5FYU, 5FZB, 5FZC, 5FYT, 5FZ0, 5FYY, 5FZ1, 5FZ3, 5FZL, 5FZA, 5FZ4
| | |
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| KDM5B, CT31, JARID1B, PLU-1, PLU1, PPP1R98, PUT1, RBBP2H1A, RBP2-H1, lysine demethylase 5B, MRT65 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 605393 MGI: 1922855 HomoloGene: 48448 GeneCards: KDM5B
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • oxidoreductase activity • histone demethylase activity • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • sequence-specific double-stranded DNA binding • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity • GO:0031493 histone binding • zinc ion binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • methylated histone binding
|
---|
Клітинна компонента |
• нуклеоплазма • клітинне ядро • гіалоплазма • histone methyltransferase complex
|
---|
Біологічний процес |
• response to fungicide • positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • branching involved in mammary gland duct morphogenesis • uterus morphogenesis • ритмічний процес • regulation of estradiol secretion • post-embryonic development • cellular response to fibroblast growth factor stimulus • transcription, DNA-templated • single fertilization • mammary duct terminal end bud growth • GO:1901313 positive regulation of gene expression • lens fiber cell differentiation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 demethylation • cellular response to leukemia inhibitory factor • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • ремоделювання хроматину
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних
|
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 1: 202.72 – 202.81 Mb
| Хр. 1: 134.49 – 134.56 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
KDM5B (англ. Lysine demethylase 5B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 544 амінокислот, а молекулярна маса — 175 658[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MEAATTLHPG | | PRPALPLGGP | | GPLGEFLPPP | | ECPVFEPSWE | | EFADPFAFIH |
KIRPIAEQTG | | ICKVRPPPDW | | QPPFACDVDK | | LHFTPRIQRL | | NELEAQTRVK |
LNFLDQIAKY | | WELQGSTLKI | | PHVERKILDL | | FQLNKLVAEE | | GGFAVVCKDR |
KWTKIATKMG | | FAPGKAVGSH | | IRGHYERILN | | PYNLFLSGDS | | LRCLQKPNLT |
TDTKDKEYKP | | HDIPQRQSVQ | | PSETCPPARR | | AKRMRAEAMN | | IKIEPEETTE |
ARTHNLRRRM | | GCPTPKCENE | | KEMKSSIKQE | | PIERKDYIVE | | NEKEKPKSRS |
KKATNAVDLY | | VCLLCGSGND | | EDRLLLCDGC | | DDSYHTFCLI | | PPLHDVPKGD |
WRCPKCLAQE | | CSKPQEAFGF | | EQAARDYTLR | | TFGEMADAFK | | SDYFNMPVHM |
VPTELVEKEF | | WRLVSTIEED | | VTVEYGADIA | | SKEFGSGFPV | | RDGKIKLSPE |
EEEYLDSGWN | | LNNMPVMEQS | | VLAHITADIC | | GMKLPWLYVG | | MCFSSFCWHI |
EDHWSYSINY | | LHWGEPKTWY | | GVPGYAAEQL | | ENVMKKLAPE | | LFVSQPDLLH |
QLVTIMNPNT | | LMTHEVPVYR | | TNQCAGEFVI | | TFPRAYHSGF | | NQGFNFAEAV |
NFCTVDWLPL | | GRQCVEHYRL | | LHRYCVFSHD | | EMICKMASKA | | DVLDVVVAST |
VQKDMAIMIE | | DEKALRETVR | | KLGVIDSERM | | DFELLPDDER | | QCVKCKTTCF |
MSAISCSCKP | | GLLVCLHHVK | | ELCSCPPYKY | | KLRYRYTLDD | | LYPMMNALKL |
RAESYNEWAL | | NVNEALEAKI | | NKKKSLVSFK | | ALIEESEMKK | | FPDNDLLRHL |
RLVTQDAEKC | | ASVAQQLLNG | | KRQTRYRSGG | | GKSQNQLTVN | | ELRQFVTQLY |
ALPCVLSQTP | | LLKDLLNRVE | | DFQQHSQKLL | | SEETPSAAEL | | QDLLDVSFEF |
DVELPQLAEM | | RIRLEQARWL | | EEVQQACLDP | | SSLTLDDMRR | | LIDLGVGLAP |
YSAVEKAMAR | | LQELLTVSEH | | WDDKAKSLLK | | ARPRHSLNSL | | ATAVKEIEEI |
PAYLPNGAAL | | KDSVQRARDW | | LQDVEGLQAG | | GRVPVLDTLI | | ELVTRGRSIP |
VHLNSLPRLE | | TLVAEVQAWK | | ECAVNTFLTE | | NSPYSLLEVL | | CPRCDIGLLG |
LKRKQRKLKE | | PLPNGKKKST | | KLESLSDLER | | ALTESKETAS | | AMATLGEARL |
REMEALQSLR | | LANEGKLLSP | | LQDVDIKICL | | CQKAPAAPMI | | QCELCRDAFH |
TSCVAVPSIS | | QGLRIWLCPH | | CRRSEKPPLE | | KILPLLASLQ | | RIRVRLPEGD |
ALRYMIERTV | | NWQHRAQQLL | | SSGNLKFVQD | | RVGSGLLYSR | | WQASAGQVSD |
TNKVSQPPGT | | TSFSLPDDWD | | NRTSYLHSPF | | STGRSCIPLH | | GVSPEVNELL |
MEAQLLQVSL | | PEIQELYQTL | | LAKPSPAQQT | | DRSSPVRPSS | | EKNDCCRGKR |
DGINSLERKL | | KRRLEREGLS | | SERWERVKKM | | RTPKKKKIKL | | SHPKDMNNFK |
LERERSYELV | | RSAETHSLPS | | DTSYSEQEDS | | EDEDAICPAV | | SCLQPEGDEV |
DWVQCDGSCN | | QWFHQVCVGV | | SPEMAEKEDY | | ICVRCTVKDA | | PSRK |
Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, ацетиляція.
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза.
Локалізований у ядрі.
- Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. (2007). The Trithorax group protein Lid is a trimethyl histone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth. Genes Dev. 21: 537—551. PMID 17311883 DOI:10.1101/gad.1523007
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | |
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|