Јмол
Јмол је програм отвореног кода, написан у Јави, за приказивање хемијских структура у 3Д,[1] за чији рад нису неопходни додаци за 3Д убрзавање.[2] Јмол приказује 3Д репрезентацију молекула која се може користи у настави[3] и у истраживањима, нпр. у областима хемије и биохемије. Овај бесплатни софтвер отвореног кода написан у Јави се може користити на Виндоусу, Мац ОС X, Линуксу и Јуникс. Доступна је и самостална апликација, као и комплет алата за развој, који се могу интегрисати у друге Јава програме, као што су Биоцлипсе и Таверна.
| |
|---|---|
 Јмол је програм написан у Јави за приказивање тродимензионалних хемијских структура. | |
| Издавач: | Јмол развојни тим |
| Врста: | Молекулско моделовање |
| Лиценца: | ЛГПЛ |
| Wеб страница: | www.јмол.орг и wики.јмол.орг |
Популарно својство је апплет који може да буде интегрисан у веб странице ради приказивања молекула на разне начине. На пример, молекули се могу приказати као модели „лопти и штапова“, „просторно попуњавајући“ модели, „тракасти“ модели, етц.[4] Јмол подржава широк опсег молекуларних формата фајлова, уклучујући Протеин Дата Банк (пдб), кристалографски информациони фајл (циф), MDL молфајл (мол), и Цхемицал Маркуп Лангуаге (CML).[5]
Јмол аплет, поред других могућности, се може користити као алтернативу Чајм плугину,[3] чији је развој заустављен. Мада многа својатава Јмола нису доступна у Цхиме пакету, он није замишљен као свеукупна замена Цхиме функционалности (пре свега, скулптурног мода). Да бис користио Цхиме неопходно је да се инсталира плуг-ин и да се користи Интернет експлореру 6.0 или Фајерфоксу 2.0 на Мајкрософт виндоусу, или Нетскејп комуникатору 4.8 на Макинтош ОС9. За употребу Јмол-а неопходана је Јава инсталација, која се може користити на мноштву различитих платформи. На пример, Јмол је потпуно функционалан у Мозилином фајерфоксу, Интернет Експлореру, Опери, Гугловом Хрому и Сафарију.
Снимци екрана
уреди-
Кристална структура Х/АЦА кутије РНП из Пyроцоццус фуриосус.
-
Приказана су два сона моста хемоглобинског тетрамера (хемо група је доле десно).
-
Фрагмент транскрипционог фактора ТФИИИА, који формира три консекутивна мотива цинканог прста, везан за ДНК сегмент.
-
Еубактеријски 70С рибозом из Тхермус тхермопхилус.
Повезано
уредиРеференце
уреди- ↑ Цхен, Јим X. (2008), Спрингер, ур., Гуиде то Грапхицс Софтwаре Тоолс, п. 471, ИСБН 978-1-84800-900-4
- ↑ Wиллигхаген, Е.; Хоwард, M. (2007), „Фаст анд Сцриптабле Молецулар Грапхицс ин Wеб Броwсерс wитхоут Јава3Д”, Натуре Прецеедингс, ДОИ:10.1038/npre.2007.50.1
- ↑ 3,0 3,1 Херрáез, А (2006), „Биомолецулес ин тхе Цомпутер: Јмол то тхе Ресцуе”, Биоцхемистрy анд Молецулар Биологy Едуцатион 34 (4): 7, ДОИ:10.1002/bmb.2006.494034042644
- ↑ Херрáез, А (2007), Лулу, ур., Хоw то Усе Јмол то Студy анд Пресент Молецулар Струцтурес, Волуме 1, п. 21, ИСБН 978-1-84799-259-8
- ↑ Wиллигхаген, Е (2001), „Процессинг CML цонвентионс ин Јава”, Интернет Јоурнал оф Цхемистрy 4 (4): 1–9[мртав линк]
Спољашње везе
уреди- Јмол оффициал wеб сите
- Јмол wики wхере а лист оф Wебситес, Wикис, Моодлес, ... усинг Јмол ис аваилабле