Jmol

Niektorý z redaktorov požiadal o revíziu tohto článku. Redaktor si napríklad nie je istý, či neobsahuje obsahové chyby alebo je dostatočne zrozumiteľný. Prosím, opravte a zlepšite tento článok. Po úprave článku môžete túto poznámku odstrániť.

Jmol
Logo Trojdimenzionálna štruktúra strepavidínu zobrazená pomocou Jmolu
Základné informácie
Vývojár	tím vývojárov Jmolu
Posledná stabilná verzia	14.31.34, 7. marec 2021
Vyvinutý v	Java JavaScript (JSmol)
Operačný systém	Multiplatformový softvér
Lokalizácia	angličtina, čeština, čínstina, dánčina, francúzština, holandčina, indonézština, katalánčina, kórejčina, maďarčina, nemčina, portugalčina, španielčina, taliančina, turečtina, ukrajinčina[1]
Typ softvéru	molekulové modelovanie
Licencia	LGPL 2.0
Ďalšie odkazy
Webová stránka	www.jmol.org
Pozri aj Informačný portál

Jmol je počítačový softvér na molekulové modelovanie chemických štruktúr v 3 dimenziách.^[2] Jmol vykresľuje 3D reprezentáciu molekuly, ktorú možno použiť vo výuke^[3] alebo vo výskume, napríklad chemickom alebo biochemickom. Jmol je napísaný v jazyku Java, takže funguje na operačných systémoch Windows, macOS, Linux a Unix, ak je Java nainštalovaná.^[3] Je to free and open source softvér vydaný pod lincenciou GNU Lesser General Public License verziou 2.0.^[3] Existujú i samostatná aplikácia a software development kit,^[3] ktoré možno integrovať do iných aplikácií využívajúcich Javu, napríklad Bioclipse alebo Taverna.^{[chýba zdroj]}

Populárnym spôsobom použitia Jmolu je využitie appletu, ktorý možno vložiť na webové stránky a zobraziť molekuly rôznymi spôsobmi.^[4] Jmol podporuje mnoho formátov chemických súborov vrátane Protein Data Bank (.pdb), Crystallographic Information File (.cif), MDL molfile (.mol) a Chemical Markup Language (.cml).^[3] Takisto existuje i verzia postavená na JavaScripte (HTML5), JSmol, ktorú možno použiť na počítačoch bez Javy.^[5]

Applet Jmolu okrem iného podporuje i použitie ako alternatívu k Chime plug-inu,^[3] ktorý už nie je aktívne vyvíjaný. I keď Jmol má mnoho funkcií, ktoré Chime nemá, netvrdí, že by sa snažil reprodukovať všetky funkcie Chimeu a chýba hlavne mód Sculpt (mód na úpravu molekúl, napr. konformácií).^{[chýba zdroj]} Chime vyžadoval inštaláciu v podobe plug-inu a Internet Explorer 6.0 či Firefox 2.0 na Windowse alebo Netscape Communicator 4.8 na Mac OS 9.^{[chýba zdroj]} Jmol vyžaduje inštaláciu Javy a funguje na mnohých platformách.^[3] Je funkčný napríklad v Mozille Firefox, Internet Exploreri, Opere, Google Chrome i Safari.^[3]

• 
  Kryštálová štruktúra H/ACA boxu RNP z Pyrococcus furiosus.
• 
  Zvýraznenie dvoch soľných mostíkov v tetraméri hemoglobínu (hem je vpravo dole).
• 
  Fragment transkripčného faktoru TFIIIA, ktorý tvorí tri po sebe idúce zinkové prsty viazané na DNA.
• 
  Eubakteriálna 70S podjednotka ribozómu z Thermus thermophilus.

• Oficiálna stránka Archivované 2014-10-07 na Wayback Machine
• Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D. Nature Precedings, June 2007. Dostupné online. DOI: 10.1038/npre.2007.50.1.
• Rozšírenie Jmol pre MediaWiki
• Biomodel
• Molview

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Jmol na anglickej Wikipédii.

Chemický portál