Müzenin temeli 1945 yılında çevreden derlenen eserlerin Eskişehir Alaaddin Camii'nde depolanmasına dayanır. Daha sonra 1966 yılında Odunpazarı'nda bulunan Kurşunlu Külliyesi'ne taşınmıştır. Müzenin şimdiki yerine taşınması ise, 1974 yılında gerçekleşmiştir. Müzede 18 bine yakın eser bulunmaktadır.
3. Salon: Taş eserler sergilenir. Bunlar, Roma ve Bizans dönemlerinden mermer adak heykelcikleri, heykeller, lahitler, Şarhöyük (Dorylaeum) Roma dönemi yer mozaikleri ve Babadat kazısı buluntuları.
Ayrıca müzede, yöresel giysiler ile birlikte etnografik malzemelerin sergilendiği bir etnografya bölümü ile mermerheykel, pişmiş toprak küp gibi parçaların sergilendiği bir bahçe bulunmaktadır.
Mayıs 2001'de müze tadilata girmiştir. Eti grubunun sponsorluğunu üstlenerek tadilatını gerçekleştirdiği müzenin adı Eskişehir Eti Arkeoloji Müzesi olarak değiştirilmiştir. 29 Ekim 2010 tarihinde tekrar ziyarete açılması planlanan müze 30 Mayıs 2011 tarihinde Başbakan Erdoğan, Kültür ve Turizm Bakanı Ertuğrul Günay'ın da bulunduğu bir törenle açılmıştır.[1] Müzede TÜBİTAK'ın desteği ile ODTÜ tarafından geliştirilen dijital sergileme teknikleri kullanılımaktadır.[2]
