Jmol
| |
|---|---|
 Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura. | |
| Izdavač: | Jmol razvojni tim |
| Vrsta: | Molekulsko modelovanje |
| Licenca: | LGPL |
| Web stranica: | www.jmol.org i wiki.jmol.org |
Jmol je program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u 3D,[1] za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje.[2] Jmol prikazuje 3D reprezentaciju molekula koja se može koristi u nastavi[3] i u istraživanjima, npr. u oblastima hemije i biohemije. Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan u Javi se može koristiti na Vindousu, Mac OS X, Linuksu i Juniks. Dostupna je i samostalna aplikacija, kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što su Bioclipse i Taverna.
Popularno svojstvo je applet koji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova“, „prostorno popunjavajući“ modeli, „trakasti“ modeli, etc.[4] Jmol podržava širok opseg molekularnih formata fajlova, uklučujući Protein Data Bank (pdb), kristalografski informacioni fajl (cif), MDL molfajl (mol), i Chemical Markup Language (CML).[5]
Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativu Čajm pluginu,[3] čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna u Chime paketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamena Chime funkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristio Chime neophodno je da se instalira plug-in i da se koristi Internet eksploreru 6.0 ili Fajerfoksu 2.0 na Majkrosoft vindousu, ili Netskejp komunikatoru 4.8 na Makintoš OS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana je Java instalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan u Mozilinom fajerfoksu, Internet Eksploreru, Operi, Guglovom Hromu i Safariju.
-
Kristalna struktura H/ACA kutije RNP iz Pyrococcus furiosus.
-
Prikazana su dva sona mosta hemoglobinskog tetramera (hemo grupa je dole desno).
-
Fragment transkripcionog faktora TFIIIA, koji formira tri konsekutivna motiva cinkanog prsta, vezan za DNK segment.
-
Eubakterijski 70S ribozom iz Thermus thermophilus.
- Spisak molekulskih grafičkih sistema
- Spisak softvera za molekularno mehaničko modelovanje
- Chemistry Development Kit (CDK)
- Molekulska grafika
- PyMOL
- Jmol za Medijaviki
- ↑ Chen, Jim X. (2008), Springer, ur., Guide to Graphics Software Tools, p. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ↑ Willighagen, E.; Howard, M. (2007), „Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D”, Nature Preceedings, DOI:10.1038/npre.2007.50.1
- ↑ 3,0 3,1 Herráez, A (2006), „Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”, Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7, DOI:10.1002/bmb.2006.494034042644
- ↑ Herráez, A (2007), Lulu, ur., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, p. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
- ↑ Willighagen, E (2001), „Processing CML conventions in Java”, Internet Journal of Chemistry 4 (4): 1–9[mrtav link]
- Jmol official web site
- Jmol wiki where a list of Websites, Wikis, Moodles, ... using Jmol is available