Nella stagione 1946-47 la Serie B è strutturata in tre gironi con sessanta società che vi partecipano, la Pro Sesto viene inserita nel girone A. Le partite di campionato che si giocano a Sesto San Giovanni, in questa stagione vengono disputate sul Campo Falck, a causa dei lavori di ampliamento che interessano lo Stadio Breda. La direzione tecnica viene affidata all'austriaco Popovic, già del Bologna e della Lazio, affiancato da Mantegazza proveniente dal Parabiago, come direttore sportivo in seguito viene ingaggiato Eraldo Monzeglio. Nel girone A figurano ben ventidue squadre, la Pro Sesto con 41 punti in classifica si piazza a metà classifica in undicesima posizione, il torneo è stato vinto con 60 punti dalla Pro Patria che ritorna in Serie A.
^Partita sospesa per nebbia al minuto 61' sul punteggio di (1-0) e recuperata il 26 dicembre 1946.
^Gara sospesa per nebbia e recuperata il 23 gennaio 1947, sospesa al minuto 88' per invasione di campo dei tifosi sestesi, sul punteggio di (1-2). Assegnato lo (0-2) a tavolino su delibera della Lega Nazionale.
^Partita rinviata per la neve e recuperata il 9 febbraio 1947.
calcio
Pro Sesto
Carlo Mantegazza in aiuto a 
Alexander Popovic
Biellese
Savona
Varese
Spezia
Seregno
Lecco
Vigevano
Crema
Vogherese
Gallaratese