Die Arbeit der Humboldt-Stiftung wird ganz überwiegend gefördert aus öffentlichen Mitteln staatlicher und nicht-staatlicher Zuwendungsgeber. Dazu zählen unter anderem das Auswärtige Amt, das Bundesministerium für Bildung und Forschung, das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung, das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und nukleare Sicherheit.