井上 直也（いのうえ なおや、1955年 - ）は、日本の物理学の研究者である。埼玉大学理学部教授。 専門は宇宙放射線物理、高エネルギー物理。超高エネルギー宇宙粒子線の起源と化学組成、高エネルギー粒子相互作用についての実験的研究、シミュレーション研究を行っている。 埼玉大学の協定校、ボリビアのサン・アンドレス大学との協同研究も行っており、現地では標高5200メートルの高地で宇宙線の観測を行っている。