Hejduk inledde sin professionella ishockeykarriär i moderklubben HC Pardubice i den tjeckiska högsta ligan. Han valdes i fjärde rundan som 87:e spelare totalt i NHL Entry Draft 1994 av Quebec Nordiques. Inför säsongen 1998–99 värvades han av NHL-laget Colorado Avalanche. Hejduk fick under sin debutsäsong spela samtliga 82 matcher i grundserien, under vilka han noterades för 14 mål och 48 poäng. Han har under sina år i Colorado varit en av lagets främsta poängplockare, hans främsta säsong är 2002–03 då han gjorde sammanlagt 98 poäng, fördelat på 48 assist och 50 mål. Detta målfacit skulle rendera honom priset Maurice "Rocket" Richard Trophy som bästa målskytt i NHL under grundserien. Han vann Stanley Cup med Colorado Avalanche säsongen 2000–01. Hejduk är mest känd för sitt offensiva spel, då han var en spelartyp som noterades för mycket poäng. Han spelade över 1000 NHL-matcher (14 säsonger) för Colorado Avalanche och svarade för sammanlagt 805 poäng.
Under NHL-lockouten spelade han för sin tidigare moderklubbHC Pardubice, för vilka han noterades för 25 mål och 51 poäng på 48 spelade matcher.
I november 2013 meddelade Hejduk att han avslutar sin karriär som spelare, vilket blev officiellt efter OS i Sotji i februari 2014.
Tjeckien