CLEC4M

CLEC4M
CLEC4M
Доступные структуры
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB
Список идентификаторов PDB
	1K9J, 1SL6, 1XAR, 1XPH, 3JQH
Идентификаторы
Псевдонимы	CLEC4M, CD209L, CD299, DC-SIGN2, DC-SIGNR, DCSIGNR, HP10347, L-SIGN, LSIGN, C-type lectin domain family 4 member M
Внешние ID	OMIM: 605872 MGI: 2157942 HomoloGene: 129771 GeneCards: CLEC4M
Расположение гена (человек)
Расположение гена (человек)
Хр.	19-я хромосома человека
Конец	7,769,605 bp
Расположение гена (Мышь)
Расположение гена (Мышь)
Хр.	8-я хромосома мыши
Конец	3,798,984 bp
Паттерн экспрессии РНК
Паттерн экспрессии РНК
	Наибольшая экспрессия в
	right lobe of liver; ; germinal epithelium; ; pancreatic ductal cell; ; left adrenal cortex;
	Наибольшая экспрессия в
	skin of abdomen; ; muscle of thigh; ; right lung lobe; ; skin of external ear;
	Дополнительные справочные данные
	; ;
	Дополнительные справочные данные
Генная онтология
Генная онтология
Молекулярная функция	peptide antigen binding; virus receptor activity; связывание с ионом металла; calcium-dependent protein binding; mannose binding; virion binding; ICAM-3 receptor activity; связывание углеводов; signaling receptor activity; связывание с белками плазмы;
Компонент клетки	цитоплазма; часть мембраны; мембрана; клеточная мембрана; часть клеточной мембраны; внеклеточная область; host cell;
Биологический процесс	leukocyte cell-cell adhesion; cell-cell recognition; внутриклеточный перенос вируса; intracellular signal transduction; antigen processing and presentation; эндоцитоз; adaptive immune response; immune system process; viral genome replication; peptide antigen transport; modulation by virus of host process; врождённый иммунитет; вирусный процесс; virion attachment to host cell; viral entry into host cell;
	Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
Ортологи
	10332
	170786
	ENSG00000104938
	ENSMUSG00000031494
	Q9H2X3
	Q91ZX1
NM_001144904; NM_001144905; NM_001144906; NM_001144907; NM_001144908;
	NM_001144909; NM_001144910; NM_001144911; NM_014257; NM_214675; NM_214676
	NM_133238
NP_001138376; NP_001138377; NP_001138378; NP_001138379; NP_001138380;
	NP_001138381; NP_001138382; NP_001138383; NP_055072
	NP_573501
	Информация в Викиданных
Смотреть (человек)	Смотреть (мышь)

CLEC4M (англ. C-type lectin domain family 4 member M, лектин С-типа домен семейство 4 член M; CD299), или L-SIGN, — мембранный белок, лектин типа С. Продукт гена человека CLEC4M^[5].

Функции

Белок является мембранным белком 2-го типа. На 77% гомологичен белку CD209. Оба белка связывают белок клеточной адгезии ICAM-3 и вирусный белок HIV-1 gp120. Взаимодействие с HIV-1 gp120 повышает инфекцию вирусом T-лимфоцитов. Обнаружены множественные варианты белка из-за альтернативного сплайсинга. Ген CLEC4M находится на 19p13.3 в кластере с CD209 и CD23/FCER2^[6].

Относится к рецепторам опознавания паттерна, участвует в периферийном иммунном ответе в печени. Может опосредовать эндоцитоз патогенов, ведущего к последующей деградации патогена в лизосомах. Рецептор ICAM3 и, возможно, маннозо-подобных углеводов.

Примечания

↑ ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000104938 - Ensembl, May 2017
↑ ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031494 - Ensembl, May 2017
↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
↑ Yokoyama-Kobayashi M., Yamaguchi T., Sekine S., Kato S. Selection of cDNAs encoding putative type II membrane proteins on the cell surface from a human full-length cDNA bank (англ.) // Gene^[англ.] : journal. — Elsevier, 1999. — April (vol. 228, no. 1—2). — P. 161—167. — doi:10.1016/S0378-1119(99)00004-9. — PMID 10072769.
↑ Entrez Gene: CLEC4M C-type lectin domain family 4, member M (неопр.). Архивировано 21 августа 2018 года.

Литература

Baribaud F., Doms R.W., Pöhlmann S. The role of DC-SIGN and DC-SIGNR in HIV and Ebola virus infection: can potential therapeutics block virus transmission and dissemination? (англ.) // Expert Opin. Ther. Targets^[англ.] : journal. — 2006. — Vol. 6, no. 4. — P. 423—431. — doi:10.1517/14728222.6.4.423. — PMID 12223058.
Becker Y. HIV-1 gp120 binding to dendritic cell receptors mobilize the virus to the lymph nodes, but the induced IL-4 synthesis by FcepsilonRI+ hematopoietic cells damages the adaptive immunity--a review, hypothesis, and implications. (англ.) // Virus Genes : journal. — 2004. — Vol. 29, no. 1. — P. 147—165. — doi:10.1023/B:VIRU.0000032797.43537.d3. — PMID 15215692.
Lalor P.F., Lai W.K., Curbishley S.M. et al. Human hepatic sinusoidal endothelial cells can be distinguished by expression of phenotypic markers related to their specialised functions in vivo. (англ.) // World J. Gastroenterol.^[англ.] : journal. — 2006. — Vol. 12, no. 34. — P. 5429—5439. — doi:10.3748/wjg.v12.i34.5429. — PMID 17006978.
Curtis B.M., Scharnowske S., Watson A.J. Sequence and expression of a membrane-associated C-type lectin that exhibits CD4-independent binding of human immunodeficiency virus envelope glycoprotein gp120. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1992. — Vol. 89, no. 17. — P. 8356—8360. — doi:10.1073/pnas.89.17.8356. — PMID 1518869. — PMC 49917.
Gattegno L., Ramdani A., Jouault T. et al. Lectin-carbohydrate interactions and infectivity of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). (англ.) // AIDS Res. Hum. Retroviruses^[англ.] : journal. — 1992. — Vol. 8, no. 1. — P. 27—37. — doi:10.1089/aid.1992.8.27. — PMID 1736938.
Soilleux E.J., Barten R., Trowsdale J. DC-SIGN; a related gene, DC-SIGNR; and CD23 form a cluster on 19p13. (англ.) // J. Immunol. : journal. — 2000. — Vol. 165, no. 6. — P. 2937—2942. — doi:10.4049/jimmunol.165.6.2937. — PMID 10975799.
Pöhlmann S., Soilleux E.J., Baribaud F. et al. DC-SIGNR, a DC-SIGN homologue expressed in endothelial cells, binds to human and simian immunodeficiency viruses and activates infection in trans. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2001. — Vol. 98, no. 5. — P. 2670—2675. — doi:10.1073/pnas.051631398. — PMID 11226297. — PMC 30196.
Bashirova A.A., Geijtenbeek T.B., van Duijnhoven G.C. et al. A dendritic cell-specific intercellular adhesion molecule 3-grabbing nonintegrin (DC-SIGN)-related protein is highly expressed on human liver sinusoidal endothelial cells and promotes HIV-1 infection. (англ.) // Journal of Experimental Medicine^[англ.] : journal. — Rockefeller University Press^[англ.], 2001. — Vol. 193, no. 6. — P. 671—678. — doi:10.1084/jem.193.6.671. — PMID 11257134. — PMC 2193415.
Mummidi S., Catano G., Lam L. et al. Extensive repertoire of membrane-bound and soluble dendritic cell-specific ICAM-3-grabbing nonintegrin 1 (DC-SIGN1) and DC-SIGN2 isoforms. Inter-individual variation in expression of DC-SIGN transcripts. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — Vol. 276, no. 35. — P. 33196—33212. — doi:10.1074/jbc.M009807200. — PMID 11337487.
Mitchell D.A., Fadden A.J., Drickamer K. A novel mechanism of carbohydrate recognition by the C-type lectins DC-SIGN and DC-SIGNR. Subunit organization and binding to multivalent ligands. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — Vol. 276, no. 31. — P. 28939—28945. — doi:10.1074/jbc.M104565200. — PMID 11384997.
Feinberg H., Mitchell D.A., Drickamer K., Weis W.I. Structural basis for selective recognition of oligosaccharides by DC-SIGN and DC-SIGNR. (англ.) // Science : journal. — 2002. — Vol. 294, no. 5549. — P. 2163—2166. — doi:10.1126/science.1066371. — PMID 11739956.
Alvarez C.P., Lasala F., Carrillo J. et al. C-type lectins DC-SIGN and L-SIGN mediate cellular entry by Ebola virus in cis and in trans. (англ.) // J. Virol.^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 76, no. 13. — P. 6841—6844. — doi:10.1128/JVI.76.13.6841-6844.2002. — PMID 12050398. — PMC 136246.
Soilleux E.J., Morris L.S., Rushbrook S. et al. Expression of human immunodeficiency virus (HIV)-binding lectin DC-SIGNR: Consequences for HIV infection and immunity. (англ.) // Hum. Pathol.^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 33, no. 6. — P. 652—659. — doi:10.1053/hupa.2002.124036. — PMID 12152166.
Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H. et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
Lin G., Simmons G., Pöhlmann S. et al. Differential N-linked glycosylation of human immunodeficiency virus and Ebola virus envelope glycoproteins modulates interactions with DC-SIGN and DC-SIGNR. (англ.) // J. Virol.^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 77, no. 2. — P. 1337—1346. — doi:10.1128/JVI.77.2.1337-1346.2003. — PMID 12502850. — PMC 140807.
Pöhlmann S., Zhang J., Baribaud F. et al. Hepatitis C virus glycoproteins interact with DC-SIGN and DC-SIGNR. (англ.) // J. Virol.^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 77, no. 7. — P. 4070—4080. — doi:10.1128/JVI.77.7.4070-4080.2003. — PMID 12634366. — PMC 150620.
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T. et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.
Engering A., van Vliet S.J., Hebeda K. et al. Dynamic populations of dendritic cell-specific ICAM-3 grabbing nonintegrin-positive immature dendritic cells and liver/lymph node-specific ICAM-3 grabbing nonintegrin-positive endothelial cells in the outer zones of the paracortex of human lymph nodes. (англ.) // Am. J. Pathol.^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 164, no. 5. — P. 1587—1595. — doi:10.1016/S0002-9440(10)63717-0. — PMID 15111305. — PMC 1615649.

[refGRCh38EnsemblENSG00000104938-1] ¹ ² ³ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000104938 - Ensembl, May 2017

[refGRCm38EnsemblENSMUSG00000031494-2] ¹ ² ³ GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031494 - Ensembl, May 2017

[3] Ссылка на публикацию человека на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] Ссылка на публикацию мыши на PubMed: (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid10072769-5] Yokoyama-Kobayashi M., Yamaguchi T., Sekine S., Kato S. Selection of cDNAs encoding putative type II membrane proteins on the cell surface from a human full-length cDNA bank (англ.) // Gene^[англ.] : journal. — Elsevier, 1999. — April (vol. 228, no. 1—2). — P. 161—167. — doi:10.1016/S0378-1119(99)00004-9. — PMID 10072769.

[entrez-6] Entrez Gene: CLEC4M C-type lectin domain family 4, member M (неопр.). Архивировано 21 августа 2018 года.

[5]

[1]

[2]

[3]

[4]

[6]