* Apariții și goluri pentru echipa de club doar în cadrul campionatului intern la data de 29 decembrie 2015 # Selecții și goluri la națională până la data de 29 decembrie 2015
Pletikosa și-a început cariera de fotbalist în anul 1986 la juniorii lui Hajduk Split. În 1996, la 17 ani, a debutat pentru echipa mare a lui Hajduk Split, pentru care a evoluat până în anul 2003. Pletikosa a bifat 162 de prezențe în tricoul echipei sale, marcând 4 goluri. A câștigat cu Hajduk o ediție a Campionatului Croației, în anul 2001, și două cupe ale Croației, în 2002 și 2003.
În 2003, a fost acontat de către formația ucraineană Șahtior Donețk, alături de Darijo Srna, suma de transfer fiind de 2 milioane de euro.
În primele două sezoane petrecute de Pletikosa la Donețk, a evoluat în doar 28 de partide, astfel că a fost împrumutat la Hajduk Split, fosta sa formație, unde a mai evoluat în 22 de partide în sezonul 2005-2006.
A revenit la Șahtior Donețk după CM, însă a evoluat în doar 3 meciuri înainte să se transfere la Spartak Moscova. De la Donețk, a rămas cu un Campionat al Ucrainei câștigat în 2005 și o Cupă a Ucrainei câștigată în 2004.
În anul 2002, Croația s-a calificat la Campionatul Mondial de Fotbal 2002, iar Stipe Pletikosa a fost integralist în toate cele trei partide jucate de echipa sa la acest turneu final: împotriva Italiei, împotriva Mexic și în înfrângerea surprinzătoare cu deja-eliminata Ecuador, care a dat oportunitatea Italiei de a merge mai departe.
Pletikosa a ratat Campionatul European din 2004 din cauza unei accidentări suferite cu câteva zile înaintea turneului final, precum și o mare parte a preliminariilor pentru CM 2006, datorită titularizării lui Tomislav Butina. A revenit în poarta Croației însă la momentul cel mai potrivit: chiar la Campionatul Mondial de Fotbal 2006, unde, la fel ca în 2002, Croația a fost eliminată încă din faza grupelor.
În anul 2008, a fost selecționat la Campionatul European de Fotbal din Austria și Elveția. A evoluat în 3 din cele 4 meciuri susținute de echipa sa la acest turneu final, fiind declarat omul meciului în partida de debut a Croației la Euro 2008, împotriva Austriei. A ajuns cu echipa sa până în sferturi, unde a fost eliminat dramatic de către Turcia.