Wikipedysta:Filips-z-polsko/brudnopis
ZINC (ang: akronim rekurencyjny: ZINC is not commercial) - darmowa baza danych dostępnych handlowo struktur chemicznych, dostępna on-line. Jej głównym przeznaczeniem jest użycie zdeponowanych tam struktur w screeningu wirtualnym. Baza prowadzona jest przez Shoichet Laboratory Uniwersytetu Kalifornijskiego, San Francisco (UCSF).
Zawartość
[edytuj | edytuj kod]Baza ZINC gromadzi struktury związków chemicznych dostępnych handlowo u różnych dostawców. Przed importem do bazy struktury są filtrowane w celu odrzucenia związków nie spełniających reguł chemii medycznej (np zbyt duża masa molowa, obecność reaktywnych grup chemicznych itp). Dla każdej cząsteczki generowana jest jej struktura trójwymiarowa, protonowana w trzech warunkach pH: kwaśnym, obojętnym i zasadowym.
Zawartość bazy dostępna jest zarówno w zestawach (ang. subsets), dobieranych wg różnych kryteriów (np. parametrów fizykochemicznych)[1] jak i poprzez wyszukiwarkę struktur[2].
Struktury związków dostępne są w różnych formatach: SMILES, mol2, SDF i flexibase.
Statystyki
[edytuj | edytuj kod]Na dzień 2013-01-11 baza ZINC zawierała 19607982 struktur[1]. Tygodniowo przybywa ok. 40 tyś. nowych cząsteczek[3]. Miesięcznie pobieranych jest 1-2 TB danych.
Przypisy
[edytuj | edytuj kod]- ↑ a b Physical Property Subsets. [dostęp 2013-03-30].
- ↑ Structure search. [dostęp 2013-03-30].
- ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr
tytuł=|).