Morganella startte zijn carrière in de jeugdopleiding van FC Sion. In 2006 verkaste de verdediger naar FC Basel. In 2008 verlengde hij zijn contract tot medio 2011, maar dit had minder waarde door wat er gebeurde in de zomer van 2009. In die periode vertrok de rechtsback namelijk naar het Italiaanse Palermo. Hij werd de eerste Zwitserse speler van il Rosanero. Na een verhuurperiode bij Novara, verkocht Palermo op 31 januari 2011 de helft van zijn transferrechten aan die club, samen met die van Samir Ujkani. Op 22 juni 2012 maakte Palermo bekend beide spelers teruggehaald te hebben van Novara.[1] Na zes jaar verliet Morganella de Italiaanse club. Hierop ging hij spelen voor FC Rapperswil-Jona, waar hij voor twee jaar tekende.[2] In januari 2019 maakte Morganella de overstap naar Padova.[3] Bij deze club bleef hij een halfjaar actief, voor Livorno hem overnam.[4] Morganella keerde in september 2020 terug naar Zwitserland, waar FC Chiasso hem transfervrij overnam.[5] In februari 2023 ging hij voor FC Rancate spelen.[6] Eenhalf seizoen later keerde hij terug naar FC Chiasso.[7]
Zwitserland
Novara
Griekenland – Zwitserland