Neto komt uit de jeugdopleiding van Varzim SC. Hij maakte zijn profdebuut in 2006. In de zomer van 2011 vertrok hij als transfervrije speler naar CD Nacional. Na één seizoen plukte AC Siena hem daar weg. Op 2 december 2012 maakte hij zijn eerste doelpunt in de Serie A, tegen AS Roma. Siena verloor de wedstrijd na twee doelpunten van Mattia Destro en een van Simone Perrotta. Op 1 februari 2013 verliet Neto na zeven maanden Italië voor een avontuur bij het Russische Zenit Sint-Petersburg, dat een bedrag van 6,5 miljoen euro op tafel legde voor de centrumverdediger. Bij Zenit vond hij zijn landgenoten Bruno Alves en Danny terug. In mei 2017 speelde Neto zijn honderdste competitiewedstrijd voor Zenit.[1]