MTÜ JK FC Flora Tallinn is een Estse voetbalclub uit de hoofdstad Tallinn. In 1990 werd de club opgericht, maar in het relatief jonge bestaan is het wel een van de succesvolste clubs van Estland. De traditionele kleur is groen.
De club werd in 1990 opgericht en is zeer succesvol. De club heeft een record aantal landstitels op zijn naam staan, namelijk dertien. Flora is ook de grootste sportclub van het land. In 2005 werd de club vierde, het was de eerste keer in twaalf jaar dat Flora niet in de top drie eindigde.
Het tweede elftal speelt in de Esiliiga en ook FC Elva en Puudub behoren tot het netwerk van Flora. Tot 2011 was ook JK Tulevik Viljandi een satellietclub.
De club heeft ook een vrouwenafdeling die in 2024 voor de zevende maal kampioen werd in de Naiste Meistriliiga.
Sinds 1995 wist de club zich ook elk jaar voor Europees voetbal te plaatsen (behalve in 2014/15), het duurde wel tot het seizoen 2006/07 voordat de club een ronde verder kwam. Ook in 2019/20 kwam het een ronde verder, maar in de tweede kwalificatieronde van de UEFA Europa League verloor het over twee wedstrijden van Eintracht Frankfurt (1-2 thuis, 2-1 uit). In 2020 begon FC Flora in de eerste voorronde van de UEFA Champions League, maar het werd meteen uitgeschakeld door het LitouwseSūduva Marijampolė na strafschoppen. Men kon verder in de Europa League en het won zowel in de tweede voorronde (KR Reykjavík) als derde voorronde (Floriana FC), waardoor het in de play-offs terechtkwam. In die allerlaatste voorronde werd het als nog uitgeschakeld door Dinamo Zagreb (1-3), waardoor de groepsfase net niet werd bereikt.
In 2021/22 lukte dat wel. Er werd geschiedenis geschreven door als eerste Estische ploeg ooit de groepsfase van een Europees toernooi te bereiken.[1] In de beslissende play-offs voor de UEFA Conference League 2021/22 werd het IerseShamrock Rovers verslagen (2-0 thuis, 0-1 uit), waardoor de groepsfase een feit werd.
Pelle Pohlak
Zie Lijst van Europese wedstrijden van FC Flora Tallinn voor het hoofdartikel over dit onderwerp.
Aivar Pohlak (1990–91)
Raimondas Kotovas (1992)
Teitur Þórðarson (1995–99)
Arno Pijpers (2000–04)
Pasi Rautiainen (2006–08)
· 
· 