Koot speelde van 1984 tot 1991 voor PSV. Als voorstopper moest hij vooral concurreren voor zijn plek met Ivan Nielsen. Aangezien Nielsen een vaste waarde was, moest Koot het vooral hebben van invalbeurten of van een gewijzigde tactiek. In het seizoen 1987/1988 met Guus Hiddink inmiddels als trainer van PSV, was Koot vaak tweede voorstopper of nr.6, zodat libero Ronald Koeman een vrijere rol had. Vooral Europees kon Koot daardoor bijna alle wedstrijden spelen. Al zal hij de twee belangrijkste wedstrijden niet meespelen omdat toen juist Edward Linskens de voorkeur kreeg. In zeven jaar speelde Koot 111 competitiewedstrijden en maakte hij 3 doelpunten. Verder speelde hij dertien Europese wedstrijden, waarin hij één keer scoorde. In de eerste ronde van de Europacup I in het seizoen 87/88 scoorde Koot, in zijn eerste Europese wedstrijd, in de 89e minuut tegen Galatasaray. PSV won de wedstrijd met 3-0.
Na zijn PSV-tijd vertrok Koot naar AS Cannes. Hij speelde daar zeven jaar, van 1991 tot 1998 en 197 competitiewedstrijden. In zijn laatste seizoen in Cannes (1997-1998) was hij trainer/speler. Na nog één jaar Lille OSC als speler sloot Koot zijn carrière af. Daarna werd hij spelersmakelaar.
Nederland
Division 1
Engeland – Nederland 
Italië – Nederland 
Wales – Nederland 
Europacup I
Kampioen Eredivisie
KNVB beker
· 
· 
