Kepimpinan dan anggota briged ini mengenal pasti mereka sebagai sayap ketenteraan Fatah. Dalam laman sesawang mereka, dan poster mereka, mereka meletakkan lambang Fatah. Kepimpinan Fatah berkata mereka tidak pernah membuat keputusan mahupun mencipta briged ini, atau menjadikan mereka sayap ketenteraan. Sejak 2002, beberapa pemimpin Fatah dilaporkan cuba untuk mendapatkan briged tersebut untuk berhenti menyerang orang awam.[8]
Pada November 2003, wartawan BBC mendedahkan bayaran $50,000 setiap bulan oleh Fatah diberikan kepada briged ini.[9] Penyiasatan ini, digabungkan dengan dokumen yang ditemui oleh Angkatan Pertahanan Israel (IDF), dijalankan oleh kerajaan Israel untuk membuat kesimpulan bahawa Briged Syuhada al-Aqsa sentiasa dibiayai secara langsung oleh Yasser Arafat. Pada Jun 2004, Ahmed Qurei dari Fatah, yang kemudiannya menjadi Perdana Menteri Palestin, menyatakan secara terbuka bahawa: "Kami secara jelas mengisytiharkan Briged Syuhada al-Aqsa ialah sebahagian daripada Fatah. Kami komited kepada mereka dan Fatah memikul tanggungjawab penuh kepada kumpulan ini."[10]
Pada 18 Disember 2003, Fatah meminta pemimpin Briged Syuhada al-Aqsa untuk menyertai Majlis Fatah, mengiktiraf ia secara rasmi sebagai sebahagian daripada pertubuhan Fatah.[11]
Fatah