Il territorio basco ha tre aree distinte, che sono definite da due catene parallele dei Monti baschi. La catena principale di montagne forma lo spartiacque dei bacini atlantico e dell'Ebro e raggiunge il punto più alto nell'Aitzkorri, con 1.551 metri. Le tre aree sono le seguenti:

• Bacino atlantico — È la parte formata da varie valli con brevi fiumi che scorrono dalle montagne al Golfo di Biscaglia, come il Nervión, l'Urola o l'Oria. La costa è frastagliata, con alte ed ampie scogliere e piccole insenature. Le principali caratteristiche della costa sono la baia Bilbao Abra e l'estuario di Bilbao, l'estuario dell'Urdaibai e la baia Bidasoa-Txingudi che forma il confine con la Francia.
• Parte centrale — Tra le due catene di monti, è situata un'area formata essenzialmente da un alto altipiano chiamato Llanada Alavesa (pianure d'Álava) dov'è situata la capitale basca Vitoria-Gasteiz. I fiumi in quest'area scorrono verso sud dalle montagne dirigendosi verso il fiume Ebro: i principali sono lo Zadorra ed il Bayas.
• Valle dell'Ebro — Dalle montagne meridionali all'Ebro vi è infine l'area chiamata Rioja Alavesa, che condivide le caratteristiche mediterranee delle altre zone vicine della valle del lungo fiume spagnolo. Il clima è molto diverso rispetto alla zona atlantica, tanto che il territorio è sfruttato ampiamente a vigneti per la produzione del famoso vino Rioja.

Le montagne basche sono una sorta di spartiacque climatico del Paese Basco: le valli del nord, in Biscaglia e Gipuzkoa, nonché la valle di Ayala in Álava, fanno parte della zona in cui il clima oceanico è preponderante, con il suo clima umido tutto l'anno e temperature moderate.

La zona centrale è più continentale, con un clima quasi mediterraneo, ma con una certa influenza di quella oceanica settentrionale: questo provoca estati calde e secche ed inverni freddi e nevosi.

A sud invece la valle dell'Ebro ha un clima mediterraneo continentale, con inverni freddi e secchi ed estati molto calde e secche, con un picco di precipitazioni in primavera e in autunno. Le precipitazioni sono scarse ed irregolari.

Prima della Costituzione spagnola del 1978, con il suo sistema di comunità autonome, le province di Álava, Biscaglia e Gipuzkoa erano note con il nome spagnolo di Provincias Vascongadas.

È presente una fitta rete di autobus e treni.