Nel 2017, a quasi cent'anni dalla fondazione, lo storico club ha ottenuto il suo primo titolo nazionale battendo l'Opava nella finale per la coppa nazionale, ottenendo così di fatto l'accesso diretto alla fase a gironi della UEFA Europa League 2017-2018.
Fondata nel 1919 con il nome di SK Zlin, il club è una delle squadre più longeve della Repubblica Ceca. Nel corso della sua storia ha cambiato molte volte il nome societario, dovuto agli accordi con gli sponsor. Nel 1970 ottiene la sua prima partecipazione ad una competizione europea.
Nel 2012 la squadra acquisisce la nuova denominazione di ‘‘Fastav Zlin’’. Nonostante sia uno dei club più importanti in patria, il club vince il suo primo trofeo solo nel 2017, conquistando la Coppa della Repubblica Ceca. Questo trionfo permette ai cechi di prendere parte alla fase a gironi di UEFA Europa League 2017-2018, ma l’avventura europea di conclude con il quarto posto e soltanto due punti totalizzati nel gruppo F (alle spalle di Lokomotiv Mosca, Copenaghen e Sheriff Tiraspol).