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Sartorius - Cell Instance Segmentation Detect single neuronal cells in microscopy images

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DLLXW/kaggle-Sartorius

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kaggle-Sartorius

Sartorius - Cell Instance Segmentation Detect

我线下训练所用的环境:

  • mmcv-full 1.3.17
  • torch 1.7.1+cu101
  • torchvision 0.8.2+cu101

code

  • mmdetection-neuron-inference.ipynb :用于mmdet2.18的推理代码
  • swin-transformer-for-detection.ipynb:用于swin-transformer-for-detection的推理代码
  • mmdet-218/ 训练代码
  • swin-mmdet/ 训练代码

由于线上kaggle是cuda11.0,所以线上提交需要安装torch和mmcv-full都需要使用cuda11.0的版本(在我share的notebook:/input中全部包含完毕了,可直接使用)

summary

  • 数据集:coco-train/val

  • 方案一:最新版的mmdet-2.18.0

    • mask-rcnn-swin-small LB:30.6; CV(segm-mAP):22.6 配置文件在:qyl_config/swin_s.py
  • 方案二:Swin-Transformer-Object-Detection

    • cascade-mask-rcnn-swin-small LB:30.1 CV(segm-mAP):24 配置文件在:qyl_config/swin_s.py
    • cascade-mask-rcnn-swin-base LB:30.1 CV(segm-mAP):24.5 配置文件在:qyl_config/swin_b.py

train模型(单卡):

python tools/train.py ./qyl_config/swin_s.py --gpu-ids 3

To do

下一步要做的事情罗列:

  • 不同epoch波动大,所以需要改变验证策略
  • 线下验证集:使用官方验证集,参考,需要想办法将这个iou-mAP集成到mmdet的验证中
  • 五折训练,参考code区5-fold-coco数据集制作,但是五个模型的预测结果融合需要进一步思考(NMS or WBF ,能够针对MASK吗)
  • 调参:目前只是在默认配置上更改了训练尺度和一丁点的数据增强,感觉这两个方面还需呀进一步探索,根据dicussuion区讨论,mmdet的模型单折到32+是完全没问题的

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