Pandoravirus
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Pandoravirus est un genre de virus géants, le seul de la famille des Pandoraviridae.
Description
[modifier | modifier le code]Ces virus possèdent entre 1 900 et 2 500 gènes et leur complexité est telle qu'ils seraient assimilables à une nouvelle forme de vie[1],[2].
Leur nom est dû à la boîte de Pandore car leurs découvreurs, en 2013, appartenant au laboratoire Information génomique et structurale (CNRS/Université Aix-Marseille), associés au laboratoire Biologie à Grande Échelle (CEA/Inserm/Université Grenoble Alpes), équipe dirigée par Jean-Michel Claverie et Chantal Abergel, ont estimé que les caractéristiques de ces virus « ont fait penser à la boîte de Pandore : ouvrir cette boîte va véritablement briser les fondations de ce qu'on savait sur les virus jusqu'à présent [3] ». De plus, leur forme en amphore correspond à celle de la boîte de Pandore originelle dans la mythologie[2],[4].
Diversité génétique et gènes orphelins
[modifier | modifier le code]Malgré la grande similarité de leur forme et de leur fonctionnement, les six pandoravirus connus ne partagent que la moitié de leurs gènes codant des protéines, ce qui est tout à fait exceptionnel pour une même famille biologique.
Un autre caractère exceptionnel des pandoravirus est qu'ils possèdent un grand nombre de gènes orphelins, c'est-à-dire codant des protéines sans équivalent dans le reste du monde vivant. De plus ces gènes diffèrent d'un pandoravirus à l'autre. Les gènes orphelins ressemblent par contre à des séquences non codantes de leur génome, ce qui suggère la création spontanée de ces gènes au sein des régions intergéniques (une autre spécificité inconnue ailleurs que chez les pandoravirus[5]), ou que ces virus seraient les résidus viraux de lignées cellulaires primitives, éteintes aujourd'hui au profit des familles cellulaires modernes (eucaryotes, archées et eubactéries)[6], ces deux explications n'étant d'ailleurs pas incompatibles. Les études ont montré que 93 % des gènes de Pandoravirus n’existent, ni chez les autres virus, ni dans le monde cellulaire[7].
Liste des espèces
[modifier | modifier le code]Six espèces de Pandoravirus sont connues en 2018 :
- P. dulcis, découvert en 2013 dans le sédiment d'une mare en Australie[1],[2] ;
- P. salinus, découvert en 2013 dans une couche sédimentaire marine au large des côtes chiliennes[1],[2] ;
- P. inopinatum, découvert en Allemagne dans l’œil d'un patient souffrant de kératite[8],[9] ;
- P. quercus, découvert en 2017 dans le sol à Marseille (France)[10] ;
- P. neocaledonia, découvert en 2017 dans l'eau saumâtre d'une mangrove près de l'aéroport de Nouméa (Nouvelle-Calédonie)[10] ;
- P. macleodensis, découvert en 2017 dans l'eau douce d'un étang près de Melbourne (Australie), à seulement 700 m du site de la découverte de P. dulcis[10].
Notes et références
[modifier | modifier le code]- (en) Philippe N, Legendre M, Doutre G, Couté Y, Poirot O, Lescot M, Arslan D, Seltzer V, Bertaux L, Bruley C, Garin J, Claverie JM, Abergel C., « Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 Mb reaching that of parasitic eukaryotes », Science, vol. 341, no 6143, , p. 281-6. (PMID 23869018, DOI 10.1126/science.1239181, résumé)
- Pandoravirus : découverte d’un chaînon manquant entre le monde viral et le monde cellulaire, article sur le site du CEA, daté du 19 juillet 2013.
- Des chercheurs français découvrent deux nouveaux virus géants, article du quotidien Le Monde, daté du 19 juillet 2013.
- Olivier Donnars, « La famille des virus géants s'agrandit », La Recherche, N°480, Octobre 2013, p.20-21.
- « Pandoravirus : des virus géants qui inventent leurs propres gènes », sur CNRS, (consulté le ).
- « Science: Supersized Viruses Break Records, Raise Questions », sur American Association for the Advancement of Science, .
- « Pandoravirus : la famille des virus géants s'agrandit », sur Pour la science, .
- (en) P. Scheid, L. Zöller, S. Pressmar, G. Richard et R. Michel, « An extraordinary endocytobiont in Acanthamoeba sp. isolated from a patient with keratitis », Parasitology Research, vol. 102, no 5, , p. 945-950 (DOI 10.1007/s00436-007-0858-3).
- (en) M. H. Antwerpen, E. Georgi, L. Zoeller, R. Woelfel, K. Stoecker et P. Scheid, « Whole-Genome Sequencing of a Pandoravirus Isolated from Keratitis-Inducing Acanthamoeba », Genome Announcements, vol. 3, no 2, , p. 1-2, article no e00136-15 (lire en ligne [PDF], consulté le ).
- (en) Matthieu Legendre, Elisabeth Fabre, Olivier Poirot, Sandra Jeudy, Audrey Lartigue et al., « Diversity and evolution of the emerging Pandoraviridae family », Nature Communications, vol. 9, , article no 2285 (lire en ligne, consulté le ).
