Matteo Baseggio est originaire de Bassano del Grappa, une commune située en Vénétie[1],[2]. Il commence le cyclisme durant son enfance sous les couleurs du Ciclo Team Cassola 2000.
Chez les juniors (moins de 19 ans), il obtient une victoire et cinq podiums. Il évolue ensuite au sein de divers clubs italiens lors de ses trois premières saisons espoirs (moins de 23 ans). Rapide au sprint, il se distingue particulièrement lors de la saison 2019 en réalisant de nombreux tops dix au niveau amateur.
En aout 2023, il s'impose sur la première étape du Tour du Frioul-Vénétie julienne[3]. Il s'agit de son premier succès obtenu sur une compétition inscrite au calendrier de l'UCI.