Die Fußball-Oberliga Nordrhein 1989/90 war die zwölfte Spielzeit der gemeinsam vom Fußball-Verband Mittelrhein und dem Fußballverband Niederrhein durchgeführten Oberliga Nordrhein. Der Meister der Oberliga spielte analog zu den Vorjahren in der Aufstiegsrunde gegen die Meister der übrigen Oberligen um den Aufstieg in die 2. Bundesliga, während der Zweitplatzierte zur Teilnahme an der Amateurmeisterschaft berechtigt war. Aus der Oberliga Nordrhein qualifizierte sich für die Aufstiegsrunde der Wuppertaler SV, scheiterte in der Aufstiegsrunde jedoch und verblieb somit in der Oberliga. Der Rheydter SV als Vizemeister der Oberliga Nordrhein erreichte in der Amateurmeisterschaft den zweiten Platz. In die untergeordneten Verbandsligen Mittelrhein und Niederrhein stiegen zur Folgesaison 1990/91 der erst in der Vorsaison aus der 2. Bundesliga abgestiegene Verein SG Union Solingen, der VfB Remscheid, die Zweitvertretung Alemannia Aachens und der SC Brück ab. Im Gegenzug stiegen die TuS 08 Langerwehe und der VfB Homberg aus den Verbandsligen auf, während Alemannia Aachen aus der zweiten Liga in die Oberliga Nordrhein abstieg, wodurch sich die Ligengröße zur Folgesaison auf 17 Mannschaften reduzierte.