NWD1
| NWD1 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | NWD1, NACHT i WD ponavljajuči domen koji sadrži protein 1 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 616250 MGI: 2442268 HomoloGene: 72261 GeneCards: NWD1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 19: 16.72 – 16.82 Mb | Chr 8: 72.65 – 72.72 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
NWD1, skraćenica za NACHT i WD ponavljajuči domen koji sadrži protein 1, je gen pronađen kod kičmenjaka, koji kodira protein koji sadrži domen NACHT i domen ponavljanje WD40. Prvobitno je identificiran tokom potrage za genima imunskog sistema kod zebrica, kao sekvenca koja kodira protein povezana sa APAF1; ortolozi su naknadno identificirani kod sisarskih vrsta.[5] Dosadašnji podaci ukazuju na uzročnu ulogu prekomjerne ekspresije NWD1 povezane sa tumorom, u poremećaju regulacije signalizacije androgenih receptora tokom progresije karcinoma prostate.[6]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MQRGKPCRAL | PTLKCQTFCQ | RHGLMFEVVD | LRWGIRNIEA | TDHLTTELCL | ||||
| EEVDRCWKTS | IGPAFVALIG | DQYGPCLIPS | RIDEKEWEVL | RDHLTARPSD | ||||
| LELVARYFQR | DENAFPPTYV | LQAPGTGEAC | EPEEATLTSV | LRSGAQEARR | ||||
| LGLITQEQWQ | HYHRSVIEWE | IERSLLSSED | REQGATVFLR | EIQDLHKHIL | ||||
| EDCALRMVDR | LADGCLDADA | QNLLSSLKSH | ITDMHPGVLK | THRLPWSRDL | ||||
| VNPKNKTHAC | YLKELGEQFV | VRANHQVLTR | LRELDTAGQE | LAWLYQEIRH | ||||
| HLWQSSEVIQ | TFCGRQELLA | RLGQQLRHDD | SKQHTPLVLF | GPPGIGKTAL | ||||
| MCKLAEQMPR | LLGHKTVTVL | RLLGTSQMSS | DARGLLKSIC | FQVCLAYGLP | ||||
| LPPAQVLDAH | TRVVQFFHTL | LHTVSCRNFE | SLVLLLDAMD | DLDSVRHARR | ||||
| VPWLPLNCPP | RVHLILSACS | GALGVLDTLQ | RVLLDPEAYW | EVKPLSGNQG | ||||
| QQMIQLLLAA | ARRTLSPVHT | DLLWASLPEC | GNPGRLRLAF | EEARKWASFT | ||||
| VPVPLATTAE | EATHQLCTRL | EQTHGQLLVA | HVLGYIVSSR | HGLSEAELKD | ||||
| VLSLDDEVLQ | DVYRDWTPPS | KELLRFPPLL | WVRLRRDLGY | YLARRPVDGF | ||||
| TLLAIAHRQL | VEVVRERYLS | GSERAKRHGV | LADFFSGTWS | QGTKKLITLP | ||||
| LVGKPLNLDR | KVAPQPLWFS | HTVANLRKLK | ELPYHLLHSG | RLEELKQEVL | ||||
| GSMSWISCRG | ISGGIEDLLD | DFDLCAPHLD | SPEVGLVREA | LQLCRPAVEL | ||||
| RGMERSLLYT | ELLARLHFFA | TSHPALVGQL | CQQAQSWFQL | CAHPVLVPLG | ||||
| GFLQPPGGPL | RATLSGCHKG | ITAMAWGVEE | KLLVIGTQDG | IMAVWDMEEQ | ||||
| HVIHMLTGHT | GEVRCVKIFA | KGTLANSASK | DYTLHLWNLL | SGQEKFTIWD | ||||
| GGSKNPAEPQ | IWNLHVDEAH | KVVYSASGSK | INAWNLETAE | PVFHILGDAS | ||||
| DPWMCMAVLA | SQATLLTVSR | DGVVSLWSSA | TGKLQGKQHM | SSIKEETPTC | ||||
| AVSVQKQGKL | VTGFSNGSIS | LVSSKGDRLL | EKLPDAVRFL | VVSEDESLLA | ||||
| AGFGRSVRIF | LADSRGFRRF | MAMDLEHEDM | VETAVFGTEN | NLIITGSLDA | ||||
| LIQVWSLSEQ | GTLLDILEGV | GAPVSLLARG | GALVASASPQ | SSSFKVWDLS | ||||
| DAHRSRVPAP | FLDRTGLTAV | SHNGSYVYFP | KIGDKNKVTI | WDLAEGEEQD | ||||
| SLDTSSEIRC | LEVAEQRKLL | FTGLVSGVVL | VFPLNSRQDV | ICIPPPEARK | ||||
| AINCMSLSKC | EDRLAIAYDN | IVLVLDITSG | DPCPVIDGPR | YTFYTQLPET | ||||
| LSSVAILTDY | RVVYSMTNGD | LFLYECATSK | AFPLETHRSR | VACVEVSHKE | ||||
| QLVVSGSEDA | LLCLWDLQAR | KWKFEMSYTS | SYCRGVQCAC | FSKDDKYVYV | ||||
| GLKDRSILVW | SVLDGTLLTV | QFVHAVVNRI | IPTTSGFIAP | TRHGYLIREN | ||||
| FQCLSAKASP | QDPLKNFKKA | MWMVKSRQRE | ELVAAAGAPQ | DLESESAQGN | ||||
| ETKSNKCSQV | CLIV |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Correa et al. (2014) naveli su da NWD1 protein sadrži 1.358 aminokiselina i ima izračunatu molekulsku masu od 150,8 kD. NWD1 ima N-terminalni WD ponavljajući domen od oko 40 aminokiselina, zatim NACHT domen, prostorni region, 10 tandemskih WD ponavljanja, drugi razmaknik, dva dodatna WD ponavljanja, i kratak C-terminalni rep. Kvantitativnom PCR analizom otkrivena je NWD1 ekspresija u većini od 48 ispitanih ljudskih tkiva, sa najsnažnijim ispoljavanjem u prostati, a slijede sjemenici, mrežnjača, dušnik, očni živac, hipofiza i pluća. Epitopno označeni NWD1 eksprimiran je u citosolu transfektiranih ćelija HEK293T.
==Funkcija gena==
Correa et al. (2014) identificirali su obogaćivanje lokusa SRY u promotorskoj regiji gena NWD1. PCR analiza je pokazala indukciju ekspresije NWD1 u transficiranim HEK293T i PPC-1 ćelijama prostatskog karcinoma iz SRY i povezanog transkripcijskog faktora SOX9 . Nokautiranje NWD1 ekspresije putem lentivirusnog gena koji utišavajući dramatično smanjuje održivost u androgeno-responzivnim ćelijama LNCaP-a raka prostate. Utišavanje NWD1 u ćelijama LNCaP abrogiralo je aktivnost virusa zavisnih od androgena. Utišavanje NWD1 je također smanjilo i ekspresiju PDEF-a (SPDEF) u nekoliko linija ljudskih ćelija i možda je imalo manji efekt u smanjenju aktivacije NF-kappa-B. Ekspresija NWD1 je povišen tokom patogeneze ili progresije raka prostate.[7]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000188039 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000048148 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Stein C, Caccamo M, Laird G, Leptin M (2007). "Conservation and divergence of gene families encoding components of innate immune response systems in zebrafish". Genome Biol. 8 (11): R251. doi:10.1186/gb-2007-8-11-r251. PMC 2258186. PMID 18039395.
- ^ Correa RG, Krajewska M, Ware CF, Gerlic M, Reed JC (2014). "The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling". Oncotarget. 5 (6): 1657–1665. doi:10.18632/oncotarget.1850. PMC 4039239. PMID 24681825.
- ^ Correa et al. (2014) utvrdili su da gen NWD1 ima 19 egzona i da je dug oko 98 kb. Correa, R. G., Krajewska, M., Ware, C. F., Gerlic, M., Reed, J. C. The NLR-related protein NWD1 is associated with prostate cancer and modulates androgen receptor signaling. Oncotarget 5: 1666-1682, 2014. PubMed: 24681825
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1996). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Correa RG, Ware CF, Reed JC (2014). "NLRs: Sentinels of innate immunity or cancer culprits?". Oncoscience. 1 (5): 308–9. doi:10.18632/oncoscience.44. PMC 4278305. PMID 25594025.