本研究所では、国内外の大学院で学位を取得した若手研究者をテニュアトラック教員や任期付き研究員として採用し、所員との共同研究活動等を実施するなど、研究と教育経験の機会を提供している。2010年度から現在までに、7名のテニュアトラック教員を採用し、そのうち3名がテニュアを取得している。さらに、制度変更に合わせて形を変えつつその時々の非常勤研究員制度等を活用し、京都大学非常勤研究員（研究機関研究員）、GCOE研究員、日本学術振興会(JSPS）特別研究員等の形で若手研究者を受け入れて人材育成を図っており、その数はのべ67名にのぼる。それらの任期付き研究員の多くが任期後には国内外の大学等の教育研究機関に就職して研究者として活躍中である。また、大学院経済学研究科協力講座においては、大学院生へのコアコースの授業や研究論文指導を通じて若手研究者の支援・育成を積極的に行なっている。
テニュアトラック教員に対してはメンターを配して共同研究や研究に関わる相談を受ける等の取り組みを行っている。それ以外にも若手研究者育成を目的として、本研究所は内外の研究者コミュニティ、若手のためのさまざまなセミナーや国際会議に対する人的、財政的支援を積極的に行っており、2016年度にはEconometric Society Asia MeetingにおけるSummer School、比較経済学国際若手研究者ワークショップなどを支援し、ベトナム文部省教育功績受章を受けている。また、アジア5大学の経済学系研究所による年に一度の定例の国際シンポジウムに若手研究者を派遣する、毎年夏季にSWET(summer workshop of economic theory)を約１週間かけて主催する等の活動を行っており、多くの若手研究者に研究発表の場を提供している。