Firmicutes
Firmicutes eller Bacillota, är en stam av bakterier, av vilka de flesta har grampositiv cellväggs struktur.[2] Omdöpningen av phyla som firmicutes 2021 är fortfarande kontroversiell bland mikrobiologer, av vilka många fortsätter att använda de tidigare namnen sedan länge i litteraturen.[3]
| Firmicutes | |
 Bacillus subtilis, Gramfärgad | |
| Systematik | |
|---|---|
| Rike | Bakterier Bacteria |
| Vetenskapligt namn | |
| § Firmicutes | |
| Klasser | |
Namnet "Firmicutes" härleddes från de latinska orden för "tuff hud", som syftar på den tjocka cellväggen som är typisk för bakterier i denna filum. Forskare klassificerade en gång firmicutes till att inkludera alla grampositiva bakterier, men har nyligen definierat dem som en kärngrupp av besläktade former som kallas låg-G+C-gruppen, i motsats till Actinomycetota. De har runda celler, kallade kocker (singular coccus), eller stavliknande former (bacillus). Några få firmicutes, såsom Megasphaera, Pektinatus, Selenomonas och Zymophilus, har ett poröst pseudo-yttre membran som gör att de färgas gramnegativa.
Många firmicutes producerar endosporer, som är resistenta mot uttorkning och kan överleva extrema förhållanden. De finns i olika miljöer, och gruppen inkluderar några speciella patogener. De i en familj, heliobakterierna, producerar energi genom anoxygen fotosyntes. Firmicutes spelar en stor roll vid förstörelse av öl, vin och cider.
Klasser
redigeraGruppen är vanligtvis uppdelad i Clostridia, som är anaeroba, och Baciller, som är obligat eller fakultativ aeroba.
På fylogenetiska träd visas de två första grupperna som parafyletiska eller polyfyletiska, liksom deras huvudsläkten, Clostridium och Bacill.[4] Emellertid tros firmicutes som helhet allmänt vara monofyletisk eller parafyletisk med undantag för Mollicutes.[5]
Fylogeni
redigeraDen för närvarande accepterade taxonomin baserad på List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[6] och National Center for Biotechnology Information (NCBI).[7]
| 16S rRNA based LTP_01_2022[8][9][10] | GTDB 07-RS207 by Genome Taxonomy Database[11][12][13] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
♦ Paraphyletic Firmicutes |
|
Släkten
redigeraMer än 274 släkten ansågs år 2016 finnas inom Bacillota-filen, särskilda släkten av "Firmicutes" är:
Bacilli, order Bacillales
Bacilli, order Lactobacillales
Klinisk signifikans
redigeraFirmicutes utgör ca 30 procent av musen och människans tarmmikrobiom.[14] Fylumet firmicutes som en del av tarmmikrobiotan har visat sig vara involverad i energiresorption och potentiellt relaterad till utvecklingen av diabetes och fetma.[15][16][17][18] Inom tarmen hos friska vuxna människor är den vanligaste bakterien Faecalibacterium prausnitzii, som utgör 5 procent av det totala tarmmikrobiomet, medlem i firmicutes fylum. Denna art är direkt förknippad med minskad låggradig inflammation vid fetma.[19] F. prausnitzii har hittats i högre nivåer i tarmarna hos överviktiga barn än hos icke-överviktiga barn.
I flera studier har en högre förekomst av firmicutes hittats hos överviktiga individer än i magra kontrollgrupper. En högre nivå av Lactobacillus (av firmicutes fylum) har hittats hos överviktiga patienter och i en studie, visade överviktiga patienter satta på viktminskningsdiet en minskad mängd firmicutes i sina tarmar.[20]
Kostförändringar hos möss har också visat sig främja förändringar i överskott av firmicutes. En högre relativ förekomst av firmicutes sågs hos möss som utfordrades med västerländsk kost (hög fetthalt/hög sockerhalt) än hos möss som gavs en vanlig diet med låg fetthalt/hög polysackarid. Den högre mängden firmicutes var också kopplad till mer fetma och högre kroppsvikt hos möss.[21] Dietförändringar hos möss har också visat sig främja förändringar i överskott av firmicutes. Specifikt var hos överviktig möss klassen Mollicutes (inom Firmicutes fylum) den vanligaste. När mikrobioten hos överviktiga möss med detta högre firmicutesöverskott transplanterades i tarmarna hos bakteriefria möss, fick de bakteriefria mössen en ökad mängd fett jämfört med de som transplanterades med mikrobioten hos magra möss med lägre firmicutesöverskott.[22]
Förekomsten av Christensenella (firmicutes, i klass Clostridia), isolerad från mänsklig avföring, har visat sig korrelera med lägre kroppsmasseindex.[23]
Referenser
redigera- Den här artikeln är helt eller delvis baserad på material från engelskspråkiga Wikipedia, Bacillota, 19 februari 2023.
Noter
redigera- ^ ”Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes”. Int J Syst Evol Microbiol 71 (10): sid. 5056. 2021. doi:. PMID 34694987.
- ^ "Firmicutes" at Dorland's Medical Dictionary
- ^ Robitzki, Dan (4 januari 2022). ”Newly Renamed Prokaryote Phyla Cause Uproar” (på engelska). The Scientist Magazine. https://www.the-scientist.com/news-opinion/newly-renamed-prokaryote-phyla-cause-uproar-69578. Läst 23 maj 2022.
- ^ ”Phylogeny of Firmicutes with special reference to Mycoplasma (Mollicutes) as inferred from phosphoglycerate kinase amino acid sequence data”. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 54 (Pt 3): sid. 871–5. May 2004. doi:. PMID 15143038. http://ijs.sgmjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15143038.
- ^ Ciccarelli, FD (2006). ”Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life.”. Science 311 (5765): sid. 1283–1287. doi:. PMID 16513982. Bibcode: 2006Sci...311.1283C. http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/311/5765/1283.
- ^ J. P. Euzéby. ”Firmicutes”. Firmicutes. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Firmicutes.
- ^ Sayers. ”Firmicutes”. Firmicutes. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Tree&id=1239&lvl=3&lin.
- ^ ”The LTP”. The LTP. https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/#LTP.
- ^ ”LTP_all tree in newick format”. LTP_all tree in newick format. https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/Tree_LTP_all_01_2022.ntree. Arkiverad 4 september 2022 hämtat från the Wayback Machine.
- ^ ”LTP_01_2022 Release Notes”. LTP_01_2022 Release Notes. https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/wp-content/uploads/ltp/LTP_01_2022_release_notes.pdf.
- ^ ”GTDB release 07-RS207”. Genome Taxonomy Database. https://gtdb.ecogenomic.org/about#4%7C.
- ^ ”bac120_r207.sp_labels”. Genome Taxonomy Database. https://data.gtdb.ecogenomic.org/releases/release207/207.0/auxillary_files/bac120_r207.sp_labels.tree.
- ^ ”Taxon History”. Genome Taxonomy Database. https://gtdb.ecogenomic.org/taxon_history/.
- ^ ”Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine”. Cell 124 (4): sid. 837–848. 2006. doi:. PMID 16497592.
- ^ ”Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity”. Nature 444 (7122): sid. 1022–1023. 2006. doi:. PMID 17183309. Bibcode: 2006Natur.444.1022L.
- ^ Henig, Robin Marantz (13 augusti 2006). ”Fat Factors”. New York Times Magazine. https://www.nytimes.com/2006/08/13/magazine/13obesity.html?pagewanted=3&ei=5070&en=0c39c5880e4d7067&ex=1166850000. Läst 28 september 2008.
- ^ ”Obesity alters gut microbial ecology”. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102 (31): sid. 11070–11075. August 2005. doi:. PMID 16033867. Bibcode: 2005PNAS..10211070L.
- ^ Komaroff AL. The Microbiome and Risk for Obesity and Diabetes. JAMA. Published online December 22, 2016. doi:10.1001/jama.2016.20099
- ^ Chakraborti, Chandra Kanti (15 November 2015). ”New-found link between microbiota and obesity”. World Journal of Gastrointestinal Pathophysiology 6 (4): sid. 110–119. doi:. PMID 26600968.
- ^ Million, M.; Lagier, J.-C; Yahav, D.; Paul, M. (April 2013). ”Gut bacterial microbiota and obesity”. Clinical Microbiology and Infection 19 (4): sid. 305–313. doi:. PMID 23452229.
- ^ Turnbaugh, Peter J. (17 April 2008). ”Diet-Induced Obesity Is Linked to Marked but Reversible Alterations in the Mouse Distal Gut Microbiome”. Cell Host & Microbe 3 (4): sid. 213–223. doi:. PMID 18407065.
- ^ Million, M. (April 2013). ”Gut bacterial microbiota and obesity”. Cell Microbiology and Infection 19 (4): sid. 305–313. doi:. PMID 23452229.
- ^ Goodrich, Julia K.; Waters, Jillian L.; Poole, Angela C.; Sutter, Jessica L.; Koren, Omry; Blekhman, Ran; Beaumont, Michelle; Van Treuren, William; et al. (2014). ”Human Genetics Shape the Gut Microbiome”. Cell 159 (4): sid. 789–799. doi:. ISSN 0092-8674. PMID 25417156.
Externa länkar
redigeraWikimedia Commons har media som rör Firmicutes.
- Phylum "Firmicutes" - J.P. Euzéby: List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature