Cinkov prst

Cinkovi prsti su mali proteinski strukturni motivi koji mogu da formiraju koordinatne veze sa jednim ili više jona cinka čime se stabilizuje njihova struktura. Oni se mogu klasifikovati u nekoliko različitih strukturnih familija (proteina cinkovog prsta). Cinkovi prsti tipično funkcionišu kao moduli koji formiraju interakcije sa DNK, RNK, proteinima, ili malim molekulima. Ime „cinkov prst“ je originalno označavalo prstu slične pojave na dijagramima koji su prikazivali hipotetične strukture ponavljajućih jedinica Xenopus laevis transkripcionog faktora GTF3A.^[1]

Grafički prikaz Cys2His2 motiva cinkovog prsta, koji se sastoji od α heliksa i antiparalelne β ravni. Jon cinka (zeleno) formira koordinatne veze sa dva histidina i dva cisteina.

Grafički prikaz proteina Zif268 (plavo) koji sadrži tri zinkova prsta u kompleksu sa DNK molekulom (narandžasto).

Klase

Cinkovi prsti su koordinatni kompleksi jona cinka i aminokiselinskih ostataka cisteina i histidina. Oni se mogu klasifikovati po tipu i redu ostataka koji koordiniraju cink (e.g., Cys₂His₂, Cys₄, i Cys₆). Sistematičniji metod je klasifikacija u različite grupe savijanja na osnovu sveukupnog oblika njihove proteinske osnove. Najčešće grupe savijanja cinkovih prstiju su Cys₂His₂-slični („klasični cinkov prst“), trostruki ključ, i cinkova traka.^[2]

Sledeća tabela^[2] pokazuje različite strukture i njihove ključne osobine:

Grupa	Primer strukture	Plasman liganda
Cys₂His₂		Dva liganda formiraju zglavak i dva dodatna formiraju C terminus heliksa.
Gag zglavak		Dva liganda formiraju zglavak i dva dodatna formiraju kratki heliks ili petlju.
Trostruki ključ		Dva liganda formiraju zglavak i dva dodatna formiraju N terminus heliksa.
Cinkova traka		Dva liganda formiraju dva zglavka.
Zn₂/Cys₆		Dva liganda formiraju N terminus heliksa i dva dodatna formiraju petlju.
TAZ2 domenu sličan		Dva liganda formiraju terminuse dva heliksa.

Reference

↑ Miller J, McLachlan AD, Klug A (June 1985). „Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes”. EMBO J. 4 (6): 1609–14. PMC 554390. PMID 4040853.
↑ ^2,0 ^2,1 Krishna SS, Majumdar I, Grishin NV (January 2003). „Structural classification of zinc fingers: survey and summary”. Nucleic Acids Res. 31 (2): 532–50. DOI:10.1093/nar/gkg161. PMC 140525. PMID 12527760.

Povezano

Spoljašnje veze

McDowall J. „Protein of the Month: Zinc Fingers”. European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). Pristupljeno 13. 01. 2008.
Goodsell DS. „Molecule of the Month: Zinc Fingers”. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB). Arhivirano iz originala na datum 2008-05-31. Pristupljeno 13. 01. 2008.

[1] Miller J, McLachlan AD, Klug A (June 1985). „Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes”. EMBO J. 4 (6): 1609–14. PMC 554390. PMID 4040853.

[pmid12527760-2] 2,0 ^2,1 Krishna SS, Majumdar I, Grishin NV (January 2003). „Structural classification of zinc fingers: survey and summary”. Nucleic Acids Res. 31 (2): 532–50. DOI:10.1093/nar/gkg161. PMC 140525. PMID 12527760.

[1]

[2]