Dzimis Vīnē, vidusšķiras ģimenē. Studēja Vīnes Tehniskajā universitātē. 1931. gadā O. Skorceni iestājās Austrijas nacistu partijā. Anšlusa laikā izglāba Austrijas prezidentu Vilhelmu Miklasu no nošaušanas. Pēc Otrā pasaules kara sākuma brīvprātīgi iestājās Waffen-SS karaspēkā. Karoja Polijā, Nīderlandē, Francijā, Balkānos, PSRS.
1943. gada aprīlī O. Skorceni tikās ar SS ārējās izlūkošanas vadītāju Valteru Šellenbergu un tika iecelts par diversantu daļas (vēlāk sauktas par 502. SS Jēgeru bataljonu) komandieri. Vadīja Benito Musolīni atbrīvošanu no ieslodzījuma 1943. gada septembrī (Unternehmen Eiche). 1943. gada oktobrī-novembrī viņš centās Teherānā noorganizēt Staļina, Čērčila un Rūzvelta nogalināšanu. 1944. gada maijā Skorceni vadīja neveiksmīgu operāciju Broza Tito neitralizēšanai. 1944. gada oktobrī vadīja Ungārijas diktatora Mikloša Horti dēla nolaupīšanu, piespiežot to atteikties no varas Ferenca Sālaši labā. Karam tuvojoties beigām, organizēja Werwolf vienības un ODESSA tīklu. 1945. gada 16. maijā pie Zalcburgas padevās amerikāņiem.
1947. gadā O. Skorceni tika tiesāts Dahavas prāvā, tomēr netika notiesāts. 1948. gada 27. jūlijā izbēga no apcietinājuma un caur Franciju devās uz Madridi. Dzīvodams Spānijā noorganizēja vairākas neonacistu organizācijas, plānoja izveidot īpašu karaspēku, ko liktu lietā, ja PSRS uzbruktu Rietumvācijai. Slepeni konsultēja Ēģiptes, Argentīnas, Dienvidāfrikas, Lībijas un Grieķijas varas iestādes. Miris no vēža 1975. gadā.
Vikikrātuvē par šo tēmu ir pieejami multivides faili. Skatīt: Oto Skorceni.