Nella fertile pianura padana dell'Oltrepò mantovano, Pegognaga dista 25 km da Mantova, 48 da Modena, 44 da Reggio nell'Emilia.

Il toponimo deriverebbe secondo alcuni dal latino Pecunius, nome di un patrizio romano il quale nel I secolo d.C. avrebbe fondato qui un piccolo villaggio agricolo. Secondo un'altra interpretazione esso sarebbe invece da collegare al termine pecunia, che in latino significa denaro, ricchezza, in riferimento alle terre del luogo in grado di offrire raccolti redditizi. Nel periodo compreso tra il I e il IV secolo d.C. il centro, che a quell'epoca possedeva le caratteristiche tipiche di un villaggio agricolo romano, assunse il nome di Flexum. Con l'inizio delle invasioni barbariche venne distrutto e abbandonato, scomparendo dalla storia per lungo tempo.

Nell'820 cominciarono a registrarsi nuovi insediamenti e nell'877 comparve la corte Pigugnaria, denominazione che andrà gradualmente modificandosi nei secoli sino a divenire l'attuale Pegognaga. All'inizio dell'XI secolo essa passò sotto il dominio di Matilde di Canossa, la quale cercò di dare al piccolo paese una propria fisionomia attraverso nuove opere edilizie.

Durante i due secoli successivi la località fu contesa dai Comuni di Reggio Emilia e Mantova, con un conflitto che si concluse con un accordo di amministrazione in politico condominio tra le due province, firmato proprio a Pegognaga nel 1257. Successivamente la comunità entrò a far parte dei possedimenti del Comune di Gonzaga, sotto la cui reggenza visse uno dei periodi più floridi della sua storia.

I principali insediamenti agricoli, una decina di corti sparse, tuttora esistenti, sono databili a partire dal 1500, mentre solo nel 1907 terminò la millenaria opera di bonifica che trasformò il terreno paludoso in uno dei più fertili della Val Padana. Il Comune di Pegognaga venne istituito con Regio Decreto il 5 novembre 1876. Nel 2016 il Comune di Pegognaga ed il Comune di Motteggiana creano un'unione di servizi chiamata "Terre di Zara e Po".

Nel gennaio 2012 e nel successivo mese di maggio 2012 forti scosse di terremoto hanno colpito una vasta area dell'Emilia danneggiando seriamente numerosi centri della Pianura padana emiliana fra l'autostrada del Sole e il corso del Po, nelle aree di Modena soprattutto e delle confinanti zone ferraresi e reggiane, interessando anche l'Oltrepò mantovano, appartenente alla Lombardia ma orograficamente parte dell'Emilia. Il sisma, che in Emilia è costato anche numerose vittime, nell'Oltrepò ha colpito i centri storici di numerose città causando crolli, cedimenti e lesioni in chiese e in antichi monumenti e lesionandone numerosi altri. I centri più colpiti sono stati Moglia, Pegognaga, San Giacomo delle Segnate, Poggio Rusco, Quistello, Gonzaga, San Giovanni del Dosso.

Sono centri abitati del suo territorio le frazioni di Galvagnina, Polesine e Sacca.

• 45.39666710.8877781 Aeroporto di Verona (Catullo), Caselle di Sommacampagna, ☎ +39 045 8095666, contatti@aeroportoverona.it.  
• 44.821810.296032 Aeroporto di Parma (G. Verdi), Via Emilia - località Golese, ☎ +39 0521 951511.  
• 44.5352811.291163 Aeroporto di Bologna, Via Triumvirato 84, ☎ +39 051 6479615.  

• Ha casello proprio sull'autostrada del Brennero.

• 45.00225910.854914 Stazione ferroviaria.  
• Ha stazione propria sulla linea Ferrara - Suzzara

• Teatro Anselmi, Via E. Berlinguer 89, ☎ +39 0376 5546223, info@teatroanselmi.it. Attualmente il Teatro è ospitato in una tensostruttura, in attesa del restauro dello stabile teatrale che ha subito danneggiamenti in seguito al terremoto del 2012. 

• 44.99814710.8629579 Poste italiane, via Enrico Fermi 2/a, ☎ +39 0376 558187, fax: +39 0376 558187.  

• Strada del riso — L'itinerario - da effettuare in particolare da maggio a settembre - percorre, tra fiumi e canali, il territorio mantovano dedito alla coltivazione del riso.
• Pievi matildiche nell'Oltrepò mantovano — L'itinerario va alla scoperta delle chiese e degli oratori che vennero edificati tra l'XI e il XII secolo dai Canossa, la cui esponente più rappresentativa fu la Grancontessa Matilde di Canossa.