חופש דת

בספרו "מכתבים על האנגלים" (אנ') בחן הפילוסוף הצרפתי וולטר את התנהלותה של אנגליה בכל הנוגע לחופש הדת וטען שחופש הדת בחברה מגוונת חשוב מאוד לשמירת השלום באותה מדינה. כמו כן טען וולטר בספרו שניתן להבין מזה מדוע אנגליה באותה תקופה שגשגה יותר משכנותיה האירופיות שהיו פחות סובלניות מבחינה דתית וציין "אם רק דת אחת הייתה מותרת באנגליה, ייתכן מאוד שהממשלה הייתה הופכת לשרירותית ואם היו רק שתי דתות האנשים היו חותכים זה את גרונו של זה, אבל מכיוון שיש מגוון דתות כולם חיים בשמחה ובשלווה"^[2].

בספרו עושר העמים טוען אדם סמית^[א] שבטווח הארוך כיבוד חופש דת פועל לטובת החברה כולה והממשלה במיוחד שכן חופש זה מסייע למנוע תסיסה אזרחית ומפחית חוסר סובלנות. כל עוד יש מספיק דתות ו/או כתות דתיות הפועלות בחופשיות בחברה, כולם נאלצים למתן את תורתם השנויה במחלוקת והאלימה יותר, כדי להיות מושכים יותר ליותר אנשים וכך יהיה להם קל יותר לשכנע מאמינים חדשים. התחרות החופשית בין דתות על שכנוע מאמינים היא שמבטיחה יציבות ושלווה בטווח הארוך. סמית' טוען גם שחוקים המונעים חופש דת ומבקשים לשמר את הכוח והאמונה בדת מסוימת רק יחלישו וישחיתו את אותה דת בטווח הארוך, זאת מכיוון שמנהיגיה ומטיפייה הופכים שאננים, מנותקים וחסרי מיומנויות להשיג מאמינים חדשים^[3].

בעולם קיימים מדדים שונים על מנת לבחון ולדרג את מידת חופש הדת הנהוגה במדינה או בקהילה מסוימת^[4][5]. בין מדדים אלה ניתן למנות:

• החופש של כל אדם לבחור דת המתאימה לאמונתו או החופש להימנע מזיהוי דתי ומאמונה דתית.
• החופש להתנהל באורח דתי ולקיים מנהגים דתיים בחיי היום-יום מבלי לסבול מרדיפה או אפליה.
• סובלנות וכבוד למגוון רחב של אמונות דתיות או אמונות לגבי טבע, תפקידו או קיומו של אלוהים.
• החופש לבטא ולחלוק עמדות לגבי אמונה דתית עם אחרים.
• החופש להתנהל באורח חיים דתי מסוים גם אם הוא נוגד לתפיסת הרוב.
• החופש של קבוצות או פרטים לא להשתתף בפעילות מסוימת אשר לתפיסתם נוגדת את אמונתם הדתית.

בתחילת דרכה נרדפה הנצרות הקתולית אולם החל מ-380 לספירה, כשלפי "צו סלוניקי" (אנ') היא הוכרה כדת יחידה ברומא, היא הפכה להיות דת לא סובלנית כלפי דתות אחרות. מראשיתה תפשו הנוצרים את דתם כעליונה וכדת הנכונה ופעלו, תחילה באירופה ואחר כך ברחבי העולם, לנצר את כל העמים שנתפסו כמאמינים בדתות ברבריות ופגאניות ולכן יש להצילם.

גם בתוך הנצרות לא הותר חופש דת ולא הופגנה סובלנות לאמונות שאינן מזדהות עם הדת הקתולית. עם תחילתה של תנועת הרפורמציה והתפלגות הזרמים הפרוטסטנטים (נצרות פרוטסטנטית, לותרניזם, קלוויניזם, בפטיזם ועוד.) רדפה הכנסייה הקתולית אחרי ההנהגה של כנסיות אלו ואחרי מאמיניהם. מאפיינים דומים נמצאו גם באופן בו נאבקה הכנסייה הקתולית בהכנסייה האנגליקנית כשממועד הקמתה ניסתה לשמור על עצמאותה למורת רוחה של הכנסייה הקתולית. מאבק זה החריף לאחר שהכנסייה האנגליקנית אימצה את עקרונות הזרמים הפרוטסטנטים.

ברוב המדינות, בהן שלטה הנצרות, היא הפכה לדת מדינה ובהתאם לכך שיתפו שלטונות אותה מדינה פעולה עם הכנסייה בדיכוי ופגיעה במתנגדי הכנסייה הקתולית. דוגמה לכך הם משפטי האינקוויזיציה שבוצעו על ידי הכנסייה ובמקרים של גזרי דין מוות מסרה הכנסייה את ביצוע ההוצאה להורג לידי שלטונות העיר/המדינה (אוטו דה פה).

עם התבססות הכנסיות הפרוטסטנטיות ולאור חקיקת חוקים אזרחיים שאיפשרו חופש דת שינתה הכנסייה הקתולית את עמדתה והתירה חופש דת נרחב יותר.

זמן מה לאחר עליית האסלאם פורסמה "חוקת אל־מַדִינָה" (אנ') שאיפשרה חופש דת מוגבל לבני דתות שאינן מוסלמיות. סובלנות זו המשיכה במאות הבאות כאשר לא מוסלמים קיבלו מידה מסוימת של חופש דת ונחשבו כבני חסות שנקראו ד'ימי וזאת תמורת תשלום מס מיוחד לשלטונות שנקרא ג'יזיה. כשנחקקו חוקי השריעה הם איפשרו מידה רבה של חופש דת ללא מוסלמים (בעיקר יהודים, נוצרים והינדואים). חופש זה איפשר קיום טקסים דתיים אפילו אם נגדו את חוקי האסלאם כמו שתיית אלכוהול ואכילת חזיר וכן איפשרו ללא מוסלמים לקיים בתי דין משלהם בהם יישפטו בהתאם לחוקי דתם^[6].

האסלאם הגדיר תהליך פשוט למעוניינים להמיר דתם לאסלאם (אנ') אולם גבר מוסלמי המעוניין לעזוב את האסלאם נחשב, לפי השריעה, לכופר שדינו מוות^[ב]. כמו כן נקבעה באסלאם תקנת הג'יהאד שהיא מלחמה לצורך המרת דת ומתבססת על הפסוק "הרגו את המְשַתפים בכל מקום אשר בו תמצאום" (סורה 9, פסוק 5, תרגום אורי רובין). פסוק זה נקרא "פסוק החרב" (בערבית: آية السيف) ו"המְשַתפים" המוזכרים בו הם עובדי-אלילים לא-מוסלמים, כלומר שאינם יהודים או נוצרים.

המשמעות של "חופש דת" במקורות עוסק ביחס של היהדות ללא יהודים המוגדרים כגויים או נוכרים ויש מספר פנים ליחס זה בתנ"ך ובהמשך על ידי חז"ל. מצד אחד מתבססת העמדה הבסיסית של היהדות לגויים על הכתוב במשנה, "חביב אדם שנברא בצלם"^[7] וממנה משתמע כי כל אדם חביב על ה' מאחר שנברא בצלמו ולכן יש להתייחס שווה לכל בני האדם ללא קשר לדתם ואמונתם. אבל מצד שני בברכות השחר נכללת ברכת "ברוך שלא עשני גוי" (מתועד כבר בתוספתא^[8]) המצביעה על יחס מתנשא על הגוי. היחס השלילי לגויים מוצא את ביטויו במספר מקומות בכתבים (בייחוד בהקשר של כיבוש הארץ והתנחלות השבטים):

• הציווי "כִּי יְבִיאֲךָ ה' אֱלֹהֶיךָ אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר אַתָּה בָא שָׁמָּה לְרִשְׁתָּהּ וְנָשַׁל גּוֹיִם רַבִּים מִפָּנֶיךָ, הַחִתִּי וְהַגִּרְגָּשִׁי וְהָאֱמֹרִי וְהַכְּנַעֲנִי וְהַפְּרִזִּי וְהַחִוִּי וְהַיְבוּסִי, שִׁבְעָה גוֹיִם רַבִּים וַעֲצוּמִים מִמֶּךָּ. וּנְתָנָם ה' אֱלֹהֶיךָ לְפָנֶיךָ וְהִכִּיתָם, הַחֲרֵם תַּחֲרִים אֹתָם, לֹא תִכְרֹת לָהֶם בְּרִית וְלֹא תְחָנֵּם" (ספר דברים, פרק ז') מראה את שיש לעשות לגויים כשהפירושים הנפוצים שניתנו ל"לא תחנם" מתייחסים לאיסור מכירת קרקע לגויים, איסור מתן מתנות לגויים ואיסור הרעפת תשבחות לגויים.
• הציווי של מחיית שבעה עממים הקורא למלחמה בשבעת העממים שישבו בארץ ישראל בתקופת ההתנחלות (הכנעני, החיתי, החיוי, האמורי, הפריזי, היבוסי, והגרגשי) מתבסס על המשפט "רַק מֵעָרֵי הָעַמִּים הָאֵלֶּה אֲשֶׁר ה' אֱלֹהֶיךָ נֹתֵן לְךָ נַחֲלָה לֹא תְחַיֶּה כָּל נְשָׁמָה. כִּי הַחֲרֵם תַּחֲרִימֵם הַחִתִּי וְהָאֱמֹרִי הַכְּנַעֲנִי וְהַפְּרִזִּי הַחִוִּי וְהַיְבוּסִי כַּאֲשֶׁר צִוְּךָ ה' אֱלֹהֶיךָ" (ספר דברים, פרק כ').
• התייחסות קיצונית במיוחד לגוי מופיעה במשפט "זָכוֹר אֵת אֲשֶׁר עָשָׂה לְךָ עֲמָלֵק בַּדֶּרֶךְ בְּצֵאתְכֶם מִמִּצְרָיִם. אֲשֶׁר קָרְךָ בַּדֶּרֶךְ וַיְזַנֵּב בְּךָ כָּל הַנֶּחֱשָׁלִים אַחֲרֶיךָ וְאַתָּה עָיֵף וְיָגֵעַ וְלֹא יָרֵא אֱלֹהִים. וְהָיָה בְּהָנִיחַ ה' אֱלֹהֶיךָ לְךָ מִכָּל אֹיְבֶיךָ מִסָּבִיב בָּאָרֶץ אֲשֶׁר ה' אֱלֹהֶיךָ נֹתֵן לְךָ נַחֲלָה לְרִשְׁתָּהּ – תִּמְחֶה אֶת זֵכֶר עֲמָלֵק מִתַּחַת הַשָּׁמָיִם לֹא תִּשְׁכָּח." (ספר דברים, פרק כ"ה).
• הציווי להתרחק מהגויים ותורתם ככתוב בספר ויקרא: "וְלֹא תֵלְכוּ בְּחֻקֹּת הַגּוֹי אֲשֶׁר אֲנִי מְשַׁלֵּחַ מִפְּנֵיכֶם כִּי אֶת כָּל אֵלֶּה עָשׂוּ וָאָקֻץ בָּם" (ויקרא, כ', כ"ג). ההלכה אף קבעה הלכות הרחקה מגויים.
• כתיבת הלכות שונות בנוגע ליחס לגר כמו למשל:
  • הלכת מורידין ולא מעלין המתירה גרימת מוות למוסר, מין ומשומד.
  • הלכת "לא מורידין ולא מעלין" לפיה אין להסב את מותם ישירות של גויים מסוימים ואין להורידם לבור, אך גם אין לסייע להצלתם.
• אמירות כנגד גויים כמו האמירה טוֹב שֶׁבַּגּוֹיִים הֲרוֹג^[ג] המיוחסת לרבי שמעון בר יוחאי ופרשנים רבים ניסו לרכך את האמירה הלא סובלנית הזו.

מעבר לכתובים קיימים אזכורים במקומות רבים בספרות המקראית וההיסטורית לפעולות אלימות כנגד כופרים והריגת כופרים (כמו למשל הרג נביאי הבעל על ידי אליהו הנביא). עם יציאת עם ישראל לגלות וההכרח לחיות בין הגויים דעך הדיון ביהדות ביחס לגויים ובצורך להתבדלות מהם כשהחוזקה, שאפיינה את היישוב היהודי בארץ ישראל לפני הגלות, הפכה לחולשה מול הגויים והגויים היו אלו שהכתיבו את מידת חופש הדת ממנה נהנו היהודים. קשיי הגלות והרדיפות אחרי היהודים הביאו חלק מהיהודים (במדינות אירופה ובמיוחד בארצות הברית) לתמוך בחופש דת מרבי במדינות בהן חיו ובתמיכה בחקיקה המקדמת חופש דת (ליהודים ולמיעוטים אחרים). מצד שני החזרה לארץ ישראל והקמת המדינה החזירה לשולחן הדיונים את הגישה המקראית העוינת לגויים ובעיקר בהקשר של היחס לערבים כשגופים שונים אימצו פרשנויות קיצוניות מתוך המקורות (כדוגמת הספר תורת המלך).

הדעה הרווחת היא שהודו היא אחד המקומות בעולם בהם מתקיים חופש דת מרבי. מקורות הסובלנות הדתית בהודו מיוחסים לדת ההינדית הנתפסת כאחת הדתות רחבות האופקים ביותר בכל הנוגע לחופש דת. ההינדואיזם מכבד את זכותו של כל אחד להגיע לאלוהים בדרכו שלו וההינדים מאמינים בדרכים שונות להטיף להשגת אלוהים ודת כפילוסופיה ומכאן לכבד את כל הדתות כשוות. אחת האמירות ההינדיות המפורסמות על דת היא: "האמת היא אחת וחכמים קוראים לה בשמות שונים".

הדווח המיוחד של האומות המיוחדות לחופש דת, היינריך בילפלדט, קבע כי כאשר ברית המילה מבוצעת על ידי בעלי מקצוע שהוכשרו לכך, בתנאים סניטריים ובהסכמתם המפורשת של ההורים או האפוטרופסים החוקיים, יש לכבד את ברית המילה לילדים כביטוי לזכות לחופש דת, הכוללת את הקבלה הטקסית של הילדים לדת^[9]. הדווח ציין שנכון לשנת 2015, אף מדינה לא אסרה על קיום המנהג, איסור אותו היה מחשיב כהתערבות מרחיקת לכת בזכויות ההורים. עם זאת, הוא ציין שהיו מחוקקים אשר קבעו תנאים, ברוח המלצת הוועדה לזכויות הילד (המופקדת על פירוש האמנה לזכויות הילד) לדאוג להכשרת אלו המבצעים את ההליך ולקיום סביבה בטוחה מבחינה רפואית.

טרם קביעתו של הדווח המיוחד, בית משפט בקלן שבגרמניה פסק ב-2012 שמילת ילדים אסורה. פסק הדין זכה לביקורת מצד קאנצלרית גרמניה, אנגלה מרקל, וכן מהקהילה היהודית והקהילה המוסלמית. בעקבות זאת חוקק הפרלמנט הגרמני חוק שאיפשר להמשיך את ניתוחי המילה^[10]. ב-2013 מועצת אירופה, ארגון בינלאומי שכלל נציגי 47 מדינות באותה עת, אימצה החלטה הצהרתית המביעה דאגה מביצוע ניתוחי מילה בילדים וקוראת למדינות לחוקק חוקים שיגבילו את האפשרות לקיים טקסי מילה ואף יחייבו את הסכמת הילד להליך^[11].

מרכז המחקר פיו (Pew) מנטר הגבלות על חופש הדת ברחבי העולם והוא מצא שיא בהגבלות ב-2018^[12]. ב-2019 מצא המרכז שמבין המדינות המאוכלסות ביותר, אלו שהטילו הכי הרבה הגבלות דתיות היו סין, מצרים, רוסיה, איראן ואינדונזיה^[13]. ב-2020 היו ההגבלות החמורות ביותר באפגניסטן, מצרים וסוריה^[14]. לצד זאת, הגבלות דתיות באירופה ספגו ביקורת מצד מומחי זכויות אדם, כגון איסור הצגת סמלים דתיים בצרפת, איסור הסתרת הפנים באמצעות בורקה במספר מדינות באירופה ואיסור על בניית מינרטים וקריאה מהם בשווייץ^[15].

באומות המאוחדות יש עיסוק מדי שנה במתח שבין ביזוי דתות וחופש דת. מ-1999 עד 2010 הגישה קבוצת המדינות המוסלמיות החלטה בנושא ביזוי דתות בעצרת הכללית ובמועצת זכויות האדם (או קודמתה, ועדת האו״ם לזכויות אדם). זאת במקביל לאימוץ החלטות בגופים אלה בנושא חופש דת, בהובלת האיחוד האירופי. בעקבות ירידה בתמיכה בהחלטה על ביזוי דתות, הקבוצה המוסלמית התפשרה והחליפה את ההחלטה בהחלטה נגד חוסר סובלנות, הסתה ופשעי שנאה על רקע דתי. בעקבות הפשרה הושג ונשמר קונצנזוס על ההחלטה החדשה מדי שנה עד היום^[16].

על אף הקונצנזוס שהושג, נותרה מחלוקת לגבי גישות שני הצדדים לנושא. שגריר הממלכה המאוחדת, סיימון סטנלי, הסביר את ההתנגדות לגישת המדינות המוסלמיות בעת הצבעה על החלטה שהגישו למועצת זכויות האדם ב-2023: ״חוק זכויות האדם הבינלאומי מספק לנו פרמטרים המוגדרים באופן צר, לפיו ניתן להגביל את חופש הביטוי. איננו מסכימים שהתקפות על דתות, כולל על טקסטים או סמלים, מהוות בהגדרה הסתה לשנאה.״^[17] הקבוצה המוסלמית הגישה למועצת זכויות האדם החלטה אד הוק (53/1) בעקבות מקרה של שריפת קוראן. להבדיל מההחלטות הקודמות שאומצו בקונצנזוס, החלטה זו אומצה בהצבעה עם 28 קולות בעד, 12 נגד ו-7 נמנעים.

ההתמודדות עם הדרישה לחופש דת קיימת כבר בעולם העתיק כשברוב המדינות, שהיו קיימות אז, הוגבל חופש הדת במלואו או בחלקו בהתייחס לדתות שונות מדת המדינה. שליטי מדינות אלו הסכימו, בדרך כלל, לחופש אמונה אך היו פחות סובלניים לקיום פולחני הדת ולכן הטילו מגבלות על מאמינים כמו הגבלת מקום מגורים, הגבלת מקצועות עבודה, מגבלות תנועה וכן בהטלת קנסות ודרישות לדמי כופר. יחד עם זאת היו מספר מקרים בעת העתיקה ששליטים חוקקו חוקים שהתירו חופש דת כמו כורש שליט האימפריה הפרסית האחמנית^[18], שליט האימפריה המאורית במאה השלישית לפני הספירה וג'ינגיס חאן בהאימפריה המונגולית בהמאה ה-13.

עם לידת האסלאם במדבריות ערב החל תהליך התחזקותו במזרח התיכון. על אף היחס המועדף שנתן האסלאם לדתות המונותאיסטיות (נצרות ויהדות) התחוללו באלף הראשון לספירה ותחילת האלף השני קרבות בין שבטים מוסלמים לבין כוחותיה הנסוגים של האימפריה הביזנטית הנוצרית כשב-650 הושלם כיבוש ארץ ישראל וירושלים והחלה התקופה המוסלמית המוקדמת בארץ ישראל. תקופה זו התאפיינה במידה רבה של חופש דת כשהשלטונות המוסלמים איפשרו לצליינים לבקר בקודשי הנצרות בארץ ישראל, לקיים טקסים נוצריים ולשמר כנסיות ובתי תפילה.

התמודדותו של האסלאם מול הנצרות התחדשה 450 שנה מאוחר יותר עם צאתו לדרך, ב-1096, של מסע הצלב הראשון לשחרור המקומות הקדושים מידי האסלאם. ב-200 השנים הבאות התחולל במזרח אגן הים התיכון מאבק בעל מרכיב דתי מובהק כשכוחות מוסלמים (חלקם בפיקודו של צלאח א-דין) נלחמו נגד כוחות נוצרים במאמץ לשלוט באזור, מאבק שהסתיים בניצחון המוסלמים.

אזור אפגניסטן היוותה במשך ההיסטוריה מוקד למחלוקת בין הינדים למוסלמים. ההינדים ששלטו במדינה עד המאה ה-11 הפכו חלקים במדינה לאתרי פולחן חשובים. לאחר כיבוש המדינה על ידי המוסלמים הם ראו בהינדים כופרים החל תהליך הרס האתרים הקדושים להם. עליית ארגון הטליבאן הסוני לשלטון במדינה ב-1995 הביא להתדרדרות ביחס למורשת ההינדית במדינה כששיאה היה ב-2001 כשהטליבאן הרס את פסלי בודהה בבאמיאן שהוגדרו כאתרי מורשת עולמית.

גם מסופוטמיה (כיום עיראק) היוותה אזור בעל מורשת העמוס באתרים היסטוריים. ב-2014 השתלטו כוחות של ארגון המדינה האסלאמית (דאעש) על חלקים מעיראק כשבשלב ראשון הורו לאסלם את התושבים הנוצרים באזור (שרובם ברחו דרומה) ובהמשך החל הארגון בהרס אתרי מורשת בטענה של עבודת אלילים (ראו הרס נכסי תרבות על ידי המדינה האסלאמית). בהמשך הרחיב הארגון את פעילותו נגד אתרי מורשת גם לסוריה וללוב. בין השאר נהרסו מקדש בעל שמין בתדמור, מסגד נבי יונס במוסול ^[ד], קבר דניאל הנביא, "כנסיית סנט מרי" במוסול, הכנסייה לזכר רצח העם הארמני בדיר א-זור שבסוריה ועוד.

כמוזכר מוקדם יותר חופש הדת הוא חלק מובנה בעקרונות הדת ההינדואית השלטת בהודו. מידע על יישום חופש הדת בהודו מתחיל בשליט ההודי אשוקה ששלט בה במאה ה-3 לפנה"ס והוציא צווים שאיפשרו חופש דת וחופש פולחן לכל הדתות. סובלנות זו מיוחסת לאימוץ הבודהיזם על ידי אשוקה ורבים מתושבי הודו ובהמשך מהתפשטות ההינדואיזם. הדלאי למה טען ש"סובלנות דתית מוטמעת במסורת ההודית".

נכון למאה ה-21 כ-80% מאוכלוסיית הודו היא הינדית וכ-15% מוסלמית. המעבר של מוסלמים לתת היבשת החל כבר במאה ה-11 והתגברה במאה ה-16 עם הקמת האימפריה המוגולית שראשיה אמנם היו מוסלמים אך התירו חופש דת בגבולות האימפריה. על אף ההיסטוריה של הסובלנות הדתית בהודו קיים עדיין מתח דתי בין הינדים למוסלמים. בנוסף עם הגיעם להודו של הצליינים הנוצרים הראשונים נוצרו בתת-היבשת מתחים בעקבות הניסיונות להמיר לנצרות את בני המקום^[19].

חופש הדת בהודו העכשווית הוא זכות יסוד המובטחת לפי סעיף 25 של חוקת המדינה. בהתאם לכך, לכל אזרח של הודו יש זכות להכריז, לקיים טקסים ולהפיץ את דתו בדרכי שלום. כמו כן רוב ההודים חוגגים את הפסטיבלים הדתיים של כל הדתות הנפוצות במדינה.

נכון למאה ה-21 הדת הנפוצה באירופה היא הנצרות על גווניה השונים וקיימת מידה רבה של חופש דת ביבשת וסובלנות כלפי דתות אחרות. סובלנות זו נוצרה רק בעת החדשה ולא הייתה כמעט קיימת לאורך ההיסטוריה.

הנצרות הגיעה לרומא מארץ ישראל בתחילת האלף הראשון לספירה. קיסרי רומא, שדתם הייתה דת פוליתיאיסטית, לא דגלו בחופש דת ודחו את עקרונות הנצרות ואף רדפו את מאמיניה והוציאו רבים מהם להורג. הראשונים ששילמו בחייהם על אמונתם הנוצרית היו חלק משנים-עשר השליחים כמו פטרוס, אחיו אנדראס הקדוש, יעקב בן זבדי ועוד.

ב-300 לספירה התקבלה הנצרות כדת האימפריה וב-380 לספירה יצא "צו סלוניקי" (אנ') שהוציא מחוץ לחוק את כל הדתות חוץ מהנצרות הקתולית. במהלך המאות הבאות הלכה הנצרות הקתולית והתפשטה ביבשת כשיותר ויותר עמים פגאנים מתנצרים. דת זו לא תמכה בחופש דת באירופה ולא הראתה סובלנות לבני דתות אחרות.

במאה ה-16 החלה באירופה תנועת הרפורמציה שקראה תיגר על האפיפיור, התפלגה מהנצרות הקתולית והקימה את הנצרות הפרוטסטנטית שהחמירה פחות עם המאמינים ואיפשרה מגוון גדול יותר של אמונות. פתיחות זו הביאה ליצירתם של מספר רב של זרמים בנצרות כמו לותרניזם, קלוויניזם, בפטיזם וזאת במקביל להתבססותה של הכנסייה האנגליקנית שקיבלה רק באופן חלקי את סמכותו של האפיפיור.

הפילוג בנצרות ופרישת הכנסייה הפרוטסטנטית מהקתוליות הביא לקונפליקט בין הזרמים השונים כשראשי הכנסייה הקתולית לא הראו סובלנות והאשימו את תומכי תנועת הרפורמציה בכפירה. ראשי הרפורמציה וחסידיהם נרדפו ודמם הותר כשבין השאר סבלו מרדיפות אלו מרטין לותר, ג'ון ויקליף (שנאלץ לברוח ממקום מגוריו), יאן הוס שהועלה על המוקד ב-1415, ז'אן קלווין שהוגלה מארצו וג'ון נוקס שנרדף. הסכסוך בין הכנסייה הקתולית לפרוטסטנטית חרג מעבר למרדף של הכנסייה הקתולית אחרי מנהיגי הפרוטסטנטים. במלחמות הדת בצרפת נרדפו מאמינים פרוטסטנטים בידי קתולים ובטבח ליל ברתולומאוס הקדוש ב-1572 נרצחו עשרות אלפי פרוטסטנטים הוגנוטים. עם השנים, ולאור התמיכה הרחבה בזרמים הפרוטסטנטים, התבססו הזרמים האלו והפכו ללגיטימיים דבר שצמצם את המתחים עם הכנסייה הקתולית.

תהליך דומה התחולל גם בין הכנסייה הקתולית והכנסייה האנגליקנית. כנסייה זו הוקמה באמצע האלף הראשון כארגון דתי עצמאי אך דבקה בראשיתה בעקרונות הכנסייה הקתולית. במאה ה-16, במקביל לתנועת הרפורמציה, החלה גם הכנסייה האנגליקנית להתנתק מהכנסייה הקתולית, בהנהגתו של הנרי השמיני, ולאמץ עקרונות פרוטסטנטים. גם תהליך זה הביא מצד אחד לפגיעה בתומכי הרפורמה ומצד שני לפגיעה בתומכי הכנסייה הקתולית (כמו הוצאתו להורג של תומאס מור הקתולי) ורק בשלהי המאה ה-17 התקבל באנגליה "חוק הסובלנות", שאפשר סובלנות לזרמים דתיים אחרים.

עוד לפני התעוררות תנועת הרפורמציה וביתר שאת במהלכה הופיעו ניצני חקיקה במדינות אירופה השונות שאפשרו מידה מסוימת של חופש דת וחופש פולחן. במקרים אחדים חופש זה התקיים תקופה מוגבלת עד ביטול החקיקה הסובלנית. מקרים כאלו התרחשו ב:

• בממלכת סיציליה התקיימה, החל מהמאה ה-13, סובלנות בין כל הדתות ואף התאפשר לבני הדתות השונות לבנות לעצמם בתי תפילה.
• בממלכת בוהמיה נחתמה במאה ה-15 "רפורמת בוהמיה" (אנ') שהבטיחה חופש דת. חופש זה התקיים עד המאה ה-17.
• בגרמניה ניסח פיליפ מלנכתון נוסח תפילה אחיד לקתולים ופרוטסטנטים וכן פורסם שלום אאוגסבורג שנתן חופש בחירת דת לכל שליט.
• בצרפת פורסם ב-1598 ההאדיקט של נאנט שסיים את מלחמות הדת בצרפת ונתן לפרוטסטנטים חופש דת. חופש זה הורחב בצרפת ב-1787 עם מתן "צו ורסאי" (אנ') ובסופו של דבר פורסמה במדינה הצהרת זכויות האדם והאזרח.
• בהונגריה וטרנסילבניה פורסם ב-1558 "צו טורדה" (אנ') שאפשר חופש דת לפלגים הקתוליים והפרוטסטנטים. הצו הורחב בהמשך ובין השאר הכריז כי "אסור לאף אחד להפחיד מישהו בשבי או בגירוש בשל דתו"^[20][ה][ו].
• ברפובליקה ההולנדית נחתמה ב-1579 "אמנת אוטרכט" (אנ') שהרחיבה את חופש הדת לא רק לכלל הפלגים הנוצריים אלא גם לבני דתות אחרות. בכך הפכה הולנד למדינה הסובלנית ביותר באירופה. עמדות אלו של חופש וסובלנות היוו את הבסיס להקמת המושבות ההולנדיות במזרח ארצות הברית כמו ניו אמסטרדם ובהמשך היו חלק מחוקי היסוד של ארצות הברית.
• בפולין ניתן ב-1264 כתב הזכויות של קאליש שנתן חופש דת וחופש פולחן למאמינים נוצרים ולא נוצרים. בנוסף לאספקטים הדתיים כלל כתב הזכויות גם חופש מסחר, חופש עיסוק ואת החופש לרכוש קרקע. עד ביטולו ב-1795 היווה כתב הזכויות את הבסיס להתפתחותה ופריחתה של יהדות פולין.
• באיחוד הפולני-ליטאי, שהתקיים ב-1569–1795 ניתנו לתושבים זכויות החופש לעבוד וחופש הדת.
• בשנות ה-60 של המאה ה-20 פרסמה ועידת הוותיקן השנייה של הכנסייה הקתולית הצהרה בשם Dignitatis humanae (אנ') שהגדירה את תמיכת הכנסייה בחופש הדת.

מתחילת עלייתה הפגינה הנצרות חוסר סובלנות כלפי היהדות. הטענות הקדומות המרכזיות כנגד היהודים היו על הסגרת ישו לרומאים וכן שהכנסייה היא היורשת הבלעדית של בחירת עם ישראל ומהווה את עמו היחיד של אלוהים (תפיסה הקרויה תאולוגיית החילופין). תפיסות אלו היוו את הבסיס לשנאת יהודים ורדיפתם לאורך הדורות (שנקראו החל מהמאה ה-19 בשם הידוע אנטישמיות). הרדיפות התבטאו בפרסום שורה של חוקים כנגד היהודים כשהוצאתם לפועל בוצעה על ידי ראשי המדינות וראשי הערים בהם התרכזו היהודים. המשמעות הייתה שמבחינה גאוגרפית לא התקיימה אחידות ביחס ליהודים כשבמקומות מסוימים הם נרדפו עד צוואר ובמקומות אחרים התאפשר חופש דת ופולחן חלקי. חוסר אחידות זה גרם למעבר יהודים בין ערים, מחוזות ומדינות בחיפוש אחר שלטון סובלני יותר שיאפשר להם יותר חופש דת. אירועים רבים של רדיפה נוצרית דתית אחרי יהודים התפרסמו לאורך ההיסטוריה וביניהם:

• פוגרומים בהם פרעו נוצרים באזורים בהם חיו יהודים.
• פרשיות של עלילת דם שברובן הואשמו יהודים בשימוש בדם ילדים נוצרים לאפיית מצות פסח, האשמות שבמקרים רבים חוללו פוגרומים.
• פרשת היהודים האנוסים שנאלצו להמיר את דתם בכפייה והעינויים שעברו על ידי האינקוויזיציה הספרדית בחשד של המשך קיום מנהגי הדת היהודית במסתור.
• גירוש המוני של יהודים על בסיס חוקים האוסרים שהות יהודים במקום מסוים (כמו גירוש ספרד, גירוש יהודי אנגליה, גירוש צרפת הגדול ועוד).
• האשמת היהודים בגרימת מגפות המוניות (ראו אנטישמיות בימי המוות השחור).
• מסמך הפרוטוקולים של זקני ציון שהאשים את היהודים בשליטה בעולם.
• טקסי שרפת התלמוד ההמוניים.
• השואה ובהמשך הכחשת השואה

הרדיפה של הכנסיות הנוצריות אחרי היהודים וקיום אנטישמיות בקרב האוכלוסייה המשיכו לשרור עד ובמהלך המאה ה-20 בה חוו היהודים פוגרומים וכמובן את השואה. המעבר של רבות ממדינות אירופה למשטר דמוקרטי לאחר מלחמת העולם השנייה השווה את זכויות היהודים וביסס גם את זכותם לחופש דת.

מהיווסדה החזיקה הכנסייה הקתולית בתפיסה שהדת הנוצרית קתולית עליונה על פני שאר הדתות ושבני שאר הדתות, לכן, הם כופרים. גישה זו התקיימה גם מול האסלאם שנוסד כ-600 שנה לאחר ייסוד הנצרות. לאחר הפיצול באימפריה הרומית בין האימפריה הרומית המערבית והאימפריה הרומית המזרחית (הקרויה גם "האימפריה הביזנטית") התפצלה גם הכנסייה הקתולית וקמו לה שני מרכזים דתיים: באיטליה (ובהמשך גם בגרמניה) ובקונסטנטינופול.

מבין שני הפלגים של האימפריה הרומית ושל הכנסייה הקתולית היה זה הפלג המזרחי שנאלץ להתמודד מול האיום האיסלמי שעלה ממזרח. האימפריה המזרחית שלטה בשיאה במזרח הים התיכון, באסיה הקטנה ובמצרים והתמודדה עם ממלכות לא נוצריות כמו האימפריה הסאסאנית ובהמשך עם אימפריות מוסלמיות שצמחו במדבריות ערב. מצב זה עימת גם את הכנסייה הקתולית המזרחית עם בני דתות אחרות.

האירועים המשמעותיים ביותר באזור מזרח הים התיכון, שהביאו לידי ביטוי את הקונפליקט הדתי בין הנצרות והאסלאם, היו מסעי הצלב. מסעות אלו החלו במאה ה-11 לאחר שכוחות מוסלמים הדפו את הצבאות הביזנטים מזירה זו וכבשו טריטוריות ביזנטיות ובראשן ירושלים והאתרים הנוצריים הקדושים שבה. ראשי הכנסייה קראו למאמיניהם להציל את ירושלים מידי הכופרים המוסלמים, קריאה שהביאה להתגייסות של המוני מאמינים שיצאו להילחם במוסלמים ובדרכם פגעו גם בקהילות יהודיות (כמו למשל גזירות תתנ"ו). ב-1096 יצא לדרך מסע הצלב הראשון שמשתתפיו הצליחו לכבוש את ירושלים ולהקים את ממלכת ירושלים (בנוסף למדינות צלבניות נוספות) אך במחיר כבד של טבח במוסלמים ויהודים שעמדו בדרכם. המאבק בין הנצרות לאסלאם לא הסתיים בהישג נוצרי משמעותי לאחר שהמוסלמים נלחמו עם חיילות המשמר הצלבניים שנשארו לשמור על המקומות הקדושים כדי להחזיר לעצמם את ההגמוניה. עוד שמונה מסעות צלב יצאו מאירופה להגן על הטריטוריות הצלבניות אך בסופו של דבר ניצחו המוסלמים במאבק ועד שלהי המאה ה-13 כבשו בחזרה את כל הטריטוריות הצלבניות.

במקביל למסעי הצלב ניהלה האימפריה הביזנטית מאבקים דתיים/טריטוריאליים מול הטורקים המוסלמים שפלשו למזרח אסיה הקטנה והכריזו שם על מדינה עצמאית (1299) ובסופו של דבר התפשטו מערבה כבשו את בירת האימפריה הביזנטית קונסטנטינופול (1453) והביאו לנפילת הביזנטים ונפילת האימפריה הרומית המזרחית.

למרות שעיקר הקונפליקט הנוצרי-מוסלמי התמקד במזרח האימפריה הרומית גם הכנסייה הקתולית באימפריה הוויזיגותית נאבקה באסלאם המתפשט כשנאלצה להתמודד מול הכיבוש המוסלמי של ספרד. כיבוש זה נעשה על ידי כוחות מוסלמים שהגיעו, בתחילת המאה השמינית, מצפון אפריקה והשתלטו על רוב חצי האי האיברי. בנוסף על הרצון של האימפריה הוויזיגותית להחזיר לעצמה טריטוריה שאבדה הוסיפה הכנסייה הקתולית לשאיפה זו מימד דתי כשכינתה את המוסלמים כופרים וקראה למסע צלב להצלת המקומות הקדושים לנצרות בחצי האי (כמו קברו של יעקב בן זבדי). המאבק של הנוצרים להחזרת השליטה בחצי האי האיברי נקרא רקונקיסטה והוא נמשך כ-700 שנה. המערכה הסתיימה בחתימה הדדית של הנוצרים והמוסלמים על הסכם גרנדה (אנ') שאיפשר חופש דת ופולחן למוסלמים שנשארו בחצי האי.

הסכמים האלו לא החזיקו מעמד זמן רב כשהכנסייה הנוצרית המשיכה לנסות להמיר את דתם של המוסלמים וב-1502 הפיצה ממלכת קסטיליה צו שקרא למוסלמים בממלכות קסטיליה ואראגון להתנצר או לעזוב את המדינה, ובעקבותיו בחרו רבים מהמוסלמים להתנצר (לפחות למראית עין) וכל היתר גורשו. המרכיב הדתי הדומיננטי בכיבוש מחדש של חצי האי הביא גם לדרישה מהיהודים להתנצר דבר שהוביל בסופו של דבר לגירוש ספרד.

במהלך המאה ה-20 קרו שני אירועים משמעותיים שנבעו מקונפליקט נוצרי/מוסלמי:

• רצח העם הארמני: מאז תחילת התפשטות האימפריה העות'מאנית היו רוב הארמנים הנוצרים תחת שלטון טורקי מוסלמי שהתעלל בהם לאורך כל תקופת שלטונו. מעשים אלו הביאו למתח תמידי בין הארמנים (ששאפו לעצמאות) לבין השלטונות העות'מאנים ועם פרוץ מלחמת העולם הראשונה ונטיית הארמנים לתמוך ברוסיה הכריזו הטורקים על הארמנים כאויב והחלו בתהליך גירוש המוני שלהם תוך התעללות מתמדת. לפי ההערכות נרצחו בתהליך הגירוש שהתחולל בין 1915 ל-1917 כמיליון וחצי ארמנים.
• טבח סרברניצה: נכון לעת החדשה נותרו באירופה מספר איים מוסלמיים שהעיקריים בהם נמצאים באלבניה ובבוסניה והרצגובינה. ב-1992, בעקבות הכרזת העצמאות של בוסניה והרצגובינה, בתמיכת המוסלמים, פתחו כוחות סרבים נוצרים (מקומיים ומסרביה השכנה), בפיקודו של סלובודן מילושביץ', במהלך לכיבוש בוסניה כשבדרכם ערכו טהור אתני בתושבים המוסלמים. בשיאו של תהליך הטיהור חוללו הסרבים את טבח סרברניצה במהלכו נרצחו כ-8,000 מוסלמים בוסנים. בית הדין הפלילי הבין-לאומי ליוגוסלביה לשעבר הגדיר את המעשה רצח עם והעמיד לדין את מילושביץ'.

תהליך הפצת הדת והאמונה בין הלא נוצרים החל מראשיתה של הנצרות כששנים-עשר השליחים יצאו להפיץ את הבשורה של ישו. לאורך השנים הפך תהליך המיסיונריות והפצת הנצרות למרכיב חשוב בדת הנוצרית. מעצם טיבו גרם תהליך המרת הדת לקונפליקטים בין נושאי הבשורה לבין הלא נוצרים כשמצד אחד נערכו ניסיונות לפגוע במסיונרים כדי לשמר את הקיים ומצד שני כפו המיסיונרים, גם בכוח, את הדת הנוצרית על המתנצרים החדשים.

במהלך האלף הראשון לספירה הפיצו שליחיה של רומא את בשורת הנצרות ברחבי אירופה והצליחו לשכנע את רוב שליטי היבשת להתנצר. חלק משליטים אלו לא תמכו בחופש דת ולכן כפו את המרת הדת גם על נתיניהם. כך למשל אחרי שהתנצר העמיד קרל הגדול בפני הסקסונים את הברירה להתנצר או למות. מחקרים טוענים שהתנהלות זו נבעה מתפיסת הנצרות כדת עליונה וכדרך החיים "הנכונה" ומראיית המרת הדת לנצרות כדרך להציל עולם ברברי ופגאני^[21].

עם התפשטות האסלאם שלחה הכנסייה הקתולית מיסיונרים גם למדינות המוסלמיות אך לא רשמה הצלחות רבות.

במחצית השנייה של האלף השני לספירה, עם גילוי אמריקה, נפתח בפני הכנסייה הקתולית והפרוטסטנטית כר נרחב לפעילות מסיונרית להמרת דתם של הילידים. הפעילות המיסיונרית במרכז ודרום אמריקה השתלבה בתהליך הכיבוש הספרדי והקמת אמריקה הספרדית. הכובשים הספרדים התאכזרו, במקרים רבים, לילידים וכפו עליהם את תהליך ההתנצרות.

באותה תקופה התפשטה המיסיונריות גם להודו ולמזרח הרחוק שם הייתה לנצרות הצלחה חלקית כשבמדינות מרכזיות כמו יפן וסין (שושלת צ'ינג) הוגבלה תופעת המיסיונריות:

• ב-1618 נאסרה הנצרות ביפן וב-1637 נטבחו בה אלפי מאמינים נוצרים.
• בסין הוגבלה פעולת המיסיונרים וב-1717 הוציא קיסר סין צו המורה לגרש את כל המיסיונרים מסין. ב-1860, בעקבות תבוסת סין במלחמת האופיום השנייה, איפשרו שלטונות סין חופש דת גם לנצרות. במרד הבוקסרים ב-1899, במהלכו מרדו הסינים בהתפשטות הקולוניאליזם, נטבחו אלפי נוצרים סינים ומאות מיסיונרים שנתפסו כנציגי המערב. בשנות ה-50 של המאה ה-20 אסר השלטון הקומוניסטי בסין פעילות דתית גלויה וגירש את כל המיסיונרים מהמדינה. החל משנות ה-70 של המאה ה-20 ניתנו בסין הקלות למאמינים והתאפשר יותר חופש דת.

התפשטות המיסיונריות באפריקה הלכה יד ביד עם התפשטות הקולוניאליזם במהלך המאה ה-19. הסובלנות הדתית בתקופה זו איפשרה חדירה רחבה של המיסיונרים והערכה היא שב-1980 כ-50% מאוכלוסיית אפריקה שמדרום לסהרה היו נוצרים. יחד עם זאת העלו חוקרים ביקורת שתהליך חדירת הנצרות לאפריקה לוותה בדיכוי דתות אחרות^[22][23].

מתחילת הקמתן התחולל במושבות הראשונות של ארצות הברית מאבק בין הזרמים הקתוליים שמרניים לבין הזרמים הפרוטסטנטיים והליברליים^[ז]. בחלק מהמושבות (כמו מרילנד) נקבע חופש דת זמן קצר לאחר הקמתן אך במושבות אחרות (כמו מסצ'וסטס) הייתה הכנסייה האנגליקנית דומיננטית עם השפעה חזקה של זרם הפוריטניות. שילוב זה הביא לחוסר סובלנות קיצוני לזרמים אחרים של הנצרות ולרדיפתם של המאמינים הפרוטסטנטים ובמיוחד חברי קהילת הקווייקרים. בין השאר הוצאו להורג בבוסטון ארבעה קוויקרים (המכונים "המרטירים של בוסטון" (אנ')) וביניהם מארי דייר שנתלתה ב-1660. אירועים אלו עוררו זעם כנגד הכנסייה הקתולית וצ'ארלס השני, מלך אנגליה אף פרסם צו המתיר חופש דת ואוסר פגיעה בקוויקרים.

המאבק בין הקתולים והפרוטסטנטים על חופש הדת בשלוש עשרה המושבות נמשך לאורך כל המאה ה-17 והסתיים למעשה עם פרוץ מלחמת העצמאות של ארצות הברית ופרסום הכרזת העצמאות של ארצות הברית ב-1776. עד אז השתנו חוקי חופש הדת בהתאם למי ששלט בכל מושבה. המושבות רוד איילנד, קונטיקט, ניו ג'רזי ופנסילבבניה, שנוסדו על ידי פרוטסטנטים, בלטו לטובה והצליחו לשמור רוב הזמן על חופש הדת ועל הפרדת הדת מהמדינה.

ב-1779 כתב תומאס ג'פרסון את החוק להנהגת חופש דת בווירג'יניה שבו נאמר (בין השאר): "שום אדם לא ייאלץ לתמוך בכל פולחן דתי, מקום או שירות כלשהם, ולא יאכפו עליו, ירסנו אותו, יפגעו בגופו או ברכושו, ולא יסבול אדם בדרך אחרת, בשל דעותיו הדתיות או אמונתו; אלא שכל בני האדם יהיו חופשיים להצהיר, ולקיים, את דעותיהם בענייני דת, ושדעותיהם בשום אופן לא יפחיתו, יגדילו או ישפיעו על זכויותיהם האזרחיות". רוח דברים אלו השתקפה מאוחר יותר בתיקון הראשון לחוקת ארצות הברית של מגילת הזכויות של ארצות הברית בו נכתב שהקונגרס לא יהפוך דת כלשהי לדת המדינה ולא יעדיף דת אחת על פני אחרת.

ב-1998 חוקקה ארצות הברית את "חוק חופש הדת הבינלאומי" (אנ') לפיו תקים ארצות הברית ועדת מעקב (אנ') אחר מצב חופש הדת ב-200 מדינות ברחבי העולם. לוועדה ניתנו כלים לחקור ולהמליץ על הטלת סנקציות כנגד מדינות שנמנעות משיפור חופש הדת בהן. לטענת ארגוני זכויות אדם היא אינה מפעילה מספיק את סמכותה.

חופש הדת בקנדה הוא זכות מוגנת חוקתית, המעניקה למאמינים את החופש להתאסף ולעסוק בפולחן ללא הגבלה או הפרעה. החוק אף נרחב מהנהוג בארצות הברית ומחייב אזרחים פרטיים וחברות לספק לבעלי אמונות דתיות חזקות התאמה סבירה של סביבת העבודה לאמונותיהם תוך מתן הקלות לחריגה סבירה בלבוש דתי^[ח].

חופש הדת לא מוכר במפורש בחוקי היסוד של מדינת ישראל, אך ניתן למצוא לו ביסוס בשלושה מקורות תת-חוקתיים:

הכרזת העצמאות – בהכרזת העצמאות נאמר ש"מדינת ישראל... תבטיח חופש דת, מצפון, לשון, חינוך ותרבות; תשמור על המקומות הקדושים של כל הדתות". למגילת העצמאות אמנם אין מעמד חוקתי, אך שופטים מסתמכים עליה בפירוש החקיקה הקיימת^[24].

דבר המלך במועצתו, 1922 – בחוקי המנדט הבריטי ששררו בארץ לפני קום המדינה נקבע כי "כל האנשים בארץ ישראל ייהנו מחופש מצפון מוחלט, ויוכלו לקיים את צורות פולחנם באין מפריע ובלבד שהסדר הציבורי והמוסר יהיו נשמרים". הוראה זו עמדה בתוקפה עם הקמת המדינה (כפי שנקבע בפקודת סדרי השלטון והמשפט, התש"ח-1949), ולא שונתה על ידי הכנסת עד היום.

המשפט המקובל – הפסיקה בישראל פיתחה, בפסקי דין רבים של בית המשפט העליון, את חופש הדת כזכות אדם הלכתית. כך נקבע כי "במדינת ישראל, כל אדם רשאי לחיות בה באמונתו ולעבוד את אלוהיו על פי דרכו ועל פי הכרתו, ורשויות המדינה שבה שוקדות על כך כי איש לא ירדף בשל אמונתו הדתית או בשל היעדרה"^[25]; "עקרון חופש הדת והמצפון כלל יסוד הוא במערכת משפטנו"^[26].

מלבד מקורות אלו, בית המשפט העליון קבע מספר פעמים כי הזכות לחופש דת היא זכות יסוד. בנוסף, במספר אמרות אגב נאמר גם כי חופש הדת כלול בכבוד האדם, המעוגן בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, ולפיכך מעמדו כזכות חוקתית: "עם חקיקתו של חוק-יסוד: כבוד האדם וחירותו, הפך חופש הדת והפולחן לזכות יסוד, חקוקה עלי ספר, כחלק מכבוד האדם... כבוד האדם כערך חוקתי טומן בחובו את תפיסת היסוד בדבר זכותו של האדם לחופש, הן בגופו והן ברוחו, לעצב את אישיותו ולחיות על פי תפיסת עולמו באין מפריע"^[27].

בפסיקה ובספרות הוכרו טיעונים שונים המצדיקים הגנה מיוחדת לחופש הדת.

הרציונל העיקרי היא חופש המצפון, שאף הוא זכות חוקתית בישראל, למרות שאינה מעוגנת בחוקי היסוד. לפי גישה זו, חופש הדת הוא חלק מחופש המצפון, ולפיכך לשם הכרה בחופש הדת אין חובה לבחון האם הדת אכן מחייבת או אוסרת דבר מה, אלא העיקר הוא חופש האמונה, והמידה שבה נפגע מצפונו של האדם. ההגנה על חופש המצפון דורשת שלא לכפות אדם להתנהג באופן המנוגד במישרין לעקרונות שהוא מחויב להם עמוקות. הפגיעה בחופש המצפון תהיה בדרך כלל כאשר אדם נדרש לפעול באופן אקטיבי תוך הפרת עקרונותיו, ולעשות כן בעצמו.^[28]

טיעון נוסף הוא שפגיעה בחופש הדת מחלישה את התרבות הדתית. הדת היא דוגמה מובהקת לתרבות מקיפה, ולהגנתה יש ערך רב מבחינתם של בני אותה תרבות. ביסוד הגנה זו עומדת ההגנה על קבוצות מיעוט תרבותיות, העומדת בלבה של מדיניות רב-תרבותית.^[28]

ישנם מלומדים הסבורים כי חופש הדת יכול להתבסס גם על חופש האוטונומיה. לפי טענה זו, אדם מממש את האוטונומיה שלו כאשר הוא חי חיים דתיים, ולכן כפייתו להפר את חוקתי דתו שקולה לפגיעה חמורה באוטונומיה שלו. מנגד טענו מלומדים אחרים כי לאוטונומיה אין ערך העומד בפני עצמו, ולפיכך לא ראוי לבסס עליה את חופש הדת.

חובת המדינה לעניין חופש הדת היא כפולה: מחד גיסא אל לה לפגוע בחופש הדת של האדם, ומאידך גיסא עליה להגן על חופש הדת מפני צדדים שלישיים המבקשים לפגוע בו. בישראל, הזכות לחופש הדת היא יחסית, ולכן היא עשויה להידחות מפני זכויות אחרות, אם הפגיעה תקיים את תנאיה של פסקת ההגבלה שבחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו. יש הטוענים שחופש הדת מתקיים בישראל באופן חלקי בלבד, וחורגים ממנו נושאים כדוגמת:

• בישראל אין נישואים לא דתיים: נישואין וגירושין מוכרים חוקית רק אם הוכרו על ידי הרשות הדתית הרשמית, או אם נרשמו במדינה אחרת. בפרט, בני זוג מדתות שונות יכולים להינשא חוקית בישראל רק אם דתם מאפשרת זאת, כדוגמת מוסלמי ונוצרייה, או שאחד מהם ימיר את דתו לזו של האחר. כך, יהודי אינו יכול להינשא למי שאינו יהודי, אם כי הנישואים עשויים להיות תקפים ביחס ללא יהודי, כגון במקרה שמוסלמי נושא יהודייה בנישואים מוסלמיים. בנוסף, יהודי כהן אינו יכול לשאת גרושה או גיורת, וכדי למנוע זאת, יהודי המבקש לשאת גרושה זקוק לעדות על כך שאינו כהן^[29].
• אחדים מחוקי המדינה, כגון "חוק החמץ" ו"חוק החזיר", מטילים על כלל התושבים היהודים הגבלות שמקורן בדת היהודית.
• בישראל השירות בצבא הוא חובה, ולפי מדיניות הצבא כלל החיילים מחויבים להשתתף באירועים רשמיים, גם כששרות בהם נשים ולמרות האיסור ההלכתי לגברים יהודים לשמוע אישה שרה^[30]. חיילים דתיים שעוזבים את המקום עלולים לעמוד לדין וחלקם נכלאים^[31]. במקרה של אירועים אחרים, שיקול הדעת האם לפטור מהאזנה לשירה חיילים המבקשים זאת, מואצל למפקדיהם.
• יהודים אינם מורשים להתפלל בהר הבית, לעומת מוסלמים, שאומנם לא נמנעת מהם התפילה בהר, אך לעיתים מוגבל גיל העולים. אפליה זו הונחה פעמים אחדות לפתחו של בית המשפט העליון, ונפסק כי הגבלות אלה נובעות משיקולים ביטחוניים, ולכן הן בגדר פגיעה מוצדקת בחופש הדת. כמו כן, מוגבלת גישת יהודים המעוניינים להתפלל בקבר יוסף או במקומות אחרים המצויים בשליטת הרשות הפלסטינית משיקולים מדיניים וביטחוניים.
• למתפללים בכותל המערבי מוכתב נוסח ההתנהגות ותפילה התואם לגישה היהודית האורתודוקסית וקבוצות המנסות לקיים טקסי תפילה שונים (כמו נשות הכותל) זוכות למחאות והתנגדות מצד חוגים חרדיים (על אף החלטה של מערכת המשפט להתיר נוסח תפילה זה).

• חופש מדת
• כפייה דתית
• כפייה אנטי-דתית
• הפרדת הדת מהמדינה
• חופש המצפון

• ברק מדינה, דיני זכויות האדם בישראל, הוצאת נבו, 2017, הפרק "חופש הדת", עמ' 673–749.

  מדיה וקבצים בנושא חופש דת בוויקישיתוף

• חופש הדת, חופש מדת והגנה על רגשות דתיים, דני סטטמן וגדעון ספיר, מחקרי משפט כא, 2004
• מסמך רקע בנושא חופש הדת וחופש מדת, מוגש לוועדת חוקה חוק ומשפט של הכנסת, הבינתחומי הרצליה 2005
• חופש הדת והחופש מדת בראי הרעיון הדמוקרטי, המכון הישראלי לדמוקרטיה, 2015(הקישור אינו פעיל)
• Religion and State--A Fresh Theoretical Start, Gidon Sapir
• דת ומדינה: פריטי מקור ומשאבי הוראה, באתר החינוך של הספרייה הלאומית
• דון סוסונוב ועמיחי דנינו, האם ניתן לייחס את זכות היסוד חופש הדת לתאגידים? בחינה ביקורתית בראי הדין הישראלי, באתר כתב העת משפט ועסקים.
• חזיר במדינת היהודים?, על פסיקת בג"ץ בנושא, אתר חדשות מחלקה ראשונה
• אתר האינטרנט חופש, על חופש מדת, ונושאים נגזרים או מקורבים
•   חופש הדת, דף שער בספרייה הלאומית