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Il est [[insectivore]] et [[frugivore]]. Il déloge des larves d'[[Insecte xylophage|insectes xylophages]] qu'il détecte en tapotant les troncs avec son doigt spécialisé et auxquelles il accède en élargissant les orifices en déchiquetant les couches supérieures avec ses incisives et qu'il déniche finalement avec son grand doigt muni d'une griffe. À d'autres périodes de l'année, c'est pour extraire le cœur spongieux des gales sur les branches d{{'}}''[[Eugenia]]'' que son doigt spécialisé lui est utile.
 
C'est le seul [[primate]] à posséder 18 dents. En effet, les espèces du sous-ordre des [[strepsirrhini]], dont l'aye-aye fait partie, possèdent généralement 36 dents et ces dents il repousse toujours. (2 incisives, 1 canine, 3 prémolaires et 3 molaires par demi-mâchoire). Le DaubentoniaDaubentonie est une exception et on assiste à une oligodontie (réduction importante du nombre de dents). En effet, celui-ci a perdu: 4 incisives, les 4 canines, et 10 prémolaires (4 au niveau de l'arcade supérieure, et 6 au niveau de l'arcade inférieure). Le DaubentoniaDaubentonie ne présente plus de canine, ni de prémolaire au niveau de l'arcade dentaire inférieure.
 
L'aye-aye est un animal en général solitaire et nocturne, discret et difficile à observer.
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