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Rhodobacteraceae

famille de bactéries

Les Rhodobacteraceae sont une famille de protéobactéries de l'ordre des Rhodobacterales dans le sous-groupe alpha[2]. Comme toutes les protéobactéries, elles sont gram-négatives. Le taxon contient des bactéries chimio-organotrophes et photohétérotrophes. Beaucoup se situent dans des habitats aquatiques.

Rhodobacteraceae
Description de l'image Roseobacter strain HIMB11.jpg.
Classification LPSN
Domaine Bacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe Alphaproteobacteria
Ordre Rhodobacterales

Famille

Rhodobacteraceae
Garrity et al. 2006[1]

Liste des genres

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Selon BioLib (11 novembre 2021)[3] :

  • Ahrensia Uchino, Hirata, Yokota & Sugiyama, 1999
  • Albidovulum Albuquerque, Santos, Travassos, Nobre, Rainey, Wait, Empadinhas, Silva & da Costa, 2003
  • Albimonas Lim, Jeon, Jamg, Park, Shin, Yeo & Kim, 2008
  • Amaricoccus Maszenan, Seviour, Patel, Rees & McDougall, 1997
  • Antarctobacter Labrenz, Collins, Lawson, Tindall, Braker & Hirsch, 1998
  • Catellibacterium Tanaka, Hanada, Manome, Tsuchida, Kurane, Nakamura & Kamagata, 2004
  • Citreicella Sorokin, Turovová & Muyzer, 2006
  • Citreimonas D.H. Choi & B.C. Cho, 2006
  • Dinoroseobacter Biebl, Allgaier, Tindall, Koblížek, Lünsdorf, Pukall & Wagner-Döbler, 2005
  • Donghicola Yoon, Kang & Oh, 2007
  • Gemmobacter Rothe, Fischer, Hirsch, Sittig & Stackebrandt, 1988
  • Haematobacter Helsel, Hollis, Steigerwalt, Morey, Jordan, Aye, Radošević, Jannat-Khah, Thiry, Lonsway, Patel, Daneshvar & Levett, 2007
  • Jannaschia Wagner-Döbler, Rheims, Felske, Pukall & Tindall, 2003
  • Ketogulonicigenium Urbance, Bratina, Stoddard & Schmidt, 2001
  • Labrenzia Biebl, Pukall, Lünsdorf, Schulz, Allgaier, Tindall & Wagner-Döbler, 2007
  • Leisingera Schaefer, Goodwin, McDonald, Murrell & Oremland, 2002
  • Loktanella Van Trappen, Mergaert & Swings, 2004
  • Maribius D.H. Choi, J.C. Cho, Lanoil, Giovannoni & C.B. Cho, 2007
  • Marinovum Martens, Heidorn, Pukall, Simon, Tindall & Brinkhoff, 2006
  • Maritimibacter K. Lee, Choo, Giovannoni & J.C. Cho, 2007
  • Methylarcula Doroninová, Trocenko & Turovová, 2000
  • Nereida Pujalte, Macián, Arahal, Ludwig, Schleifer & Garay, 2005
  • Nesiotobacter Donachie, Bowman & Alam, 2006
  • Oceanibulus Wagner-Döbler, Rheims, Felske, El-Ghezal, Flade-Schröder, Laatsch, Lang, Pukall & Tindall, 2004
  • Oceanicola J.C. Cho & Giovannoni, 2004
  • Octadecabacter Gosink, Herwig & Staley, 1998
  • Palleronia Martínez-Checa, Quesada, Marínez-Cánovas, Llamas & Béjar, 2005
  • Pannonibacter Borsodi, Micsinai, G. Ovács, Tóth, Schumann, A.L. Kovács, Böddi & Márialigeti, 2003
  • Paracoccus Davis, 1969
  • Pelagibaca J.C. Cho & Giovannoni, 2006
  • Phaeobacter Martens & al., 2006
  • Pseudorhodobacter Uchino, Hamada & Yokota, 2003
  • Pseudovibrio Shieh, Lin & Jean, 2004
  • Rhodobaca Milford, Achenbach, Jung & Madigan, 2001
  • Rhodobacter Imhoff, Trüper & Pfennig, 1984
  • Rhodothalassium Imhoff, Petri & Süling, 1998
  • Rhodovulvum Hiraishi & Ueda, 1994
  • Roseibacterium Suzuki, Mori & Nishimura, 2006
  • Roseibium Suzuki, Muroga, Takahama & Nishimura, 2000
  • Roseicyclus Rathgeber, Yurkova, Stackebrandt, Schumann, Beatty & Yurkov, 2005
  • Roseinatronobacter Sorokin, Turovová, Kuzněcov, Brjancevová & Gorlenko, 2000
  • Roseisalinus Labrenz, Lawson, Tindall, Collins & Hirsch, 2005
  • Roseivivax Suzuki, Muroga, Takahama & Nishimura, 1999
  • Roseobacter Shiba, 1991
  • Roseovarius Labrenz, Collins, Lawson, Tindall, Schumann & Hirsch, 1999
  • Rubellimicrobium Denner, Kolari, Hoornstra, Tsitko, Kämpfer, Busse & Salkinoja-Salonen, 2006
  • Rubrimonas Suzuki, Muroga, Takahama, Shiba & Nishimura, 1999
  • Ruegeria Uchino, Hirata, Yokota & Sugiyama, 1998
  • Sagittula Gonzalez, Mayer, Moran, Hodson & Whitman, 1997
  • Salipiger Martínez-Cánovas, Quesqdq, Martínez-Checa, del Moral & Béjar, 2004
  • Shimia D.H. Choi & B.C. Cho, 2006
  • Silicibacter Petursdottir & Kristjansson, 1999
  • Staleya Labrenz, Tindall, Lawson, Collins, Schumann & Hirsch, 2000
  • Stappia Uchino & al., 1999
  • Sulfitobacter Sorokin, 1996
  • Tateyamaria Kurahashi & Yokota, 2008
  • Thalassobacter Macián, Arahal, Garay, Ludwig, Schleifer & Pujalte, 2005
  • Thalassobius Arahal, Macián, Garay & Pujalte, 2005
  • Thalassococcus Lee, Tsoi, Li, Wong & Qian, 2007
  • Thioclava Sorokin, Turovová, Spiridonovová, Rainey & Muyzer, 2005
  • Thiosphaera Robertson & Kuenen, 1984
  • Wenxinia Ying, Wang, Dai, Yang, S.J. Liu & Z.P. Liu, 2007
  • Woodsholea Abraham, Strömpl, Vancanneyt, Bennasar, Swings, Lünsdorf, Smit & Moore, 2004
  • Yangia Dai, Wang, Q.X. Yang, Jiao & S.J. Liu, 2006

Selon ITIS (11 novembre 2021)[1] :

Selon NCBI (11 novembre 2021)[4] :

Selon World Register of Marine Species (11 novembre 2021)[5] :

Genres provisoires

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Les genres suivants ont été publiés, mais non validés selon le Code International de la Nomenclature Bactérienne :

  • Aliisedimentitalea Kim et al . 2015
  • Alterinioella Kong et al . 2021
  • Falsigemmobacter Li et al . 2020
  • Jindonia Parc et al . 2017
  • Ketogulonicigenium corrig. Urbance et al . 2001
  • Nitropelagi Jeong et Lee 2016
  • Oceaniovalibus Liu et al . 2012
  • Oceanomicrobium Dai et al . 2021
  • Piezobacter Takai et al . 2009
  • Pikeienuella Park et al . 2021
  • Plastorhodobacter Xie et al . 2015
  • Polymorphum Cai et al . 2011
  • Pseudopontivivens Park et al . 2018
  • Roseibacula Nuyanzina-Boldareva et Gorlenko 2014
  • Zongyanglinia Xu et al . 2021

Genres « Candidatus »

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Les genres candidatus suivants ont été publiés[6] :

  • « Candidatus Halichondriibacter » corrig. Knobloch et al . 2019
  • « Candidatus Kopriimonas » Quinn et al . 2012

Phylogénie

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La taxonomie actuellement acceptée est basée sur la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature[6] et la phylogénie est basée sur des séquences du génome entier[7],[note 1].


Notes et références

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Notes

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  1. ↑ Acidimangrovimonas, Aestuariibius, Aestuariicoccus, Aestuariihabitans, Aestuarium, Agaricicola, Albirhodobacter, Aliishimia, Alkalilacustris, Allgaiera, Amaricoccus, Antarcticimicrobium, Aquicoccus, Arenibacillus, Arenibacterium, Carideicomes, Chachezhania, Falsirhodobacter, Fertoeibacter, Fluviibacterium, Hahyoungchilella, Halodurantibacterium, Halovulum, Histidinibacterium, Kangsaoukella, Lacimonas, Limibaculum, Litorisediminicola, Litorisediminivivens, Litorivita, Marimonas, Meridianimarinicoccus, Methylarcula, Nioella, Oceanibium, Paenimaribius, Paradonghicola, Paraphaeobacter, Parasedimentitalea, Paroceanicella, Pelagivirga, Pelagovum, Phycocomes, Profundibacter, Profundibacterium, Pseudogemmobacter, Pseudohalocynthiibacter, Pseudomaribius, Pseudopuniceibacterium, Pseudoseohaeicola, Pseudothioclava, Psychromarinibacter, Pukyongiella, Qingshengfaniella, Rhodobaculum, Rhodophyticola, Roseibaca, Roseibacterium, Roseicyclus, Rubribacterium, Rubricella, Salinovum, Seohaeicola, Sinirhodobacter, Solirhodobacter, Tateyamaria, Xinfangfangia, et Youngimonas ne sont pas inclus dans cet arbre phylogénétique.

Références

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  1. ↑ a et b Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 11 novembre 2021
  2. ↑ Voir la page web du NCBI sur les Rhodobacteraceae. Données extraites de « NCBI taxonomy resources », National Center for Biotechnology Information (consulté le )
  3. ↑ BioLib, consulté le 11 novembre 2021
  4. ↑ NCBI, consulté le 11 novembre 2021
  5. ↑ World Register of Marine Species, consulté le 11 novembre 2021
  6. ↑ a et b Euzéby JP, Parte AC., « Rhodobacteraceae », List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) (consulté le )
  7. ↑ « Analysis of 1,000+ Type-Strain Genomes Substantially Improves Taxonomic Classification of Alphaproteobacteria », Frontiers in Microbiology, vol. 11,‎ , p. 468 (PMID 32373076, PMCID 7179689, DOI 10.3389/fmicb.2020.00468)

Liens externes

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