Lokiarchaeota

Lokiarchaeota est un phylum des Archaea défini en 2015^[1].

Principales caractéristiques bathymétriques et topographiques de l'océan Arctique. La dorsale de Gakkel (*Gakkel Ridge*) où l´on a découvert l'existence de lokiarchaeotes, est à la droite de la carte, au nord de la Sibérie et de l'Europe, et atteint la partie nord de l'océan Atlantique.

Hypothèse éocyte (en) proposant un ancêtre commun aux archées et aux eucaryotes.

Description

Ayant été découvert par des analyses métagénomiques, ses caractéristiques morphologiques ne sont pas connues. La nomenclature de ce taxon a été officiellement introduite en 2015, après l'identification d'un génome considéré Candidatus pendant l'analyse métagénomique^[2]^,^[3] d'un échantillon de sédiments du fond océanique.

L'échantillon sédimentaire a été obtenu près d'une source hydrothermale dans une formation rocheuse connue comme le Château de Loki (Loki's Castle, en anglais) sur la dorsale de Gakkel dans l'Océan Arctique^[1].

L'importance du phylum Lokiarchaeota provient du fait que l'analyse phylogénétique démontre l'existence d'un groupe monophylétique composé de lokiarchaeotes et d'eucaryotes^[4]^,^[5]^,^[6], ainsi que de la présence de plusieurs gènes ayant des fonctions associées à la membrane cellulaire. Il permet d'apporter une pierre à l'édifice de la connaissance de l'origine des eucaryotes, une des hypothèses proposant que l'ancêtre commun des eucaryotes soit proche des Archaea^[7]^,^[8]^,^[9]^,^[10]^,^[11]^,^[12].

Références

↑ ^{a et b} (en) Anja Spang, Jimmy H. Saw, Steffen L. Jørgensen, Katarzyna Zaremba-Niedzwiedzka, Joran Martijn, Anders E. Lind, Roel van Eijk, Christa Schleper, Lionel Guy et Thijs J. G. Ettema, « Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes », Nature,‎ 2015 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/nature14447, lire en ligne [PDF])
↑ (en) Steffen Leth Jørgensen, Bjarte Hannisdal, Anders Lanzen, Tamara Baumberger, Kristin Flesland, Rita Fonseca, Lise Øvreås, Ida H Steen, Ingunn H Thorseth, Rolf B Pedersen et Christa Schleper, « Correlating microbial community profiles with geochemical data in highly stratified sediments from the Arctic Mid-Ocean Ridge », PNAS, vol. 109, n^o 42,‎ 5 septembre 2012, E2846–E2855 (DOI 10.1073/pnas.1207574109, lire en ligne)
↑ (en) Steffen Leth Jørgensen, Ingunn H Thorseth, Rolf B Pedersen, Tamara Baumberger et Christa Schleper, « Quantitative and phylogenetic study of the Deep Sea Archaeal Group in sediments of the Arctic mid-ocean spreading ridge », Frontiers in Microbiology,‎ 4 octobre 2013 (DOI 10.3389/fmicb.2013.00299, lire en ligne)
↑ Fabien Goubet, « Loki, vieille cousine venue du fond des mers », sur Le Temps, 7 mai 2015 (consulté le 22 juillet 2015)
↑ « Une nouvelle organisation du vivant », sur Le Temps, 7 mai 2015 (consulté le 22 juillet 2015)
↑ (en) Paul Rincon, « Newly found microbe is close relative of complex life », sur BBC News, 6 mai 2015 (consulté le 9 mai 2015)
↑ (en) Carl Zimmer, « Under the Sea, a Missing Link in the Evolution of Complex Cells », sur New York Times, 6 mai 2015 (consulté le 8 mai 2015)
↑ (en) S. Kelly, B. Wickstead et K. Gull, « Archaeal phylogenomics provides evidence in support of a methanogenic origin of the Archaea and a thaumarchaeal origin for the eukaryotes », Proceedings of the Royal Society B, vol. 278,‎ 2011, p. 1009–1018 (DOI 10.1098/rspb.2010.1427, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)
↑ (en) John M. Archibald, « The eocyte hypothesis and the origin of eukaryotic cells », PNAS, vol. 105, n^o 51,‎ 23 décembre 2008, p. 20049–20050 (DOI 10.1073/pnas.0811118106, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)
↑ ,(en) Anthony M. Poole et Nadja Neumann, « Reconciling an archaeal origin of eukaryotes with engulfment: a biologically plausible update of the Eocyte hypothesis », Research in Microbiology, vol. 162,‎ 2011, p. 71–76 (DOI 10.1016/j.resmic.2010.10.002, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)
↑ (en) Lionel Guy et Thijs J. G. Ettema, « The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes », Trends in Microbiology, vol. 19, n^o 12,‎ décembre 2011, p. 580–587 (PMID 22018741, DOI 10.1016/j.tim.2011.09.002, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)
↑ (en) Cymon J. Cox, Peter G. Foster, Robert P. Hirt, Simon R. Harris et T. Martin Embley, « The archaebacterial origin of eukaryotes », PNAS, vol. 1105,‎ 23 décembre 2008, p. 20356–20361 (DOI 10.1073/pnas.0810647105, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)

Voir aussi

Archée d'Asgård

Portail de la microbiologie

[SpangSaw2015-1] {a et b} (en) Anja Spang, Jimmy H. Saw, Steffen L. Jørgensen, Katarzyna Zaremba-Niedzwiedzka, Joran Martijn, Anders E. Lind, Roel van Eijk, Christa Schleper, Lionel Guy et Thijs J. G. Ettema, « Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes », Nature,‎ 2015 (ISSN 0028-0836, DOI 10.1038/nature14447, lire en ligne [PDF])

[2] (en) Steffen Leth Jørgensen, Bjarte Hannisdal, Anders Lanzen, Tamara Baumberger, Kristin Flesland, Rita Fonseca, Lise Øvreås, Ida H Steen, Ingunn H Thorseth, Rolf B Pedersen et Christa Schleper, « Correlating microbial community profiles with geochemical data in highly stratified sediments from the Arctic Mid-Ocean Ridge », PNAS, vol. 109, n^o 42,‎ 5 septembre 2012, E2846–E2855 (DOI 10.1073/pnas.1207574109, lire en ligne)

[3] (en) Steffen Leth Jørgensen, Ingunn H Thorseth, Rolf B Pedersen, Tamara Baumberger et Christa Schleper, « Quantitative and phylogenetic study of the Deep Sea Archaeal Group in sediments of the Arctic mid-ocean spreading ridge », Frontiers in Microbiology,‎ 4 octobre 2013 (DOI 10.3389/fmicb.2013.00299, lire en ligne)

[4] Fabien Goubet, « Loki, vieille cousine venue du fond des mers », sur Le Temps, 7 mai 2015 (consulté le 22 juillet 2015)

[5] « Une nouvelle organisation du vivant », sur Le Temps, 7 mai 2015 (consulté le 22 juillet 2015)

[BBC-6] (en) Paul Rincon, « Newly found microbe is close relative of complex life », sur BBC News, 6 mai 2015 (consulté le 9 mai 2015)

[Zimmer06May15-7] (en) Carl Zimmer, « Under the Sea, a Missing Link in the Evolution of Complex Cells », sur New York Times, 6 mai 2015 (consulté le 8 mai 2015)

[8] (en) S. Kelly, B. Wickstead et K. Gull, « Archaeal phylogenomics provides evidence in support of a methanogenic origin of the Archaea and a thaumarchaeal origin for the eukaryotes », Proceedings of the Royal Society B, vol. 278,‎ 2011, p. 1009–1018 (DOI 10.1098/rspb.2010.1427, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)

[Archibald-9] (en) John M. Archibald, « The eocyte hypothesis and the origin of eukaryotic cells », PNAS, vol. 105, n^o 51,‎ 23 décembre 2008, p. 20049–20050 (DOI 10.1073/pnas.0811118106, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)

[10] ,(en) Anthony M. Poole et Nadja Neumann, « Reconciling an archaeal origin of eukaryotes with engulfment: a biologically plausible update of the Eocyte hypothesis », Research in Microbiology, vol. 162,‎ 2011, p. 71–76 (DOI 10.1016/j.resmic.2010.10.002, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)

[11] (en) Lionel Guy et Thijs J. G. Ettema, « The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes », Trends in Microbiology, vol. 19, n^o 12,‎ décembre 2011, p. 580–587 (PMID 22018741, DOI 10.1016/j.tim.2011.09.002, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)

[12] (en) Cymon J. Cox, Peter G. Foster, Robert P. Hirt, Simon R. Harris et T. Martin Embley, « The archaebacterial origin of eukaryotes », PNAS, vol. 1105,‎ 23 décembre 2008, p. 20356–20361 (DOI 10.1073/pnas.0810647105, lire en ligne, consulté le 5 octobre 2012)

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