Digital Monster: X-Evolution

Digimaailma on tullut niin ylikansoitetuksi ettei digimaailmaa valvova supertietokone Yggdrasil kykene enää hallitsemaan sitä. Yggdrasil päätti luoda uuden Digimaailman ja pyyhkiä suurimman osan digimoneista pois X-viruksella käynnistäen Project Ark nimellä tunnetun suunnitelman. Osa selvinneistä digimoneista saivat X-Antibodyn, joka suojasi heitä X-virukselta ja he asettuivat uuteen Digimaailmaan mikä ei kuulunut Yggdrasilin suunnitelmaan. Yggdrasil määräsi palvelijansa Omnimonin tuhoamaan nämä X-digimonit. Dorumon, yksi X-digimoneista pakenee Leomonia, joka yrittää saada hänen X-Antibodynsa. Leomon ei pysty tappamaan Dorumonia ja kuolee Dorumonin eteen pyytäen ennen kuolemaansa Dorumonia elämään hänen puolestaan uudessa Digimaailmassa, mikä järkyttää Dorumonia. Myöhemmin Dorumon juo vettä lähteestä, kun Mushroomon hyökkää hänen kimppuunsa syyttäen Dorumonia ja hänen kaltaisiaan Digimaailman ongelmista jolloin Dorumon pakenee.

Sillä välin Yggdrasilin palvelijat Royal Knightsit keskustelevat Project Arkista ja Yggdrasilista. Omnimon osoittaa uskollisuutensa Yggdrasilille kun taas Gallantmon epäilee Yggdrasilin aikeita. Samanaikaisesti WarGreymon X ja monet paikalla olevat X-digimonit yrittävät saada muut digimonit kääntymään Yggdrasilia vastaan. Andromon, joka johti normaaleja digimoneja oli varoittanut Yggdrasilia etukäteen, jolloin Omnimon saapuu paikalle ja tuhoaa lähes kaikki paikalla olevat digimonit. WarGreymon X onnistuu pelastamaan Tokomonin ja jättää tämän Dorumonin huostaan ja houkuttelee Omnimonin pois. Royal Knightsit kutsutaan hätäkokoukseen missä he kertovat useissa paikoissa olevista vastarintapesäkkeistä, jotka Omnimon lupaa tuhota. WarGreymon X kohtaa MetalGarurumon X:än ja he riitelevät Royal Knightsien liittoutumisesta. MetalGarurumon X haluaa luottaa heihin mutta WarGreymon X ei. Omnimon kohtaa Tokomonin ja Dorumonin ja Dorumon yrittää suojella Tokomonia. Tokomon haavoittuu Omnimonin hyökkäyksesta ja MetalGarurumon X ottaa vastaan Omnimonin hyökkäyksen suojellessaan Dorumonia ja antaa X-Antibodynsa Tokomonille, joka muuttuu Tokomon X-muotoon. MetalGarurumon kuolee Dorumonin eteen ja Dorumonin järkytys saa hänet kehittymään Dorugamoniksi. Gallantmon saapuu paikalle ja kertoo saaneensa tietää Project Arkin tarkoituksen olleen tuhota sekä X-digimonit ja tavalliset digimonit. Omnimon ei usko Gallantmonia ja taistelee Gallantmonia vastaan ja voittaa hänet, minkä jälkeen Gallantmon tappaa itsensä voidakseen selvittää totuuden. Omnimon keskustelee Magnamonin kanssa sanoen olevansa hämmentynyt tapahtuneesta.

Magnamon onnistu nappaamaan Dorugamonin ja toimitti hänet Yggdrasilille. Magnamon kertoi Omnimonille Dorumonin olevan Yggdrasilin luoma kokeellinen olento, mikä syventää Omnimonin epäilyjä Gallantmonin puheista. Yggdrasil luo Dorugamonin datasta DexDorugoramonin ja DexDorugoramonin munista kuoriutuu DexDoruGreymoneja. Yggdrasil vie Dorugamonin roska-alueelle, missä Dorugamon kohtaa vastarintaliikkeen digimoneja. Parvi DexDoruGreymoneja hyökkäävät digimonien kimppuun ja uudelleensyntynyt MetalGarurumon X ja WarGreymon X taistelevat heitä vastaan. Dorugamon kehittyy DoruGreymoniksi nähtyään DexDoruGreymonien aiheuttaman tuhon. Royal Knightsit tarkkailevat tilannetta ja Magnamon paljastaa Omnimonille Yggdrasilin suunnitelleen tilanteen jos he epäonnistuvat, mikä saa Omnimonin raivostumaan ja lähtemään pois. Uudelleensyntynyt Gallantmon X saapuu paikalle ja avustaa muita digimoneja pakenemaan ja lähettää DoruGreymonin Yggdrasilin luo jääden itse taistelemaan DexDoruGreymoneja vastaan. DoruGreymon kohtaa Omnimonin ja taistelun aikana kehittyy Alphamoniksi paljastaen itsensä 13 Royal Knightsiksi. Alphamon kertoo Omnimonille ettei voi antaa Yggdrasilille anteeksi tämän tekoja ja saa Omnimonin vakuutettua, että heidän tulee molempien kohdata Yggdrasil. Magnamon ilmoittaa tästä Yggdrasilille, joka lähettää DexDorugoramonin heidän kimppuunsa. Alphamon onnistuu tuhoamaan DexDorugoramonin matkan aikana kehityttyään Ouryukeen-muotoonsa. Kohdattuaan Yggdrasilin, DexDorugoramonista uudelleensyntynyt Dexmon hyökkää heidän kimppuunsa. Alphamon taistelee Dexmonia vastaan mutta tuntee saman tuskan kuin Dexmon aina vahingoittaessaan häntä. Tällöin Alphamon tajuaa, että Dexmon on hänen "toinen puoliskonsa" jonka Yggdrasil loi Dorugamonin datasta. Alphamon tarttuu Dexmoniin ja lävistää sekä itsensä että Dexmonin miekallaan. Ennen kuolemaansa Alphamon antaa X-Antibodynsä Omnimonille, joka muuntautuu X-muotoonsa. Alphamon yhdistyy Dexmonin kanssa ja taantuu takaisin Dorumoniksi. Tämän jälkeen Omnimon X tuhoaa Yggdrasilin All Delete -hyökkäyksellään, mikä luo Digimaailman uudelleen. Myöhemmin Omnimon X ja Gallantmon X keskustelevat Project Arkin todellisesta tarkoituksesta samalla kun Dorumon kohtaa jälleen Tokomonin.