Sisemine transkribeeritav speisser
Sisemine transkribeeritav speisser ehk ITS (ingl k. Internal transcribed spacer) on ribosoomi subühikute strukturaalsete RNA-de vaheline transkribeeritav mittefunktsionaalne RNA lõik, millele vastavat DNA järjestust kasutatakse laialdaselt liikide määramisel. Loetuna 5' → 3' suunas, koosneb polütsistroonne ribosomaalse RNA prekursor transkript 5' otsas välisest transkribeeritud järjestusest (5' ETS), 18S rRNA-st, ITS1-st, 5.8S rRNA-st, ITS2-st, 28S rRNA-st ja 3' lõpus 3' ETS-ist. Ribosomaalse RNA valmimisel lõigatakse ITS lõigud, kui mittefunktsionaalne kõrvalprodukt, välja ja degradeeritakse. Geenid, mis kodeerivad ribosomaalset RNA-d ja speisserit, esinevad tuhandete koopiate pikkuste tandeemsete kordustena, milles iga koopia on eraldatud teisest mitte-transkribeeritava ehk intergenoomse speisser-DNA regiooniga (intergenic spacer, IGS). ITS järjestusi (nende võrdlemist) kasutata palju taksonoomias ja molekulaarses fülogeneesis.
ITS regioon on üks kõige rohkem sekveneeritavam DNA regioon seente molekulaarses ökoloogias[1] ja sellele viidatakse kui seente universaalsele ribakoodile.[2]
Viited
[muuda | muuda lähteteksti]- ↑ Peay K.G., Kennedy P.G., Bruns T.D. (2008). "Fungal community ecology: a hybrid beast with a molecular master". BioScience 58: 799–810.
- ↑ Schoch, C.L., Seifert, K.A., Huhndorf, S., Robert, V., Spouge, J.L., Levesque, C.A., Chen, W., Bolchacova, E., Voigt, K., Crous, P.W., et al. (2012). Nuclear Ribosomal Internal Transcribed Spacer (ITS) Region as a Universal DNA Barcode Marker for Fungi. PNAS.