Les nouveaux défis de la recherche en agronomie consistent à comprendre les relations existant entre les différents éléments moléculaires responsables de l'expression du phénome. Or ces interactions sont complexes à identifier car elles s'expriment à différentes échelles moléculaires dans la plante et subissent de fortes influences de la part des facteurs environnementaux. Les récents progrès des technologies à haut débit ne permettent de capturer que partiellement cette dynamique. Nous avons développé AgroLD, une base de connaissances qui exploite la technologie du Web sémantique et des ontologies du domaine biologique pertinentes, pour intégrer ces informations et faciliter ainsi la formulation de nouvelles hypothèses scientifiques. Nous présentons des résultats sur le processus d'intégration et sur la plateforme visualisation des données, qui était initialement axé sur la génomique, la protéomique et le phénome.