Die A-Junioren-Bundesliga 2008/09 ist die sechste Spielzeit der A-Junioren-Bundesliga.
Sie wird wie schon in den vorhergehenden fünf Spielzeiten in den Staffeln Nord/Nordost, Süd/Südwest und West ausgetragen. Am Saisonende spielen die drei Staffelsieger sowie der Vizemeister der Süd/Südwest-Staffel um die deutsche A-Jugend-Meisterschaft. Das Halbfinale wird in Hin- und Rückspiel, das Finale in einem Spiel ausgetragen. Die drei letztplatzierten Mannschaften der drei Staffeln steigen in die untergeordneten Ligen ab.
Als Staffelsieger der A-Jugend-Regionalligen Nord und Nordost der Vorsaison nehmen der VfL Osnabrück und der 1. FC Union Berlin als direkte Aufsteiger an der A-Junioren-Bundesliga teil. Die Vizemeister beider Staffeln, der FC St. Pauli aus Hamburg und Hertha Zehlendorf aus Berlin, spielten in einer Relegation den dritten Aufsteiger aus, wobei schließlich St. Pauli die A-Junioren-Bundesliga erreichte. Somit sind sowohl Hamburg als auch Berlin mit je zwei Vereinen in der Staffel vertreten.
Aus den untergeordneten Ligen stiegen der SV Bergisch Gladbach als Vertreter der A-Jugend-Verbandsliga Mittelrhein, der Wuppertaler SV Borussia als Vertreter der A-Jugend-Verbandsliga Niederrhein und die SG Wattenscheid 09 aus der A-Jugend-Verbandsliga Westfalen in die A-Junioren-Bundesliga auf. Somit ist Bochum als einzige Stadt mit zwei Vereinen in der Staffel vertreten.
Als direkte Aufsteiger aus den untergeordneten Ligen gelangten die SpVgg Unterhaching aus der A-Jugend-Bayernliga und der FC 08 Villingen aus der A-Jugend-Oberliga Baden-Württemberg in die A-Junioren-Bundesliga. Die Aufstiegs-Aspiranten der A-Jugend-Regionalliga Südwest und der A-Jugend-Oberliga Hessen spielten in einer Relegation den dritten Aufsteiger aus, wobei sich der hessische Verein Kickers Offenbach gegen den Südwest-Vertreter 1. FC Saarbrücken durchsetzte. Mit 1860 und Bayern ist München als einzige Stadt mit zwei Vereinen in der Staffel vertreten.