Klasifikace hub
seznam na projektech Wikimedia
Klasifikace hub (Fungi) prošla v posledních desetiletích, podobně jako klasifikace nadřazené úrovně Eukaryota, důkladnou revizí na základě fylogenetických studií, které pomohly odhalit vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých taxonů. Aktuální (2020) klasifikace vychází z několika projektů spolupráce širokých kolektivů mykologů, nejprve v rámci projektu Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL),[1] na konci druhého desetiletí 21. století pak v rámci projektu Outline of Fungi and fungus-like taxa (i s účastí mykologů z českých vědeckých pracovišť),[2] vycházejícího z několika předchozích studií.[3][4]
Systém
editovatSystém (do úrovně řádů) navazuje na první komplexní fylogenetickou systematiku hub (publikovanou v r. 2007),[5] zpracovanou v rámci projektu Assembling the Fungal Tree of Life (AFTOL),[1] ale vychází z novější verze (vydané v r. 2020), upravené a doplněné v rámci projektu Outline of Fungi and fungus-like taxa.[2]
Oproti dřívějším obsahují nové, na fylogenetické příbuznosti založené systémy některé zásadní změny. Byla předně zrušena nesystematická kategorie nedokonalých hub (Deuteromycota, Fungi imperfecti); systém také neobsahuje (dříve do hub tradičně řazené) skupiny, které podle nové systematiky Eukaryot patří do jiných skupin (např. Pseudofungi ve skupině Stramenopila či hlenky). Nepřirozená skupina spájivých hub byla rozdělena na samostatné kmeny a podkmeny, u kterých lze přirozenost předpokládat. Ze stejného důvodu došlo k „zeštíhlení“ tradičních chytridiomycet a vyčlenění některých skupin do samostatných kmenů a podkmenů.
Podle aktuálního (2020) systému se říše Fungi dělí na fylogeneticky přirozenou podříši Dikarya, která sdružuje kmeny hub stopkovýtrusých a vřeckovýtrusých, a několik samostatných kmenů, pro přehlednost zpravidla členěných do 8 podříší (s předpokládanou přirozeností). Nově jsou součástí systému hub i afelidie, kryptomycety a mikrosporidie, vyčleňované v některých systémech eukaryot mimo houby do zvláštní skupiny (na úrovni nadkmene) Opisthosporidia, dříve považované za přirozenou.[pozn. 1]
Nad rámec projektu AFTOL tak byly postupně doplněny nově objevené, vyčleněné či z nižší taxonomické úrovně povýšené kmeny Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Calcarisporiellomycota, Caulochytriomycota, Entomophthoromycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota, Mucoromycota, Olpidiomycota, Rozellomycota a Zoopagomycota. V roce 2015 také byly entorrhizomycety vyděleny ze stopkovýtrusých do samostatného kmene Entorrhizomycota.[10] Systém se rozrostl o mnohé nově popsané třídy (např. Archaeorhizomycetes[11][12], Geoglossomycetes[13] a Xylonomycetes[14] a dále o třídy Barbatosporomycetes, Basidiobolomycetes, Calcarisporiellomycetes, Cladochytriomycetes, Hyaloraphidiomycetes, Mesochytriomycetes, Neozygitomycetes, Lobulomycetes, Olpidiomycetes, Physodermatomycetes, Polychytriomycetes, Ramicandelaberomycetes, Rhizophlyctidomycetes, Sanchytriomycetes, Synchytriomycetes, Umbelopsidomycetes, přidané podle studie z r. 2018[15]) a ještě početnější nové řády (např. Stereopsidales[16]). Třída Sanchytriomycetes byla v r. 2021 povýšena na samostatný kmen Sanchytriomycota, sesterský ke kmeni Blastocladiomycota.[17]
Lze důvodně předpokládat, že se systém bude nadále rozrůstat o nově objevené skupiny či nově formálně popsané již známé klady z environmentálních vzorků.[15][18][19][20]
Názvoslovné poznámky:
- Novější systémy pro houby používají taxon kmen (phylum) namísto tradičního oddělení (divisio). Není to v rozporu s aktuálním názvoslovným kódem pro řasy, houby a rostliny, tedy tzv. „Schenzen Code“ (2018)[21] a jeho tzv. „San Juan Chapter F“ jakožto nezávisle aktualizovanou kapitolou pro houby (2019).[22]
- Rovnítkem jsou vyznačena synonyma (starší nebo alternativní označení); má-li synonymum od nové kategorie odlišnou taxonomickou úroveň, je uvedeno v závorce.
- Mezinárodní jména taxonů (s výjimkou mikrosporidií, viz následující poznámku) jsou psána kurzívou pro taxony řád a níž, antikvou pro taxony třída a výš.[23]
- Názvosloví mikrosporidií se i nadále tradičně řídí názvoslovným kódem pro živočichy.[24]
- České názvosloví je založené na BioLibu.[25]
Říše: FUNGI – houby
editovatPodříše bazálních linií hub
editovatPodříše jsou řazeny podle postavení ve fylogenetickém stromu hub od nejbazálněji postavených. Nižší taxony jsou řazeny abecedně.
- Podříše: ROZELLOMYCETA
- Kmen: Rozellomycota
- Rozellomycota incertae sedis (dříve samostatná ale parafyletická skupina Rozellosporidia (Cryptomycota) – kryptomycety)
- bazálně se odvětvující rody Mitosporidium, Morellospora, Nucleophaga, Paramicrosporidium a Rozella (dříve řazená do samostatné třídy Rozellidea a řádu Rozellida, v obou případech podle původní definice pravděpodobně parafyletických) a další dosud formálně nepopsané environmentální vzorky[18]
- Microsporidia (na úrovni podkmene, možná parafyletické) – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
- Třída: Chytridiopsidea[26] (nebo Microsporidia incertae sedis[2])
- Řád: Chytridiopsida
- Třída: Microsporidea[27][28]
- Řád: Amblyosporida
- Řád: Caudosporida
- Řád: Enterocytozoonida
- Řád: Glugeida
- Řád: Neopereziida
- Řád: Nosematida
- Řád: Ovavesiculida
- Třída: Rudimicrosporea = Metchnikovellea
- Řád: Metchnikovellida
- Třída: Chytridiopsidea[26] (nebo Microsporidia incertae sedis[2])
- Rozellomycota incertae sedis (dříve samostatná ale parafyletická skupina Rozellosporidia (Cryptomycota) – kryptomycety)
- Kmen: Rozellomycota
- Podříše: APHELIDIOMYCETA
- Podříše: CHYTRIDIOMYCETA
- Kmen: Caulochytriomycota (dříve součást kmene Chytridiomycota, třídy Spizellomycetes[pozn. 2])
- Třída: Caulochytriomycetes
- Řád: Caulochytriales
- Třída: Caulochytriomycetes
- Kmen: Chytridiomycota = Archemycota – chytridiomycety
- Třída: Cladochytriomycetes
- Řád: Cladochytriales
- Třída: Chytridiomycetes = Archimycetes
- Řád: Chytridiales – chytridiotvaré
- Řád: Nephridiophagales
- Řád: Polyphagales
- Řád: Saccopodiales
- Třída: Lobulomycetes
- Řád: Lobulomycetales
- Třída: Mesochytriomycetes
- Řád: Gromochytriales
- Řád: Mesochytriales
- Třída: Polychytriomycetes
- Řád: Polychytriales
- Třída: Rhizophlyctidomycetes
- Řád: Rhizophlyctidales
- Třída: Rhizophydiomycetes
- Řád: Rhizophydiales
- Třída: Spizellomycetes
- Řád: Spizellomycetales – spizelomycetotvaré
- Třída: Synchytriomycetes
- Řád: Synchytriales
- Třída: Cladochytriomycetes
- Kmen: Monoblepharomycota (dříve součást kmene Chytridiomycota)
- Třída: Hyaloraphidiomycetes
- Řád: Hyaloraphidiales
- Třída: Monoblepharidomycetes
- Řád: Monoblepharidales
- Třída: Hyaloraphidiomycetes
- Kmen: Neocallimastigomycota
- Třída: Neocallimastigomycetes
- Řád: Neocallimastigales
- Třída: Neocallimastigomycetes
- Kmen: Caulochytriomycota (dříve součást kmene Chytridiomycota, třídy Spizellomycetes[pozn. 2])
- Podříše: BLASTOCLADIOMYCETA
- Kmen: Blastocladiomycota = Allomycota
- Třída: Blastocladiomycetes = Allomycetes
- Řád: Blastocladiales – blastokladiotvaré
- Řád: Callimastigales
- Řád: Catenomycetales
- Třída: Physodermatomycetes
- Řád: Physodermatales
- Třída: Blastocladiomycetes = Allomycetes
- Kmen: Sanchytriomycota[17][30] (dříve součást kmene Monoblepharomycota)
- Třída: Sanchytriomycetes
- Řád: Sanchytriales
- Třída: Sanchytriomycetes
- Kmen: Blastocladiomycota = Allomycota
- Podříše: OLPIDIOMYCETA
- Kmen: Olpidiomycota
- Třída: Olpidiomycetes
- Řád: Olpidiales
- Třída: Olpidiomycetes
- Kmen: Olpidiomycota
- Podříše: BASIDIOBOLOMYCETA
- Kmen: Basidiobolomycota
- Třída: Basidiobolomycetes
- Řád: Basidiobolales – basidiobolotvaré
- Třída: Basidiobolomycetes
- Kmen: Basidiobolomycota
- Podříše: ZOOPAGOMYCETA
- Kmen: Entomophthoromycota
- Třída: Entomophthoromycetes
- Řád: Entomophthorales – hmyzomorkotvaré
- Třída: Neozygitomycetes
- Řád: Neozygitales
- Třída: Entomophthoromycetes
- Kmen: Kickxellomycota
- Třída: Asellariomycetes
- Řád: Asellariales – beruškovkotvaré
- Třída: Barbatosporomycetes
- Řád: Barbatosporales
- Třída: Dimargaritomycetes
- Řád: Dimargaritales
- Třída: Harpellomycetes
- Řád: Harpellales – harpelotvaré
- Třída: Kickxellomycetes
- Řád: Kickxellales
- Třída: Ramicandelaberomycetes
- Řád: Ramicandelaberales
- Třída: Asellariomycetes
- Kmen: Zoopagomycota
- Třída: Zoopagomycetes
- Řád: Zoopagales – zoopagotvaré
- Třída: Zoopagomycetes
- Kmen: Entomophthoromycota
- Podříše: MUCOROMYCETA[pozn. 3]
- Kmen: Calcarisporiellomycota
- Třída: Calcarisporiellomycetes
- Řád: Calcarisporiellales
- Třída: Calcarisporiellomycetes
- Kmen: Glomeromycota
- Třída: Archaeosporomycetes
- Řád: Archaeosporales = Geosiphonales
- Třída: Glomeromycetes = Glomomycetes = Geomycetes
- Řád: Diversisporales
- Řád: Gigasporales
- Řád: Glomerales = Glomales
- Třída: Paraglomeromycetes
- Řád: Paraglomerales
- Třída: Archaeosporomycetes
- Kmen: Mortierellomycota
- Třída: Mortierellomycetes
- Řád: Mortierellales
- Třída: Mortierellomycetes
- Kmen: Mucoromycota
- Třída: Endogonomycetes
- Řád: Endogonales – endogonotvaré
- Třída: Mucoromycetes
- Řád: Mucorales – plísňotvaré
- Třída: Umbelopsidomycetes
- Řád: Umbelopsidales
- Třída: Endogonomycetes
- Kmen: Calcarisporiellomycota
Podříše Dikarya
editovat- Podříše: DIKARYA = DIKARYOMYCETA (= NEOMYCOTA)
- Kmen: Ascomycota – houby vřeckovýtrusé[pozn. 4] = houby vřeckaté = askomycety[31]
- Podkmen: Pezizomycotina (dříve též Ascomycotina)[31]
- Třída: Arthoniomycetes
- Řád: Arthoniales – artoniotvaré
- Řád: Lichenostigmatales
- Třída: Candelariomycetes
- Řád: Candelariales
- Třída: Coniocybomycetes
- Řád: Coniocybales
- Třída: Dothideomycetes
- Podtřída: Dothideomycetidae[32]
- Řád: Capnodiales
- Řád: Dothideales – vředovcotvaré
- Řád: Myriangiales
- Řád: Trypetheliales
- Podtřída: Pleosporomycetidae[32]
- Řád: Aulographales
- Řád: Botryosphaeriales
- Řád: Coniosporiales
- Řád: Eremomycetales
- Řád: Hysteriales – skulinatcotvaré
- Řád: Lineolatales
- Řád: Microthyriales – štítoplodkotvaré
- Řád: Mytilinidiales (včetně pův. Gloniales)
- Řád: Patellariales – miskovkotvaré
- Řád: Pleosporales (včetně pův. Massariales) – zďovkotvaré
- Řád: Venturiales
- Dothideomycetes incertae sedis:
- Řád: Abrothallales = Lichenoconiales
- Řád: Acrospermales
- Řád: Asterinales
- Řád: Catinellales
- Řád: Cladoriellales
- Řád: Collemopsidiales
- Řád: Dyfrolomycetales
- Řád: Eremithallales
- Řád: Jahnulales
- Řád: Kirschsteiniotheliales
- Řád: Lembosinales
- Řád: Lichenotheliales
- Řád: Minutisphaerales
- Řád: Monoblastiales
- Řád: Muyocopronales
- Řád: Murramarangomycetales
- Řád: Natipusillales
- Řád: Parmulariales
- Řád: Phaeotrichales
- Řád: Stigmatodiscales
- Řád: Strigulales
- Řád: Superstratomycetales
- Řád: Tubeufiales
- Řád: Valsariales
- Řád: Zeloasperisporiales
- Podtřída: Dothideomycetidae[32]
- Třída: Eurotiomycetes
- Podtřída: Coryneliomycetidae
- Řád: Coryneliales
- Podtřída: Eurotiomycetidae
- Řád: Arachnomycetales
- Řád: Eurotiales – plesnivkotvaré
- Řád: Onygenales – kazirohotvaré
- Podtřída: Chaetothyriomycetidae
- Řád: Chaetothyriales
- Řád: Phaeomoniellales
- Řád: Pyrenulales – jaderničkotvaré
- Řád: Verrucariales – bradavnicotvaré
- Podtřída: Mycocaliciomycetidae
- Řád: Mycocaliciales – kališkotvaré
- Podtřída: Sclerococcomycetidae
- Řád: Sclerococcales
- Podtřída: Coryneliomycetidae
- Třída: Geoglossomycetes[13]
- Řád: Geoglossales
- Třída: Laboulbeniomycetes
- Řád: Herpomycetales
- Řád: Laboulbeniales – roztřepenkotvaré
- Řád: Pyxidiophorales
- Třída: Lecanoromycetes
- Podtřída: Acarosporomycetidae
- Řád: Acarosporales
- Podtřída: Lecanoromycetidae
- Řád: Caliciales
- Řád: Lecanorales – misničkotvaré
- Řád: Lecideales
- Řád: Leprocaulales
- Řád: Peltigerales – hávnatkotvaré
- Řád: Rhizocarpales
- Řád: Sporastatiales
- Řád: Teloschistales – krásníkotvaré
- Podtřída: Ostropomycetidae
- Řád: Baeomycetales
- Řád: Graphidales
- Řád: Gyalectales
- Řád: Ostropales – dlouhovřeckotvaré
- Řád: Pertusariales (včetně pův. Agyriales) – děratkotvaré
- Řád: Sarrameanales
- Řád: Schaereriales
- Řád: Thelenellales
- Podtřída: Umbilicariomycetidae
- Řád: Umbilicariales
- Lecanoromycetes incertae sedis:
- Řád: Micropeltidales
- Řád: Turquoiseomycetales
- Podtřída: Acarosporomycetidae
- Třída: Leotiomycetes
- Řád: Cyttariales
- Řád: Helotiales (včetně pův. Erysiphales – padlí)– voskovičkotvaré
- Řád: Chaetomellales
- Řád: Lahmiales
- Řád: Lauriomycetales
- Řád: Leotiales
- Řád: Lichinodiales
- Řád: Marthamycetales
- Řád: Medeolariales
- Řád: Micraspidales
- Řád: Phacidiales
- Řád: Rhytismatales = Triblidiales – svraštělkotvaré
- Řád: Thelebolales
- Třída: Lichinomycetes
- Řád: Lichinales – lišejkotvaré
- Třída: Orbiliomycetes
- Řád: Orbiliales
- Třída: Pezizomycetes
- Řád: Pezizales – kustřebkotvaré
- Třída: Sordariomycetes
- Podtřída: Diaporthomycetidae
- Řád: Annulatascales
- Řád: Atractosporales
- Řád: Calosphaeriales
- Řád: Diaporthales – čárovkotvaré
- Řád: Distoseptisporales
- Řád: Magnaporthales
- Řád: Myrmecridiales
- Řád: Ophiostomatales – ofiostomotvaré
- Řád: Phomatosporales
- Řád: Sporidesmiales
- Řád: Thyridiales[33]
- Řád: Tirisporellales
- Řád: Togniniales
- Řád: Xenospadicoidales
- Podtřída: Hypocreomycetidae
- Řád: Coronophorales (včetně pův. Melanosporales)
- Řád: Falcocladiales
- Řád: Glomerellales
- Řád: Hypocreales – masenkotvaré
- Řád: Jobellisiales
- Řád: Microascales – vřeckovičkotvaré
- Řád: Pararamichloridiales
- Řád: Torpedosporales
- Řád: Xenodactylariales[34]
- Podtřída: Lulworthiomycetidae
- Řád: Koralionastetales
- Řád: Lulworthiales
- Podtřída: Pisorisporiomycetidae
- Řád: Pisorisporiales
- Podtřída: Savoryellomycetidae
- Řád: Conioscyphales
- Řád: Fuscosporellales
- Řád: Pleurotheciales
- Řád: Savoryellales
- Podtřída: Sordariomycetidae = Meliolomycetidae
- Řád: Boliniales – bolinkotvaré
- Řád: Cephalothecales
- Řád: Coniochaetales
- Řád: Chaetosphaeriales
- Řád: Meliolales
- Řád: Phyllachorales – puchýřkotvaré
- Řád: Pseudodactylariales
- Řád: Sordariales – hnojenkotvaré
- Podtřída: Xylariomycetidae
- Řád: Amphisphaeriales
- Řád: Delonicicolales
- Řád: Xylariales – dřevnatkotvaré
- Sordariomycetes incertae sedis:
- Řád: Amplistromatales
- Řád: Parasympodiellales
- Řád: Spathulosporales
- Řád: Tracyllalales
- Řád: Trichosphaeriales
- Řád: Vermiculariopsiellales
- Podtřída: Diaporthomycetidae
- Třída: Xylobotryomycetes
- Řád: Xylobotryales
- Třída: Xylonomycetes[14]
- původně jediný řád Xylonomycetales rozdělen na:
- Řád: Symbiotaphrinales
- Řád: Xylonales
- původně jediný řád Xylonomycetales rozdělen na:
- Pezizomycotina incertae sedis:
- Řád: Thelocarpales
- Řád: Vezdaeales
- Třída: Arthoniomycetes
- Podkmen: Saccharomycotina (dříve též Hemiascomycotina)[31]
- Třída: Saccharomycetes
- Řád: Saccharomycetales – kvasinkotvaré, pravé kvasinky
- Třída: Saccharomycetes
- Podkmen: Taphrinomycotina (dříve též Archiascomycotina)[31]
- Třída: Archaeorhizomycetes[11][12]
- Řád: Archaeorhizomycetales
- Třída: Neolectomycetes
- Řád: Neolectales
- Třída: Novakomycetes[35]
- Řád: Novakomycetales
- Třída: Pneumocystidomycetes
- Řád: Pneumocystidales
- Třída: Schizosaccharomycetes
- Řád: Schizosaccharomycetales – kvasinkotvaré
- Třída: Taphrinomycetes
- Řád: Taphrinales – kadeřavkotvaré
- Třída: Archaeorhizomycetes[11][12]
- Podkmen: Pezizomycotina (dříve též Ascomycotina)[31]
- Kmen: Basidiomycota – houby stopkovýtrusé[pozn. 5] = bazidiomycety[31]
Basidiomycota: Hřib smrkový (Boletus edulis) - Podkmen: Agaricomycotina (= Hymenomycetes)
- Třída: Agaricomycetes (dříve též Basidiomycetes)[31] – stopkovýtrusé
- Podtřída: Agaricomycetidae – houby rouškaté
- Řád: Agaricales – pečárkotvaré
- Řád: Amylocorticiales
- Řád: Atheliales
- Řád: Boletales – hřibotvaré
- Řád: Lepidostromatales
- Podtřída: Phallomycetidae
- Řád: Geastrales
- Řád: Gomphales
- Řád: Hysterangiales
- Řád: Phallales – hadovkotvaré
- Agaricomycetes incertae sedis:
- Řád: Auriculariales – boltcovitkotvaré
- Řád: Cantharellales – liškotvaré
- Řád: Corticiales = Vuilleminiales
- Řád: Gloeophyllales
- Řád: Hymenochaetales – kožovkotvaré
- Řád: Jaapiales
- Řád: Polyporales – chorošotvaré
- Řád: Russulales – holubinkotvaré
- Řád: Sebacinales
- Řád: Stereopsidales[16]
- Řád: Thelephorales – plesňákotvaré
- Řád: Trechisporales = Hydnodontales
- Řád: Tremellodendropsidales
- Podtřída: Agaricomycetidae – houby rouškaté
- Třída: Bartheletiomycetes
- Řád: Bartheletiales
- Třída: Dacrymycetes
- Řád: Dacrymycetales – kropilkotvaré
- Řád: Unilacrymales[36]
- Třída: Tremellomycetes – houby mozkovkovité
- Řád: Cystofilobasidiales
- Řád: Filobasidiales
- Řád: Holtermanniales
- Řád: Tremellales – rosolovkotvaré
- Řád: Trichosporonales
- Třída: Agaricomycetes (dříve též Basidiomycetes)[31] – stopkovýtrusé
- Podkmen: Pucciniomycotina (= Urediniomycetes)
- Třída: Agaricostilbomycetes
- Řád: Agaricostilbales
- Třída: Atractiellomycetes
- Řád: Atractiellales
- Třída: Classiculomycetes
- Řád: Classiculales
- Třída: Cryptomycocolacomycetes
- Řád: Cryptomycocolacales
- Třída: Cystobasidiomycetes
- Řád: Buckleyzymales
- Řád: Cystobasidiales
- Řád: Erythrobasidiales
- Řád: Naohideales
- Řád: Sakaguchiales
- Třída: Microbotryomycetes
- Řád: Heterogastridiales
- Řád: Kriegeriales
- Řád: Leucosporidiales
- Řád: Microbotryales
- Řád: Sporidiobolales
- Třída: Mixiomycetes
- Řád: Mixiales
- Třída: Pucciniomycetes (= Urediniomycetidae) – rzi
- Řád: Helicobasidiales
- Řád: Pachnocybales
- Řád: Platygloeales
- Řád: Pucciniales = Uredinales – rzi
- Řád: Septobasidiales – přepážkovkotvaré
- Třída: Spiculogloeomycetes
- Řád: Spiculogloeales = Mycogloeales
- Třída: Tritirachiomycetes
- Řád: Tritirachiales
- Třída: Agaricostilbomycetes
- Podkmen: Ustilaginomycotina
- Třída: Exobasidiomycetes
- Řád: Ceraceosorales
- Řád: Doassansiales
- Řád: Entylomatales
- Řád: Exobasidiales – plíškotvaré
- Řád: Georgefischeriales
- Řád: Golubeviales
- Řád: Microstromatales
- Řád: Robbauerales
- Řád: Tilletiales – mazlavé sněti
- Třída: Malasseziomycetes[37]
- Řád: Malasseziales
- Třída: Monilielliomycetes[37]
- Řád: Moniliellales
- Třída: Ustilaginomycetes – sněti
- Řád: Uleiellales
- Řád: Urocystales
- Řád: Ustilaginales – prašné sněti
- Řád: Violaceomycetales
- Třída: Exobasidiomycetes
- Podkmen: Wallemiomycotina
- Třída: Wallemiomycetes
- Řád: Wallemiales
- Třída: Wallemiomycetes
- Podkmen: Agaricomycotina (= Hymenomycetes)
- Kmen: Entorrhizomycota[10]
- Třída: Entorrhizomycetes
- Řád: Entorrhizales
- Řád: Talbotiomycetales
- Třída: Entorrhizomycetes
- Kmen: Ascomycota – houby vřeckovýtrusé[pozn. 4] = houby vřeckaté = askomycety[31]
Fylogenetické stromy
editovatPráce na fylogenetické systematice byly pochopitelně založeny na mnoha studiích, analyzujících molekulárně biologickými metodami fylogenetickou příbuznost jednotlivých taxonů.[7][8][14][15][10][38][39][40][41][42][43][44] Na výše uvedenou systematiku z projektu AFTOL navázala v r. 2009 fylogenetická studie 82 kompletních genomů[38]. Byl potvrzen přirozený klad Dikarya zahrnující houby vřeckovýtrusné a houby stopkovýtrusné, naopak houby spájivé (Zygomycota) se jako nepřirozená skupina rozpadly (a s nimi i nadřazená úroveň Eumycota). Také bylo potvrzeno zahrnutí mikrosporidií do hub.[45][46] Bazální úrovně hub zkoumala fylogenetická analýza jaderných i mitochondriálních genů (publikovaná r. 2009)[39] s cílem stanovit sesterskou skupinu hub a s její pomocí upřesnit bazální větvení fylogenetického stromu hub. Jako sesterská skupina hub byly potvrzeny nuklearie (Nucleariida), pro společný celek bylo navrženo jméno Holomycota. Rod Rozella, zajímavý absencí chitinové buněčné stěny, byl nejprve vyčleněn z chytridií a ve studii z r. 2011 se ukázal být zástupcem nového kmene Cryptomycota, jedné z bazálních evolučních větví hub.[7][8] Za jeho blízké příbuzné byly považovány nejen mikrosporidie, ale překvapivě též afelidie, dříve zahrnované do příbuzenstva živočichů,[6] nově řazené ještě výše, jako sesterská skupina tzv. pravých hub (Eumycota). Studie z r. 2018 pak zahrnula i další, nově objevené skupiny (včetně bazální skupiny BCG1, identifikované v mořských environmentálních vzorcích, a bazální skupiny BCG2 a GS01, identifikované v půdních a sladkovodních environmentálních vzorcích), a naznačila nepřirozenost skupiny Mucoromyceta.[15]
Fylogenetický strom hlavních skupin hub (do úrovně tříd) vypadá podle současných (r. 2021) představ následovně[2][17][29] ((P) značí skupinu s nedostatečně průkaznou přirozeností, která se může ukázat parafyletickou, případně polyfyletickou):
Bazální linie hub
editovat| Holomycota |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dikarya (Neomycota)
editovat| Dikarya |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Poznámky
editovat- ↑ Opisthosporidia byla na základě fylogenetických analýz považována za přirozenou sesterskou skupinu hub, ve které se bazálně odvětvovaly afelidie[6] a kryptomycety (Rozella a několik dalších blízkých rodů, jako Mitosporidium, Morellospora, Nucleophaga, Paramicrosporidium)[7][8] byly sesterskou skupinou mikrosporidií.[9] Novější analýzy však naznačují její parafylii, přičemž nejbazálněji se odvětvují tzv. Rozellomycota, zahrnující linii mikrosporidií, od které se postupně odvětvují jednotlivé rody parafyletických kryptomycet. Afelidie jsou pak sesterskou skupinou ostatních hub.[2]
- ↑ Analýza z r. 2022 nepotvrdila samostatné postavení Caulochytriomycetes, ale naznačila jejich postavení uvnitř Chytridiomycota (kde spolu s Synchytriomycetes tvoří jejich bazální větev)[29]
- ↑ Dříve se jevila parafyletická – Dikarya se podle některých analýz odvětvovala uvnitř ní, jako sesterská skupina ke Glomeromycota.[15] Podle novějších analýz se jeví jako přirozená.[2]
- ↑ se zralými výtrusy ve vřeckách; někdy též uváděné jako „vřeckovýtrusné“[31]
- ↑ se zralými výtrusy na stopkách basidií; někdy též uváděné jako „stopkovýtrusné“[31]
- ↑ dosud formálně nepopsané bazální skupiny z půdních a sladkovodních vzorků[15][18][20]
- ↑ dosud formálně nepopsaná bazální skupina z mořských vzorků[15][19]
- ↑ Dříve do této linie byly zahrnovány afelidie, pak nesla název Opisthosporidia="ARM"[6][9]
- ↑ Dříve považované za součást Rozellomyceta[6][9]
- ↑ fylogenetická studie[29] nezahrnovala Gromochytriales ani Mesochytriales
- ↑ v některých dřívějších systémech považovány za sesterskou skupinu Dikaryí,[48] se kterými tvořily „klad“ Symbiomycota, který je však pravděpodobně polyfyletickou skupinou
Reference
editovat- ↑ a b Internetová stránka projektu AFTOL. aftol.org [online]. [cit. 2010-01-06]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2017-01-21.
- ↑ a b c d e f WIJAYAWARDENE, Nalin N.; HYDE, Kevin D., Al-Ani L. K. T., Tedersoo L., Haelewaters D., Rajeshkumar K. C., Zhao R. L., Aptroot A., Leontyev D. V., Saxena R. K., Tokarev Y. S., Dai D. Q., Letcher P. M., Stephenson S. L., Ertz D., Lumbsch H. T., Kukwa M., Issi I. V., Madrid H., Phillips A. J. L., Selbmann L., Pfliegler W. P., Horváth E., Bensch K., Kirk P. M., Kolaříková K., Raja H. A., Radek R., Papp V., Dima B., Ma J., Malosso E., Takamatsu S., Rambold G., Gannibal P. B., Triebel D., Gautam A. K., Avasthi S., Suetrong S., Timdal E., Fryar S. C., Delgado G., Réblová M., Doilom M., Dolatabadi S., Pawłowska J., Humber R. A., Kodsueb R., Sánchez-Castro I., Goto B. T., Silva D. K. A., de Souza F. A., Oehl F., da Silva G. A., Silva I. R., Błaszkowski J., Jobim K., Maia L. C., Barbosa F. R., Fiuza P. O., Divakar P. K., Shenoy B. D., Castañeda-Ruiz R. F., Somrithipol S., Lateef A. A., Karunarathna S. C., Tibpromma S., Mortimer P. E., Wanasinghe D. N., Phookamsak R., Xu J., Wang Y., Tian F., Alvarado P., Li D. W., Kušan I., Matočec N., Maharachchikumbura S. S. N., Papizadeh M., Heredia G., Wartchow F., Bakhshi M., Boehm E., Youssef N., Hustad V. P., Lawrey J. D., Santiago A. L. C. M. A., Bezerra J. D. P., Souza-Motta C. M., Firmino A. L., Tian Q., Houbraken J., Hongsanan S., Tanaka K., Dissanayake A. J., Monteiro J. S., Grossart H. P., Suija A., Weerakoon G., Etayo J., Tsurykau A., Vázquez V., Mungai P., Damm U., Li Q. R., Zhang H., Boonmee S., Lu Y. Z., Becerra A. G., Kendrick B., Brearley F. Q., Motiejūnaitė J., Sharma B., Khare R., Gaikwad S., Wijesundara D. S. A., Tang L. Z., He M. Q., Flakus A., Rodriguez-Flakus P., Zhurbenko M. P., McKenzie E. H. C., Stadler M., Bhat D. J., Liu J. K., Raza M., Jeewon R., Nassonova E. S., Prieto M., Jayalal R. G. U., Erdoğdu M., Yurkov A., Schnittler M., Shchepin O. N., Novozhilov Y. K., Silva-Filho A. G. S., Liu P., Cavender J. C., Kang Y., Mohammad S., Zhang L. F., Xu R. F., Li Y. M., Dayarathne M. C., Ekanayaka A. H., Wen T. C., Deng C. Y., Pereira O. L., Navathe S., Hawksworth D. L., Fan X. L., Dissanayake L. S., Kuhnert E., Grossart H. P., Thines M. Outline of Fungi and fungus-like taxa. S. 1060–1456. Mycosphere [online]. Innovative Institute for Plant Health, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, 18. březen 2020 [cit. 2020-09-05]. Svazek 11, čís. 1:8, s. 1060–1456. Dostupné online. ISSN 2077-7019. DOI 10.5943/mycosphere/11/1/8. (anglicky)
- ↑ WIJAYAWARDENE, Nalin N.; PAWŁOWSKA, Julia; LETCHER, Peter M., et al. Notes for genera: basal clades of Fungi (including Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Blastocladiomycota, Calcarisporiellomycota, Caulochytriomycota, Chytridiomycota, Entomophthoromycota, Glomeromycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota, Mucoromycota, Neocallimastigomycota, Olpidiomycota, Rozellomycota and Zoopagomycota). S. 43–129. Fungal Diversity [online]. Springer Nature Switzerland AG, 19. září 2018. Svazek 92, čís. 1, s. 43–129. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. Dále dostupné na: [2]. ISSN 1878-9129. DOI 10.1007/s13225-018-0409-5. (anglicky)
- ↑ DOWELD, Alexander B. Nomenclatural novelties. Index Fungorum [online]. 2. leden 2014. Čís. 49. Dostupné online. Dostupné také na: _ord._nov._Caulochytridomycetes_cl._nov._Caulochytriomycotina_subphyl._nov._and_Caulochytriomycota_phyl._nov. ISSN 2049-2375. (anglicky)
- ↑ HIBBETT, David S., Manfred Binder, Joseph F. Bischoff, Meredith Blackwell, Paul F. Cannon, Ove E. Eriksson, Sabine Huhndorf, Timothy James, Paul M. Kirk, Robert Lücking, H. Thorsten Lumbsch, François Lutzoni, P. Brandon Matheny, David J. McLaughlin, Martha J. Powell, Scott Redhead, Conrad L. Schoch, Joseph W. Spatafora, Joost A. Stalpers, Rytas Vilgalys, M. Catherine Aime, André Aptroot, Robert Bauer, Dominik Begerow, Gerald L. Benny, Lisa A. Castlebury, Pedro W. Crous, Yu-Cheng Dai, Walter Gams, David M. Geiser, Gareth W. Griffith, Cécile Gueidan, David L. Hawksworth, Geir Hestmark, Kentaro Hosaka, Richard A. Humber, Kevin D. Hyde, Joseph E. Ironside, Urmas Kõljalg, Cletus P. Kurtzman, Karl-Henrik Larsson, Robert Lichtwardt, Joyce Longcore, Jolanta Miądlikowska, Andrew Miller, Jean-Marc Moncalvo, Sharon Mozley-Standridge, Franz Oberwinkler, Erast Parmasto, Valérie Reeb, Jack D. Rogers, Claude Roux, Leif Ryvarden, José Paulo Sampaio, Arthur Schüßler, Junta Sugiyama, R. Greg Thorn, Leif Tibell, Wendy A. Untereiner, Christopher Walker, Zheng Wang, Alex Weir, Michael Weiss, Merlin M. White, Katarina Winka, Yi-Jian Yao, Ning Zhang. A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. S. 509–547. Mycological Research [online]. 13. března 2007 [cit. 2009-12-03]. Svazek 111, čís. 5, s. 509–547. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2010-06-10. ISSN 0953-7562. DOI 10.1016/j.mycres.2007.03.004. (anglicky)
- ↑ a b c d e KARPOV, Sergej A.; MICHAJLOV, Kirill V.; MIRZAEVA, Gulnara S., MIRABDULLAEV, Iskandar M.; MAMKAEVA, Kira A.; TITOVA, Nina N.; ALJOŠIN, Vladimir V. Obligately Phagotrophic Aphelids Turned out to Branch with the Earliest-diverging Fungi. S. 195–205. Protist [online]. 9. říjen 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 195–205. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2012.08.001. PMID 23058793. (anglicky)
- ↑ a b c TURNER, Marian. The evolutionary tree of fungi grows a new branch. Nature news. 11. květen 2011. Dostupné online. ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/news.2011.285. (anglicky)
- ↑ a b c JONES, Meredith D. M.; FORN, Irene; GADELHA, Catarina, Martin J. Egan, David Bass, Ramon Massana, Thomas A. Richards. Discovery of novel intermediate forms redefines the fungal tree of life. Nature. 11. květen 2011, svazek 474, čís. 7350, s. 200–203. Dostupné online [abstrakt]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/nature09984. (anglicky)
- ↑ a b c KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1–11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1–11. Dostupné online. DOI 10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky)
- ↑ a b c BAUER, Robert; GARNICA, Sigisfredo; OBERWINKLER, Franz, RIESS, Kai; WEISS, Michael; BEGEROW, Dominik. Entorrhizomycota: A New Fungal Phylum Reveals New Perspectives on the Evolution of Fungi. S. 1–19. PLoS ONE [online]. 22. červenec 2015. Svazek 10, čís. 7: e0128183, s. 1–19. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0128183. (anglicky)
- ↑ a b c ROSLING, Anna; COX, Filipa; CRUZ-MARTINEZ, Karelyn, Katarina Ihrmark, Gwen-Aëlle Grelet, Björn D. Lindahl, Audrius Menkis, Timothy Y. James. Archaeorhizomycetes: Unearthing an Ancient Class of Ubiquitous Soil Fungi. Science. 12. srpen 2011, svazek 333, čís. 6044, s. 876–879. Dostupné online [abstrakt]. ISSN 0036-8075. DOI 10.1126/science.1206958. (anglicky)
- ↑ a b Hidden soil fungus, now revealed, is in a class all its own, PhysOrg, 11. 8. 2011 (popularizační článek k předchozí referenci)
- ↑ a b c SCHOCH, C.L.; WANG, Z.; TOWNSEND, J.P.; SPATAFORA, J.W. Geoglossomycetes cl. nov., Geoglossales ord. nov. and taxa above class rank in the Ascomycota Tree of Life. S. 129–138. Persoonia [online]. 5. červen 2009. Svazek 22, s. 129–138. Dostupné online. DOI 10.3767/003158509X461486. (anglicky)
- ↑ a b c d GAZIS, R.; MIADLIKOWSKA, J.; LUTZONI, F.; ARNOLD, A.E.; CHAVERRI, P. Culture-based study of endophytes associated with rubber trees in Peru reveals a new class of Pezizomycotina: Xylonomycetes. S. 294–304. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Říjen 2012. Svazek 65, čís. 1, s. 294–304. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2012.06.019. (anglicky)
- ↑ a b c d e f g h TEDERSOO, Leho; SÁNCHEZ-RAMÍREZ,, Santiago; KÕLJALG, Urmas; BAHRAM, Mohammad; DÖRING, Markus; SCHIGEL, Dmitry; MAY, Tom, RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy. High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. S. 135–159. Fungal Diversity [online]. Springer Netherlands, 16. květen 2018. Svazek 90, čís. 1, s. 135–159. Dostupné online. ISSN 1878-9129. DOI 10.1007/s13225-018-0401-0. (anglicky)
- ↑ a b SJÖKVIST, Elisabet; PFEIL, Bernard E.; LARSSON, Ellen, LARSSON, Karl-Henrik. Stereopsidales - A New Order of Mushroom-Forming Fungi. S. 1–9. PLoS ONE [online]. 28. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95227, s. 1–9. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0095227. PMID 24777067. (anglicky)
- ↑ a b c d GALINDO, Luis Javier; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación; TORRUELLA, Guifré; KARPOV, Sergey; MOREIRA, David. Phylogenomics of a new fungal phylum reveals multiple waves of reductive evolution across Holomycota. Nature Communications [online]. Springer Nature Limited, 2021-12 [cit. 2022-10-06]. Roč. 12: 4973. Dostupné online. ISSN 2041-1723. DOI 10.1038/s41467-021-25308-w. (anglicky)
- ↑ a b c TEDERSOO, Leho; BAHRAM, Mohammad; PUUSEPP, Rasmus; NILSSON, R. Henrik; JAMES, Timothy Y. Novel soil-inhabiting clades fill gaps in the fungal tree of life. Microbiome [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 8. duben 2017. Svazek 5, čís. 1:42. Dostupné online. Dostupné také na: [4]. Dále dostupné na: [5]. ISSN 2049-2618. DOI 10.1186/s40168-017-0259-5. PMID 28388929. (anglicky)
- ↑ a b NAGAHAMA, Takahiko; TAKAHASHI, Eriko; NAGANO, Yuriko; ABDEL-WAHAB, Mohamed A.; MIYAZAKI, Masayuki. Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments. S. 2359–2370. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 23. květen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 8, s. 2359–2370. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [6]. ISSN 1462-2920. DOI 10.1111/j.1462-2920.2011.02507.x. PMID 21605311. (anglicky)
- ↑ a b MONCHY, Sébastien; SANCIU, Giovanna; JOBARD, Marlène; RASCONI, Serena; GERPHAGNON, Mélanie; CHABÉ, Magali; CIAN, Amandine. Exploring and quantifying fungal diversity in freshwater lake ecosystems using rDNA cloning/sequencing and SSU tag pyrosequencing. S. 1433–1453. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 9. březen 2011 [cit. 2020-10-13]. Svazek 13, čís. 6, s. 1433–1453. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-03-09. Dostupné také na: [7]. PDF [8]. ISSN 1462-2920. DOI 10.1111/j.1462-2920.2011.02444.x. PMID 21635672. (anglicky)
- ↑ International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Shenzhen Code) adopted by the Nineteenth International Botanical Congress Shenzhen, China, July 2017 [online]. Příprava vydání Turland, N. J.; Wiersema, J. H.; Barrie, F. R.; Greuter, W.; Hawksworth, D. L.; Herendeen, P. S.; Knapp, S.; Kusber, W.-H.; Li, D.-Z.; Marhold, K.; May, T. W.; McNeill, J.; Monro, A. M.; Prado, J.; Price, M. J.; Smith, G. F.. Glashütten: Koeltz Botanical Books, 2018-06-26. (Regnum Vegetabile 159). Dostupné online. PDF [9]. DOI 10.12705/Code.2018. (anglicky)
- ↑ MAY, Tom W.; REDHEAD, Scott A.; BENSCH, Konstanze; HAWKSWORTH, David L.; LENDEMER, James; LOMBARD, Lorenzo; TURLAND, Nicholas J. Chapter F of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants as approved by the 11th International Mycological Congress, San Juan, Puerto Rico, July 2018. IMA Fungus [online]. BioMed Central Ltd, part of Springer Nature, 27. prosinec 2019. Svazek 10, čís. 21. Dostupné online. ISSN 2210-6359. DOI 10.1186/s43008-019-0019-1. (anglicky)
- ↑ Zásada uplatňovaná Českou vědeckou společností pro mykologii pro jí vydávaný odborný časopis Czech Mycology, akceptovaná i pro českou Wikipedii – vizte Diskuse k šabloně:Taxobox#Souhrnný návrh na robotické změny
- ↑ International Commission on Zoological Nomenclature. International Code of Zoological Nomenclature [online]. Příprava vydání RIDE, W. D. L.; COGGER, H. G.; DUPUIS, C.; KRAUS, O.; MINELLI, A.; THOMPSON, F. C.; TUBBS, P. K.. 4.. vyd. The International Trust for Zoological Nomenclature, 1999, rev. 2012 [cit. 2020-09-05]. Dostupné online. ISBN 0-85301-006-4. (anglicky)
- ↑ BioLib: říše houby
- ↑ CORSARO, Daniele; WYLEZICH, Claudia; VENDITTI, Danielle; MICHEL, Rolf; WALOCHNIK, Julia; WEGENSTEINER, Rudolf. Filling gaps in the microsporidian tree: rDNA phylogeny of Chytridiopsis typographi (Microsporidia: Chytridiopsida). S. 169–180. Parasitology Research [online]. Springer Nature Switzerland AG, 12. listopad 2018. Svazek 118, čís. 1, s. 169–180. Dostupné online. Dostupné také na: [10]. ISSN 1432-1955. DOI 10.1007/s00436-018-6130-1. PMID 30421347. (anglicky)
- ↑ BOJKO, Jamie; REINKE, Aaron W.; STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Bryony; ROGERS, Martin S.J.; BASS, David. Microsporidia: a new taxonomic, evolutionary, and ecological synthesis. S. 642–659. Trends in Parasitology [online]. Elsevier Ltd., 2022-08 [cit. 2024-05-23]. Roč. 38, čís. 8, s. 642–659. Dostupné online. Dostupné také na: [11]. ISSN 1471-5007. DOI 10.1016/j.pt.2022.05.007. PMID 35667993. (anglicky)
- ↑ SOUTH, Lilith R.; HURDEAL, Vedprakash G.; FAST, Naomi M. Genomics and phylogenetic relationships of microsporidia and their relatives. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. Society of Protozoologists in John Wiley & Sons, Inc., 2024-07-30 [cit. 2024-10-02]. Roč. 71, čís. 5: e13051. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.13051. PMID 39079911. (anglicky)
- ↑ a b c d e AMSES, Kevin R.; SIMMONS, D. Rabern; LONGCORE, Joyce E.; MONDO, Stephen J.; SETO, Kensuke; JERÔNIMO, Gustavo H.; BONDS, Anne E. Diploid-dominant life cycles characterize the early evolution of Fungi. S. e2116841119. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2022-09-06 [cit. 2022-11-29]. Roč. 119, čís. 36, s. e2116841119. Dostupné online. ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.2116841119. (anglicky)
- ↑ Sanchytriomycota. Index Fungorum, item 558519. Dostupné online (anglicky)
- ↑ a b c d e f g h KALINA, Tomáš; VÁŇA, Jiří. Sinice, řasy, houby, mechorosty a podobné organismy v současné biologii. 1. vyd. Praha: Karolinum, prosinec 2005. 608 s., 32 s. obr. příl. Dostupné online. ISBN 80-246-1036-1, ISBN 978-80-246-1036-8. Kapitola 3.3 Říše: Houby – Fungi (syn. Mycetalia), s. 229–405.
- ↑ a b HARIDAS, S.; ALBERT, R.; BINDER, M.; BLOEM, J.; LABUTTI, K.; SALAMOV, A.; ANDREOPOULOS, B. 101 Dothideomycetes genomes: A test case for predicting lifestyles and emergence of pathogens. S. 141–153. Studies in Mycology [online]. Westerdijk Fungal Biodiversity Institute; in Elsevier B.V., 1. únor 2020 [cit. 2022-01-28]. Svazek 96, s. 141–153. Dostupné online. Dostupné také na: [12]. ISSN 0166-0616. DOI 10.1016/j.simyco.2020.01.003. PMID 32206138. (anglicky)
- ↑ SUGITA, Ryosuke; TANAKA, Kazuaki. Thyridium revised: Synonymisation of Phialemoniopsis under Thyridium and establishment of a new order, Thyridiales. S. 147–176. MycoKeys [online]. Pensoft Publishers, 2022-02-01 [cit. 2024-02-14]. Roč. 86, s. 147–176. Dostupné online. Dostupné také na: [13]. ISSN 1314-4049. DOI 10.3897/mycokeys.86.78989. PMID 35145340. (anglicky)
- ↑ BAO, Dan-Feng; HYDE, Kevin D.; MAHARACHCHIKUMBURA, Sajeewa S. N.; PERERA, Rekhani H.; THIYAGARAJA, Vinodhini; HONGSANAN, Sinang; WANASINGHE, Dhanushka N. Taxonomy, phylogeny and evolution of freshwater Hypocreomycetidae (Sordariomycetes). S. 1–94. Fungal Diversity [online]. Springer Nature, 2023-07 [cit. 2023-11-30]. Roč. 121, čís. 1, s. 1–94. Dostupné online. ISSN 1878-9129. DOI 10.1007/s13225-023-00521-8. (anglicky)
- ↑ a b ČADEŽ, Neža; DLAUCHY, Dénes; TOME, Miha; PÉTER, Gábor. Novakomyces olei sp. nov., the First Member of a Novel Taphrinomycotina Lineage. S. 301. Microorganisms [online]. MDPI, 2021-02-02 [cit. 2023-09-25]. Roč. 9, čís. 2, s. 301. Dostupné online. ISSN 2076-2607. DOI 10.3390/microorganisms9020301. (anglicky)
- ↑ SHIROUZU, Takashi; UNO, Kunihiko; HOSAKA, Kentaro, HOSOYA, Tsuyoshi. Early-diverging wood-decaying fungi detected using three complementary sampling methods. S. 11–20. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 2. únor 2016. Svazek 98, s. 11–20. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2016.01.015. PMID 26850687. (anglicky)
- ↑ a b c KIJPORNYONGPAN, Teeratas; MONDO, Stephen J.; BARRY, Kerrie; SANDOR, Laura; LEE, Juna; LIPZEN, Anna; PANGILINAN, Jasmyn, LaBUTTI, Kurt; HAINAUT, Matthieu; HENRISSAT, Bernard; GRIGORIEV, Igor V.; SPATAFORA, Joseph W.; AIME, M. Catherine. Broad Genomic Sampling Reveals a Smut Pathogenic Ancestry of the Fungal Clade Ustilaginomycotina. S. 1840–1854. Molecular Biology and Evolution [online]. Society for Molecular Biology and Evolution, 15. květen 2018. Svazek 35, čís. 8, s. 1840–1854. Dostupné online. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msy072. PMID 29771364. (anglicky)
- ↑ a b HAO WANG, Zhao Xu, Lei Gao, Bailin Hao. A fungal phylogeny based on 82 complete genomes using the composition vector method. S. 1–13. BMC Evolutionary Biology [online]. 10. srpna 2009 [cit. 2009-12-03]. Svazek 9, čís. 195, s. 1–13. Dostupné online. PDF [14]. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-9-195. (anglicky)
- ↑ a b YU LIU; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1–31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1–31. Dostupné online. PDF [15]. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)
- ↑ LARA, Enrique; MOREIRA, David; LÓPEZ-GARCÍA, Purificación. The Environmental Clade LKM11 and Rozella Form the Deepest Branching Clade of Fungi. Protist. Leden 2010, svazek 161, čís. 1, s. 116–121. Dostupné online [cit. 2010-01-04]. DOI 10.1016/j.protis.2009.06.005. (anglicky)
- ↑ Internetový projekt „Tree of Life”: Fungi
- ↑ EBERSBERGER, Ingo; MATOS SIMOES, Ricardo de; KUPCZOK, Anne, GUBE, Matthias; KOTHE, Erika; VOIGT, Kerstin; von HAESELER, Arndt. A Consistent Phylogenetic Backbone for the Fungi. S. 1319–1334. Molecular Biology and Evolution [online]. 22. listopad 2011. Svazek 29, s. 1319–1334. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msr285. (anglicky)
- ↑ ZHUANG, Wen-Ying; LIU, Chao-Yang. What an rRNA Secondary Structure Tells about Phylogeny of Fungi in Ascomycota with Emphasis on Evolution of Major Types of Ascus. S. 1–10. PLoS ONE [online]. 26. říjen 2012. Svazek 7, čís. 10: e47546, s. 1–10. Dostupné online. Dostupné také na: [16]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0047546. PMID 23110078. (anglicky)
- ↑ BEIMFORDE, Christina; FELDBERG, Kathrin; NYLINDER, Stephan, RIKKINEN, Jouko; TUOVILA, Hanna; DÖRFELT, Heinrich; GUBE, Matthias; JACKSON, Daniel J.; REITNER, Joachim; SEYFULLAH, Leyla J.; SCHMIDT, Alexander R. Estimating the Phanerozoic history of the Ascomycota lineages: Combining fossil and molecular data. S. 386–398. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 30. duben 2014. Svazek 78, s. 386–398. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.04.024. (anglicky)
- ↑ SOKOLOVA, Ju. Ja. (Соколова Ю. Я.). Origin of Microsporidia and their systematic position among eukaryotes. Микология и фитопатология. 2009, svazek 43, čís. 3, s. 177–192. Dostupné online [abstrakt]. ISSN 0026-3648. (anglicky)
- ↑ KOESTLER, Tina; EBERSBERGER, Ingo. Zygomycetes, microsporidia, and the evolutionary ancestry of sex determination. S. 186–194. Genome Biology and Evolution [online]. 9. únor 2011. Svazek 3, s. 186–194. Dostupné online. PDF [17]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evr009. (anglicky)
- ↑ BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699–2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699–2709. Dostupné online. PDF [18]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msp185. (anglicky)
- ↑ STRASSERT, Jürgen F.H.; MONAGHAN, Michael T. Phylogenomic insights into the early diversification of fungi. S. 3628–3635.e3. Current Biology [online]. 2022-08 [cit. 2024-10-14]. Roč. 32, čís. 16, s. 3628–3635.e3. Dostupné online. Dostupné také na: [19]. ISSN 1879-0445. DOI 10.1016/j.cub.2022.06.057. PMID 35830854. (anglicky)
- ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations. S. 26–33. Journal of eukaryotic microbiology [online]. 14. říjen 2008. Svazek 56, čís. 1, s. 26–33. Dostupné online. PDF [20]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x. (anglicky)