Klasifikace bakterií
Klasifikace bakterií prodělala v prvních dekádách 21. století zásadní změny. Genomickými analýzami byla odhalena velká diverzita stávajících skupin a popsáno či alespoň geneticky identifikováno mnoho nových bakteriálních linií, aniž by k nim ve většině případů byly kultivované vzorky.[2][3]
Úroveň kmene, do konce roku 2023 nejvyšší taxonomická úroveň v doméně Bacteria, se stala standardní taxonomickou úrovní dle Mezinárodní kód nomenklatury prokaryot[4][5] a v r. 2021 byla stanovena pro tuto úroveň jednotná přípona -ota. Současně s novými názvy se však v mikrobiologických publikacích nadále používají i názvy staré.
Na konci roku 2023 byla pro bakterie oficiálně navržena[pozn. 1] další vyšší taxonomická úroveň – říše (angl. kingdom, lat. regnum), pro kterou je stanovena jednotná přípona -ati.[6]
Seznam bakteriálních kmenů
[editovat | editovat zdroj]Neexistuje závazné kritérium, podle kterého by daná bakteriální linie měla být postavena na taxonomickou úroveň kmene. Uváděnou pracovní definicí je, že bakteriální kmen je monofyletická linie bakterií, jejichž geny 16S rRNA sdílejí párovou sekvenční shodu v párech bazí ~ 75 % nebo méně vzhledem k zástupcům jiných bakteriálních kmenů. Odhaduje se, že existuje přibližně 1 300 takto definovaných bakteriálních kmenů.[7]
Seznam vychází z publikovaného přehledu nových názvů bakteriálních kmenů po stanovení jednotné přípony -ota.[8][9] Současná taxonomie nemůže pomíjet ani taxony bakteriálních linií, které nemají kultivované vzorky a jejichž úplný popis pro uznání oficiálního pojmenování podle názvoslovného kódu tak není možné. Takové taxony mají status „Candidatus“ a představují více než 70 % známých linií. Seznam kmenů je proto doplněn i o tyto kmeny, jejichž seznam byl publikován v r. 2023.[10]
Seznam je aktualizován ke květnu 2024 podle seznamu prokaryotních kmenů[11] databáze LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, která eviduje platně publikované popisy prokaryotických taxonů.[12]
Ke každému novému názvu kmene v souladu s platným názvoslovným kódem jsou uvedena i starší synonyma a používaná nevalidně publikovaná jména, a v předposledním sloupci i typový rod (u kmenů typu Candidatus se jedná o návrhy dle [10]).
Poté, co byla v r. 2023 pro prokaryota oficiálně navržena taxonomická úroveň říší[6] a na počátku r. 2024 navrženy první čtyři takové říše[13], jsou v posledním sloupci tabulky u příslušných kmenů uvedené navržené říše.
| Validní jméno | Synonyma a nevalidně publikovaná jména | Typový rod | Říše (návrh) |
|---|---|---|---|
| Candidatus Abawacaibacteriota | Abawacabacteria | Candidatus Abawacaibacterium (návrh) | |
| Abditibacteriota | Abditibacterium Tahon et al. 2018 | Pseudomonadati | |
| Candidatus Absconditibacteriota | Absconditabacteria | Candidatus Absconditibacterium (návrh) | |
| Candidatus Acetithermota | Acetothermia | Candidatus Acetithermum corrig. Takami et al. 2010 | |
| Acidobacteriota | Acidobacteria | Acidobacterium Kishimoto et al. 1991 | Pseudomonadati |
| Actinomycetota | Actinobacteria | Actinomyces Harz 1877 | Bacillati |
| Candidatus Adleribacteriota | Adlerbacteria | Candidatus Adleribacterium (návrh) | |
| Candidatus Aerophobota | Aerophobetes | Candidatus Aerophobus Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Altimarinota | Gracilibacteria | Candidatus Altimarinus Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Amesiibacteriota | Amesbacteria | Candidatus Amesiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Aminanaerobiota | Aminanaerobia | Candidatus Aminanaerobium (návrh) | |
| Candidatus Aminicenantota | Aminicenantes | Candidatus Aminicenans Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Anderseniibacteriota | Andersenbacteria | Candidatus Anderseniibacterium (návrh) | |
| Aquificota | Aquificae, Thermosulfidibacterota | Aquifex Huber and Stetter 1992 | Pseudomonadati |
| Armatimonadota | Armatimonadetes | Armatimonas Tamaki et al. 2011 | Bacillati |
| Atribacterota | Atribacteria | Atribacter Katayama et al. 2021 | Pseudomonadati |
| Candidatus Auribacterota | Candidatus Auribacter Williams et al. 2022 | ||
| Candidatus Aurifodinibacteriota | Aureabacteria | Candidatus Aurifodinibacterium (návrh) | |
| Candidatus Azamiibacteriota | Azambacteria | Candidatus Azamiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Babelota | Dependentiae | Candidatus Babela Cohen et al. 2011 | |
| Bacillota | Firmicutes, Halanaerobiaeota, Thermodesulfobiota | Bacillus Cohn 1872 | Bacillati |
| Bacteroidota | Bacteroidetes | Bacteroides Castellani and Chalmers 1919 | Pseudomonadati |
| Balneolota | Balneolaeota | Balneola Urios et al. 2006. | Pseudomonadati |
| Candidatus Beckwithiibacteriota | Beckwithbacteria | Candidatus Beckwithiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Berkeliibacteriota | Berkelbacteria | Candidatus Berkeliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Binatota | Candidatus Binatus Chuvochina et al. 2019 | ||
| Candidatus Bipolaricaulota | Candidatus Bipolaricaulis Hao et al. 2018 | ||
| Candidatus Blackalliibacteriota | Blackallbacteria | Candidatus Blackalliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Blackburniibacteriota | Blackburnbacteria | Candidatus Blackburniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Brenneribacteriota | Brennerbacteria | Candidatus Brenneribacterium (návrh) | |
| Candidatus Browniibacteriota | Brownbacteria | Candidatus Browniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Buchananiibacteriota | Buchananbacteria | Candidatus Buchananiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Caldatribacteriota | Candidatus Caldatribacterium Dodsworth et al. 2013 | ||
| Candidatus Caldipriscota | Pyropristinus | Candidatus Caldipriscus Colman et al. 2016 | |
| Caldisericota | Caldiserica | Caldisericum Mori et al. 2009 | Pseudomonadati |
| Calditrichota | Calditrichaeota | Caldithrix Miroshnichenko et al. 2003 | Pseudomonadati |
| Candidatus Calescibacteriota | Calescamantes | Candidatus Calescibacterium Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Campbelliibacteriota | Campbellbacteria | Candidatus Campbelliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Canglongiota | Candidatus Canglongia Zhang et al. 2022 | ||
| Candidatus Cloacimonadota | Cloacimonetes | Candidatus Cloacimonas corrig. Pelletier et al. 2008 | |
| Candidatus Coatesiibacteriota | Coatesbacteria | Candidatus Coatesiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Collieribacteriota | Collierbacteria | Candidatus Collieribacterium (návrh) | |
| Candidatus Colwelliibacteriota | Colwellbacteria | Candidatus Colwelliibacterium (návrh) | |
| Coprothermobacterota | Coprothermobacter Rainey and Stackebrandt 1993 | Pseudomonadati | |
| Candidatus Cosmopoliota | Candidatus Cosmopolitia Zhang et al. 2023 | ||
| Candidatus Cryosericota | Candidatus Cryosericum Martinez et al. 2019 | ||
| Cyanobacteriota ► | Cyanobacteria, Cyanophyceae | Cyanobacterium Rippka and Cohen-Bazire 2022 | Bacillati |
| Candidatus Curtissiibacteriota | Curtissbacteria | Candidatus Curtissiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Dadaibacteriota | Dadabacteria | Candidatus Dadaibacterium (návrh) | |
| Candidatus Daviesiibacteriota | Daviesbacteria | Candidatus Daviesiibacterium (návrh) | |
| Deferribacterota | Deferribacteres | Deferribacter Greene et al. 1997 | Pseudomonadati |
| Candidatus Deferrimicrobiota | Candidatus Deferrimicrobium Begmatov et al. 2022 | ||
| Deinococcota | Deinococcus-Thermus | Deinococcus Brooks and Murray 1981 | Thermotogati |
| Candidatus Delongiibacteriota | Delongbacteria | Candidatus Delongiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Delphinibacteriota | Delphibacteria | Candidatus Delphinibacterium (návrh) | |
| Candidatus Desantisiibacteriota | Desantisbacteria | Candidatus Desantisiibacterium (návrh) | |
| Dictyoglomerota | Dictyoglomi, Dictyoglomota | Dictyoglomus Saiki et al. 1985 | Pseudomonadati |
| Candidatus Dojkaibacteriota | Dojkabacteria | Candidatus Dojkaibacterium (návrh) | |
| Candidatus Dormiibacterota | Dormibacteraeota | Candidatus Dormiibacter corrig. Ji et al. 2017 | |
| Candidatus Doudnaibacteriota | Doudnabacteria | Candidatus Doudnaibacterium (návrh) | |
| Candidatus Edwardsiibacteriota | Edwardsbacteria | Candidatus Edwardsiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Eiseniibacteriota | Eisenbacteria | Candidatus Eiseniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Electryoneota | Candidatus Electryonea Williams et al. 2022 | ||
| Candidatus Elulimicrobiota | Elulota | Candidatus Elulota Rodriguez-R et al. 2020 | |
| Elusimicrobiota | Elusimicrobia | Elusimicrobium Geissinger et al. 2010 | Pseudomonadati |
| Candidatus Falkowiibacteriota | Falkowbacteria | Candidatus Falkowiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Fallacibacteriota | Fertabacteria | Candidatus Fallacibacterium (návrh) | |
| Candidatus Fermentibacterota | Fermentibacteria | Candidatus Fermentibacter Kirkegaard et al. 2016 | |
| Candidatus Fervidibacterota | Fervidibacteria | Candidatus Fervidibacter Rinke et al. 2013 | |
| Fibrobacterota | Fibrobacteres | Fibrobacter Montgomery et al. 1988 | Pseudomonadati |
| Candidatus Firestoneibacteriota | Firestonebacteria | Candidatus Firestoneibacterium (návrh) | |
| Candidatus Fischeribacteriota | Fischerbacteria | Candidatus Fischeribacterium (návrh) | |
| Candidatus Fraseribacteriota | Fraserbacteria | Candidatus Fraseribacterium (návrh) | |
| Fusobacteriota | Fusobacteria | Fusobacterium Knorr 1922 | Fusobacteriati |
| Gemmatimonadota | Gemmatimonadetes | Gemmatimonas Zhang et al. 2003 | Pseudomonadati |
| Candidatus Genasciibacteriota | Genascibacteria | Candidatus Genasciibacterium (návrh) | |
| Candidatus Giovannoniibacteriota | Giovannonibacteria | Candidatus Giovannoniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Glassiibacteriota | Glassbacteria | Candidatus Glassiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Goldiibacteriota | Goldbacteria | Candidatus Goldiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Gottesmaniibacteriota | Gottesmanbacteria | Candidatus Gottesmaniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Gribaldonibacteriota | Gribaldobacteria | Candidatus Gribaldonibacterium (návrh) | |
| Candidatus Halobacterota | Candidatus Halobacter (návrh) | ||
| Candidatus Handelsmaniibacteriota | Handelsmanbacteria | Candidatus Handelsmaniibacterim (návrh) | |
| Candidatus Harrisoniibacteriota | Harrisonbacteria | Candidatus Harrisoniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Heilongiota | Candidatus Heilongia Zhang et al. 2022 | ||
| Candidatus Hinthialibacterota | Candidatus Hinthialibacter Williams et al. 2022 | ||
| Candidatus Hugiibacteriota | Hugbacteria | Candidatus Hugiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Hydrogenedentota | Hydrogenedentes | Candidatus Hydrogenedens Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Hydrothermota | Hydrothermae | Candidatus Hydrothermus Chuvochina et al. 2019 | |
| Candidatus Chisholmiibacteriota | Chisholmbacteria | Candidatus Chisholmiibacterium (návrh) | |
| Chlamydiota | Chlamydiae | Chlamydia Jones et al. 1945 | Pseudomonadati |
| Chlorobiota | Chlorobi, Ignavibacteriota | Chlorobium Nadson 1906 | Pseudomonadati |
| Chloroflexota | Chloroflexi | Chloroflexus Pierson and Castenholz 1974 | Bacillati |
| Chrysiogenota | Chrysiogenetes | Chrysiogenes Macy et al. 1996 | Pseudomonadati |
| Candidatus Jacksoniibacteriota | Jacksonbacteria | Candidatus Jacksoniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Joergenseniibacteriota | Jorgensenbacteria | Candidatus Joergenseniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Kaiseribacteriota | Kaiserbacteria | Candidatus Kaiseribacterium (návrh) | |
| Candidatus Kapaibacteriota | Kapabacteria, Kapaibacteria | Candidatus Kapaibacterium corrig. Kantor et al. 2015 | |
| Candidatus Katanibacteriota | Katanobacteria | Candidatus Katanibacterium (návrh) | |
| Candidatus Kerfeldiibacteriota | Kerfeldbacteria | Candidatus Kerfeldiibacterium (návrh) | |
| Kiritimatiellota | Kiritimatiellaeota | Kiritimatiella Spring et al. 2017 | Pseudomonadati |
| Candidatus Komeiliibacteriota | Komeilibacteria | Candidatus Komeiliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Krumholzibacteriota | Candidatus Krumholzibacterium Youssef et al. 2019 | ||
| Candidatus Kryptoniota | Kryptonia | Candidatus Kryptonium Eloe-Fadrosh et al. 2016 | |
| Candidatus Kueneniibacteriota | Kuenenbacteria | Candidatus Kueneniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Latescibacterota | Latescibacteria | Candidatus Latescibacter Rinke et al. 2013 | |
| Lentisphaerota | Lentisphaerae | Lentisphaera Cho et al. 2004 | Pseudomonadati |
| Candidatus Lernaellota | Candidatus Lernaella Williams et al. 2022 | ||
| Candidatus Levyibacteriota | Levybacteria | Candidatus Levyibacterium (návrh) | |
| Candidatus Lindowiibacteriota | Lindowbacteria | Candidatus Lindowiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Liptoniibacteriota | Liptonbacteria | Candidatus Liptoniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Lithacetigenota | Candidatus Lithacetigena Nobu et al. 2023 | ||
| Candidatus Lloydiibacteriota | Lloydbacteria | Candidatus Lloydiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Macinerneyibacteriota | Mcinerneyibacteriota | Candidatus Macinerneyibacterium corrig. Yadav et al. 2020 | |
| Candidatus Magasanikiibacteriota | Magasanikbacteria | Candidatus Magasanikiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Margulisiibacteriota | Margulisbacteria | Candidatus Margulisiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Melainobacteriota | Melainabacteria | Candidatus Melainobacterium (návrh) | |
| Candidatus Methanomethylicota | Verstraetearchaeota | Candidatus Methanomethylicus Vanwonterghem et al. 2016 | |
| Candidatus Methylomirabilota | Candidatus Methylomirabilis Chuvochina et al. 2023 | ||
| Candidatus Microgenomatota | Microgenomates | Candidatus Microgenomatus Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Moduliflexota | Modulibacteria | Candidatus Moduliflexus Sekiguchi et al. 2015 | |
| Candidatus Moissliibacteriota | Moisslbacteria | Candidatus Moissliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Montesoliibacteriota | Montesolbacteria | Candidatus Montesoliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Moraniibacteriota | Moranbacteria | Candidatus Moraniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Muiribacteriota | Muirbacteria | Candidatus Muiribacterium Barnum et al. 2018 | |
| Mycoplasmatota | Tenericutes | Mycoplasma Nowak 1929 | Bacillati |
| Candidatus Nealsoniibacteriota | Nealsonbacteria | Candidatus Nealsoniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Neomarinimicrobiota | Marinimicrobia | Candidatus Neomarinimicrobium corrig. Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Nitrosediminicolota | Candidatus Nitrosediminicola Zhao et al. 2024 | ||
| Nitrospinota | Nitrospinae | Nitrospina Watson and Waterbury 1971 | Pseudomonadati |
| Nitrospirota | Nitrospirae | Nitrospira Watson et al. 1986 | Pseudomonadati |
| Candidatus Niyogiibacteriota | Niyogibacteria | Candidatus Niyogiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Nomuraibacteriota | Nomurabacteria | Candidatus Nomuraibacterium (návrh) | |
| Candidatus Omnitrophota | Omnitrophica | Candidatus Omnitrophus Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Paceibacterota | Pacebacteria | Candidatus Paceibacter Rinke et al. 2013 | |
| Candidatus Parcunitrobacterota | Parcunitrobacteria | Candidatus Parcunitrobacter Castelle et al. 2017 | |
| Candidatus Peregrinibacteriota | Peregrinibacteria | Candidatus Peregrinibacterium (návrh) | |
| Planctomycetota | Planctomycetes | Planctomyces Gimesi 1924 | Pseudomonadati |
| Candidatus Poribacteriota | Poribacteria | Candidatus Poribacterium (návrh) | |
| Candidatus Portnoyibacteriota | Portnoybacteria | Candidatus Portnoyibacterium (návrh) | |
| Pseudomonadota | Bdellovibrionota, Campylobacterota, Desulfobacterota, Epsilonbacteraeota, Myxococcota, Proteobacteria | Pseudomonas Orla Jensen 1921 | Pseudomonadati |
| Candidatus Qinglongiota | Candidatus Qinglongia Zhang et al. 2022 | ||
| Candidatus Ratteibacteriota | Ratteibacteria | Candidatus Ratteibacterium (návrh) | |
| Candidatus Raymondiibacteriota | Raymondbacteria | Candidatus Raymondiibacterium (návrh) | |
| Rhodothermota | Rhodothermaeota | Rhodothermus Alfredsson et al. 1995 | Pseudomonadati |
| Candidatus Rifleibacteriota | Riflebacteria | Candidatus Rifleibacterium Kadnikov et al. 2020 | |
| Candidatus Roizmaniibacteriota | Roizmanbacteria | Candidatus Roizmaniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Rokuibacteriota | Rokubacteria | Candidatus Rokuibacterium (návrh) | |
| Candidatus Ryaniibacteriota | Ryanbacteria | Candidatus Ryaniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Saccharimonadota | Saccharibacteria | Candidatus Saccharimonas Albertsen et al. 2013 | |
| Candidatus Saganiibacteriota | Saganbacteria | Candidatus Saganiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Shapironibacteriota | Shapirobacteria | Candidatus Shapironibacterium (návrh) | |
| Candidatus Schekmaniibacteriota | Schekmanbacteria | Candidatus Schekmaniibacterium (návrh) | |
| Candidatus Spechtiibacteriota | Spechtbacteria | Candidatus Spechtiibacterium (návrh) | |
| Spirochaetota | Spirochaetes | Spirochaeta Ehrenberg 1835 | Pseudomonadati |
| Candidatus Stahliibacteriota | Stahlbacteria | Candidatus Stahliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Staskawicziibacteriota | Staskawiczbacteria | Candidatus Staskawicziibacterium (návrh) | |
| Candidatus Sumerlaeota | Candidatus Sumerlaea Kadnikov et al. 2010 | ||
| Candidatus Sungiibacteriota | Sungbacteria | Candidatus Sungiibacterium (návrh) | |
| Synergistota | Synergistetes | Synergistes Allison et al. 1993 | Thermotogati |
| Candidatus Tagaibacteriota | Tagabacteria | Candidatus Tagaibacterium (návrh) | |
| Candidatus Tayloriibacteriota | Taylorbacteria | Candidatus Tayloriibacterium (návrh) | |
| Candidatus Tectimicrobiota | Tectomicrobia | Candidatus Tectimicrobium (návrh) | |
| Candidatus Terryibacteriota | Terrybacteria | Candidatus Terryibacterium (návrh) | |
| Thermodesulfobacteriota | Thermodesulfobacteria, Desulfobacterota | Thermodesulfobacterium Zeikus et al. 1995 | Pseudomonadati |
| Thermomicrobiota | Thermomicrobia | Thermomicrobium Jackson et al. 1973 | Pseudomonadati |
| Thermotogota | Thermotogae | Thermotoga Stetter and Huber 1986 | Thermotogati |
| Candidatus Tianyaibacteriota | Tianyabacteria | Candidatus Tianyaibacterium corrig. Cui et al. 2021 | |
| Candidatus Torokiibacteriota | Torokbacteria | Candidatus Torokiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Uhriibacteriota | Uhrbacteria | Candidatus Uhriibacterium (návrh) | |
| Candidatus Vebleniibacteriota | Veblenbacteria | Candidatus Vebleniibacterium (návrh) | |
| Verrucomicrobiota | Verrucomicrobia | Verrucomicrobium Schlesner 1988 | Pseudomonadati |
| Candidatus Vogeliibacteriota | Vogelbacteria | Candidatus Vogeliibacterium (návrh) | |
| Vulcanimicrobiota | Eremiobacterota, Eremiobacteraeota | Vulcanimicrobium Yabe et al. 2023 | |
| Candidatus Walliibacteriota | Wallbacteria | Candidatus Walliibacterium (návrh) | |
| Candidatus Wildermuthiibacteriota | Wildermuthbacteria | Candidatus Wildermuthiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Wirthibacterota | Wirthbacteria | Candidatus Wirthibacter Probst et al. 2017 | |
| Candidatus Woeseibacteriota | Woesebacteria | Candidatus Woeseibacterium (návrh) | |
| Candidatus Wolfeibacteriota | Wolfebacteria | Candidatus Wolfeibacterium (návrh) | |
| Candidatus Woykeibacteriota | Woykebacteria | Candidatus Woykeibacterium (návrh) | |
| Candidatus Yanofskyibacteriota | Yanofskybacteria | Candidatus Yanofskyibacterium (návrh) | |
| Candidatus Yonathiibacteriota | Yonathbacteria | Candidatus Yonathiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Zambryskiibacteriota | Zambryskibacteria | Candidatus Zambryskiibacterium (návrh) | |
| Candidatus Zhurongbacterota | Candidatus Zhurongbacter Leng et al. 2023 | ||
| Candidatus Zixiibacteriota | Zixibacteria | Candidatus Zixiibacterium (návrh) |
Konkurenční systém klasifikace podle GTDb
[editovat | editovat zdroj]Genome Taxonomy Database (GTDb)[14] je internetová databáze, která shrnuje údaje o sekvenovaných genomech všech prokaryot. Na rozdíl od výše uvedeného seznamu platně publikovaných bakteriálních kmenů v LPSN uvádí i taxony na úrovni kmene, které kritéria pro validní oficiální pojmenování dle ICNP nesplňují. Vycházejí přitom i z názvů, které dostaly taxony identifikované na základě molekulárních analýz, aniž by měly kultivované vzorky, a přiznávají prioritu těmto názvům před oficiální publikací jména typu Candidatus platnou podle ICNP (i v případě shody s touto publikací přívlastek Candidatus systematicky neuvádí). Proto se pojmenování stejně vymezených taxonů v obou systémech může lišit, i když GTDb zpravidla aplikuje stejné standardní přípony pro příslušné taxonomické úrovně. Aby měl tento systém pojmenování oporu v nomenklaturním předpisu, byl vytvořen The Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data (zkráceně SeqCode)[15], přesto není v GTDb aplikován důsledně a mnoho uvedených taxonů ho nesplňuje.
V posledním vydání z r. 2024 na základě genomů dělí bakterie do 196 kmenů;[16] aktuální seznam zahrnutých kmenů je zde.
Fylogenetické stromy
[editovat | editovat zdroj]Vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých kmenů lze zobrazit níže uvedeným fylogenetickým stromem. Jeho zdrojem je internetová databáze Genome Taxonomy Database (GTDB), která shrnuje údaje o sekvenovaných genomech všech prokaryot. Na rozdíl od výše uvedeného seznamu platných bakteriálních kmenů uvádí i taxony na úrovni kmene, které dosud nejsou oficiálně pojmenovány, pod pracovními názvy z jednotlivých fylogenomických analýz. Odpovídá stavu z dubna 2023, zahrnujícímu 161 bakteriálních kmenů;[17] aktuální seznam zahrnutých kmenů je zde. Jsou uvedeny i používané názvy linií vyšší úrovně než kmen, které neodpovídají názvoslovnému kódu a proto jsou uváděny v kolmých uvozovkách.
Bazální větvení
[editovat | editovat zdroj]| Bacteria |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
"skupina FCB"
[editovat | editovat zdroj]| "skupina FCB" |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
"Proteobacteria"
[editovat | editovat zdroj]| "Proteobacteria/Pseudomonadota s.l." |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Poznámky
[editovat | editovat zdroj]Reference
[editovat | editovat zdroj]- ↑ HUG, Laura A.; BAKER, Brett J.; ANANTHARAMAN, Karthik; BROWN, Christopher T.; PROBST, Alexander J.; CASTELLE, Cindy J.; BUTTERFIELD, Cristina N. A new view of the tree of life. Nature Microbiology [online]. 2016-04-11. Roč. 1, čís. 5. Dostupné online. ISSN 2058-5276. DOI 10.1038/nmicrobiol.2016.48. PMID 27572647. (anglicky)
- ↑ ANANTHARAMAN, Karthik; BROWN, Christopher T.; HUG, Laura A.; SHARON, Itai; CASTELLE, Cindy J.; PROBST, Alexander J.; THOMAS, Brian C. Thousands of microbial genomes shed light on interconnected biogeochemical processes in an aquifer system. Nature Communications [online]. 2016-10-24 [cit. 2024-03-25]. Roč. 7, čís. 1. Dostupné online. DOI 10.1038/ncomms13219. PMID 27774985. (anglicky)
- ↑ PARKS, Donovan H.; RINKE, Christian; CHUVOCHINA, Maria; CHAUMEIL, Pierre-Alain; WOODCROFT, Ben J.; EVANS, Paul N.; HUGENHOLTZ, Philip. Recovery of nearly 8,000 metagenome-assembled genomes substantially expands the tree of life. S. 1533–1542. Nature Microbiology [online]. 2017-09-11 [cit. 2024-03-25]. Roč. 2, čís. 11, s. 1533–1542. DOI 10.1038/s41564-017-0012-7. PMID 28894102. (anglicky)
- ↑ OREN, Aharon; ARAHAL, David R.; GÖKER, Markus; MOORE, Edward R. B.; ROSSELLO-MORA, Ramon; SUTCLIFFE, Iain C. International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2022 Revision). International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2023-05-01 [cit. 2024-01-25]. Roč. 73, čís. 5a. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijsem.0.005585. PMID 37219928. (anglicky)
- ↑ OREN, Aharon; ARAHAL, David R.; ROSSELLÓ-MÓRA, Ramon; SUTCLIFFE, Iain C.; MOORE, Edward R. B. Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2021-06-23 [cit. 2024-03-25]. Roč. 71, čís. 6. DOI 10.1099/ijsem.0.004851. PMID 34161220. (anglicky)
- ↑ a b OREN, Aharon. Emendation of Principle 8, Rules 5b, 8, 15, 33a, and Appendix 7 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the categories of kingdom and domain. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2023-11-01 [cit. 2024-05-28]. Roč. 73, čís. 11. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijsem.0.006123. PMID 37909283. (anglicky)
- ↑ YARZA, Pablo; YILMAZ, Pelin; PRUESSE, Elmar; GLÖCKNER, Frank Oliver; LUDWIG, Wolfgang; SCHLEIFER, Karl-Heinz; WHITMAN, William B. Uniting the classification of cultured and uncultured bacteria and archaea using 16S rRNA gene sequences. S. 635–645. Nature Reviews Microbiology [online]. 2014-09 [cit. 2024-03-25]. Roč. 12, čís. 9, s. 635–645. ISSN 1740-1534. DOI 10.1038/nrmicro3330. PMID 25118885. (anglicky)
- ↑ OREN, Aharon; GARRITY, George M. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2021-10-20 [cit. 2024-03-25]. Roč. 71, čís. 10. DOI 10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. (anglicky)
- ↑ GÖKER, Markus; OREN, Aharon. Valid publication of four additional phylum names. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2023-09-11. Roč. 73, čís. 9. DOI 10.1099/ijsem.0.006024. (anglicky)
- ↑ a b OREN, Aharon; GÖKER, Markus. Candidatus List. Lists of names of prokaryotic Candidatus phyla. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. 2023-05-09. Roč. 73, čís. 5. DOI 10.1099/ijsem.0.005821. PMID 37159402. (anglicky)
- ↑ LPSN. Domain Bacteria. Dostupné online (anglicky)
- ↑ LPSN – List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature Dostupné online (anglicky)
- ↑ GÖKER, Markus; OREN, Aharon. Valid publication of names of two domains and seven kingdoms of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Microbiology Society, 2024-01-22 [cit. 2024-05-28]. Roč. 74, čís. 1. DOI 10.1099/ijsem.0.006242. (anglicky)
- ↑ Genome Taxonomy Database (GTDb). Dostupné online (anglicky)
- ↑ The Code of Nomenclature of Prokaryotes Described from Sequence Data [online]. Příprava vydání William B. Whitman, Maria Chuvochina, Brian P. Hedlund, Philip Hugenholtz, Kostas T. Konstantinidis, Alison E. Murray, Marike Palmer, Donovan H. Parks, Alexander J. Probst, Anna-Louise Reysenbach, Luis M. Rodriguez-R., Ramon Rossello-Mora, Iain Sutcliffe, Stephanus N. Venter. Version 1.0.3. vyd. Rev. 2023-01-05 [cit. 2024-09-18]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ Genome Taxonomy Database, Release 09-RS220. Dostupné online (anglicky)
- ↑ Genome Taxonomy Database, Release 214. Dostupné online (anglicky)