Jalview

Jalview
Tipus	Eina bioinformàtica
Versió inicial	Clamp M, Cuff J, Searle S i Barton G
Versió estable	2.8 / 12 novembre 2012
Llicència	GPL
En català	No disponible
Part de	ELIXIR UK (en)
Característiques tècniques
Sistema operatiu	UNIX, Linux, Mac, Windows
Escrit en	Java
Format de fitxer d'escriptura	General Feature Format, format FASTA i Clustal file format (en)
Equip
Creador/s	Waterhouse A, Procter J, Barton G i Martin D
Desenvolupador(s)	Universitat de Dundee
Més informació
Lloc web	http://www.jalview.org
Guia d'usuari	Guia d'usuari

Jalview és una aplicació de programari bioinformàtic que s'utilitza per a visualitzar i editar alineaments múltiples de seqüències. Està escrit en llenguatge de programació Java. El programa fou escrit en un inici per Michele Clamp mentre treballava en un grup de recerca dirigit per Geoff Barton a l'EBI.^[1] Jalview 2, una versió reprogramada i reestructurada dissenyada per Andrew Waterhouse i Jim Procter en un projecte de nou amb Geoff Barton a la Universitat de Dundee (Regne Unit), fou publicada el 2005, el desenvolupament continu del qual és recolzat pel Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC).^[2]

És utilitzat àmpliament per una varietat de servidors de web (com per exemple el servidor ClustalW de l'EBI i la base de dades de dominis proteics Pfam) però es troba disponible com a propòsit general d'editor d'alineaments.

Jalview, a més a més de la visualització i edició de seqüències, disposa d'una gamma molt extensa de funcions en què s'inclouen arbres filogenètics i la representació d'estructures moleculars (molts d'aquests recursos empresn serveis web externs per a importar les dades).

Alineament per Jalview d'un exó no homòleg per un mètode iteratiu (a), i per un mètode de filogènia (b).

Referències

↑ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ «The Jalview Java alignment editor» (en angles). Bioinformatics volum=20, 3, 2-2004, pàg. 426–427. DOI: 10.1093/bioinformatics/btg430. PMID: 14960472 [Consulta: 27 febrer 2015].
↑ Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ «Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench». Bioinformatics, 25, 9, 5-2009, pàg. 1189–1191. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp033. PMC: 2672624. PMID: 19151095 [Consulta: 27 febrer 2015].

[pmid14960472-1] Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ «The Jalview Java alignment editor» (en angles). Bioinformatics volum=20, 3, 2-2004, pàg. 426–427. DOI: 10.1093/bioinformatics/btg430. PMID: 14960472 [Consulta: 27 febrer 2015].

[pmid19151095-2] Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ «Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench». Bioinformatics, 25, 9, 5-2009, pàg. 1189–1191. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp033. PMC: 2672624. PMID: 19151095 [Consulta: 27 febrer 2015].

[1]

[2]