[go: up one dir, main page]
Idi na sadržaj

DDB1

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
(Preusmjereno sa ERCC4)
DDB1
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1Z00, 2A1J, 2MUT, 2KN7, 2AQ0

Identifikatori
AliasiERCC4
Vanjski ID-jeviOMIM: 133520 MGI: 1354163 HomoloGene: 3836 GeneCards: ERCC4
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 16 (čovjek)
Hrom.Hromosom 16 (čovjek)[1]
Hromosom 16 (čovjek)
Genomska lokacija za DDB1
Genomska lokacija za DDB1
Bend16p13.12Početak13,920,138 bp[1]
Kraj13,952,348 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 16 (miš)
Hrom.Hromosom 16 (miš)[2]
Hromosom 16 (miš)
Genomska lokacija za DDB1
Genomska lokacija za DDB1
Bend16|16 A1Početak12,927,548 bp[2]
Kraj12,968,481 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija• protein N-terminus binding
• oštećeno vezivanje sa DNK
• protein C-terminus binding
• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
• TFIID-class transcription factor complex binding
• nuclease activity
• endonuclease activity
• hydrolase activity
• endodeoxyribonuclease activity
• single-stranded DNA binding
• telomerase inhibitor activity
• 3' overhang single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity
• vezivanje sa DNK
• vezivanje identičnih proteina
• single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity
Ćelijska komponenta• ERCC4-ERCC1 complex
• transcription factor TFIID complex
• nukleoplazma
• Telomera
• nucleotide-excision repair factor 1 complex
• nucleotide-excision repair complex
• jedro
Biološki proces• resolution of meiotic recombination intermediates
• interstrand cross-link repair
• cellular response to UV
• cellular response to DNA damage stimulus
• global genome nucleotide-excision repair
• nucleotide-excision repair involved in interstrand cross-link repair
• UV protection
• negative regulation of telomere maintenance
• transcription-coupled nucleotide-excision repair
• nucleotide-excision repair, DNA incision
• telomere maintenance
• response to UV
• double-strand break repair via homologous recombination
• GO:0100026 Popravka DNK
• nucleotide-excision repair, DNA incision, 3'-to lesion
• Popravak ekscizijom nukleotida
• nucleotide-excision repair, DNA incision, 5'-to lesion
• nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization
• double-strand break repair via nonhomologous end joining
• negative regulation of telomerase activity
• negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening
• negative regulation of protection from non-homologous end joining at telomere
• negative regulation of double-stranded telomeric DNA binding
• telomeric DNA-containing double minutes formation
• regulation of autophagy
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

2072

50505

Ensembl

ENSG00000175595

ENSMUSG00000022545

UniProt

Q92889

Q9QZD4

RefSeq (mRNK)

NM_005236

NM_015769

RefSeq (bjelančevina)

NP_005227

NP_056584

Lokacija (UCSC)Chr 16: 13.92 – 13.95 MbChr 16: 12.93 – 12.97 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

ERCC4 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom ERCC4 sa hromosoma 16. To je protein označen kao endonukleaza za popravak DNK XPF. Zajedno sa ERCC1, ERCC4 formira enzimski kompleks ERCC1-XPF koji učestvuje u popravcima DNK i DNK rekombinaciji.[5][6]

Enzim nukleaza ERCC1-XPF siječe specifične strukture DNK. Mnogi aspekti ova dva genska proizvoda su ovdje opisani zajedno jer su oni partneri tokom popravka DNK. ERCC1-XPF nukleaza je esencijalna aktivnost na putu DNK popravka dekscizijom nukleotida (NER). ERCC1-XPF nukleaza također funkcionira na putevima za popravku prekid dvostrukog lanca u DNK, te u popravljanju oštećenja "poprečnog povezivanja" koje štetno povezuje dva lanca DNK.

Ćelije s onemogućujućim mutacijama u ERCC4 su osjetljivije nego normalno na određene agense koji oštećuju DNK, uključujući ultraljubičasto zračenje i na hemikalije koje uzrokuju umrežavanje između lanaca DNK. Genetički modificirani miševi sa onemogućujućim mutacijama u ERCC4 također imaju defekte u popravku DNK, praćene promjenama u fiziologiji izazvanim metaboličkim stresom koje rezultiraju preranim starenjem.[7] Potpuna delecija ERCC4 nije kompatibilna sa održivošću miševa, a nisu pronađene ljudske individue s potpunom (homozigotnom) delecijom ERCC4. Rijetke osobe u ljudskoj populaciji imaju naslijeđene mutacije koje narušavaju funkciju ERCC4. Kada su normalni geni odsutni, ove mutacije mogu dovesti do ljudskih sindroma, uključujući xeroderma pigmentosum, Cockayneov sindrom i Fanconijevu anemiju.

ERCC1 i ERCC4 su imena ljudskih gena, a Ercc1 i Ercc4 su analogna imena gena sisara. Slični geni sa sličnim funkcijama nalaze se u svim eukariotskim organizmima.

Gen

[uredi | uredi izvor]

Ljudski gen ERCC4 može ispraviti defekt popravka DNK u specifičnim mutantnim ćelijskim linijama osjetljivim na ultraljubičasto svjetlo (UV) izvedene iz ćelija jajnika kineskog hrčka.[8] Izolirane su višestruke nezavisne komplementarne grupe ćelija jajnika kineskog hrčka (CHO),[9] i ovaj gen je obnovio otpornost na UV zračenje na ćelije komplementarne grupe 4. Odražavajući ovaj metod genetičke komplementacije među vrstama, gen je nazvan "unakrsni komplementarni popravak ekscizije 4"[10]

Ljudski "ERCC4" gen kodira XPF protein od 916 aminokiselina s molekulskom masom od oko 104.000 daltona.

Geni slični ERCC4 sa ekvivalentnim funkcijama (ortolozi) nalaze se u drugim eukariotskim genomima. Neki od najviše proučavanih genskih ortologa uključuju „RAD1“ u pupajućem kvascu Saccharomyces cerevisiae i „rad16+“ u fisijskm kvascu Schizosaccharomyces pombe.

Protein

[uredi | uredi izvor]
Slika 1: Dijagram XPF-a koji prikazuje neaktivni helikazni domen, domen nukleaze i domen heliks-ukosnica-heliks

Po jedna molekula ERCC1 i XPF se vežu zajedno, formirajući ERCC1-XPF heterodimer koji je aktivni nukleazni oblik enzima. U ERCC1–XPF heterodimeru, ERCC1 posreduje u interakcijama DNK- i protein-protein. XPF osigurava aktivno mjesto endonukleaze i uključen je u vezivanje DNK i dodatne interakcije protein-protein.[8]

ERCC4/XPF protein se sastoji od dva konzervirana područja odvojena manje konzerviranim regionom u sredini. N-terminalno područje ima homologiju s nekoliko konzerviranih domena DNK-helikaza koje pripadaju natporodici II, iako XPF nije DNK helikaza.[11] C-terminalni region XPF-a uključuje ostatke aktivnog mesta za aktivnost nukleaze.[12] (slika 1).

Većina ERCC1 proteina je povezana na nivou sekvence sa C-terminalom XPF proteina.,[13] ali ostaci u domenu nukleaze nisu prisutni. DNK-vezujući "heliks-ukosnica-heliks" domen na C-terminalu svakog proteina.

Po primarnoj sekvenci i strukturnoj sličnosti proteina, ERCC1-XPF nukleaza je član šire porodice strukturno specifičnih DNK-nukleaza koje se sastoje od po dvije podjedinice. Takve nukleaze uključuju, na primjer, nukleazu MUS81-EME1.

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 916 aminokiselina, a molekulska težina 104.486 Da.[6]

1020304050
MESGQPARRIAMAPLLEYERQLVLELLDTDGLVVCARGLGADRLLYHFLQ
LHCHPACLVLVLNTQPAEEEYFINQLKIEGVEHLPRRVTNEITSNSRYEV
YTQGGVIFATSRILVVDFLTDRIPSDLITGILVYRAHRIIESCQEAFILR
LFRQKNKRGFIKAFTDNAVAFDTGFCHVERVMRNLFVRKLYLWPRFHVAV
NSFLEQHKPEVVEIHVSMTPTMLAIQTAILDILNACLKELKCHNPSLEVE
DLSLENAIGKPFDKTIRHYLDPLWHQLGAKTKSLVQDLKILRTLLQYLSQ
YDCVTFLNLLESLRATEKAFGQNSGWLFLDSSTSMFINARARVYHLPDAK
MSKKEKISEKMEIKEGEETKKELVLESNPKWEALTEVLKEIEAENKESEA
LGGPGQVLICASDDRTCSQLRDYITLGAEAFLLRLYRKTFEKDSKAEEVW
MKFRKEDSSKRIRKSHKRPKDPQNKERASTKERTLKKKKRKLTLTQMVGK
PEELEEEGDVEEGYRREISSSPESCPEEIKHEEFDVNLSSDAAFGILKEP
LTIIHPLLGCSDPYALTRVLHEVEPRYVVLYDAELTFVRQLEIYRASRPG
KPLRVYFLIYGGSTEEQRYLTALRKEKEAFEKLIREKASMVVPEEREGRD
ETNLDLVRGTASADVSTDTRKAGGQEQNGTQQSIVVDMREFRSELPSLIH
RRGIDIEPVTLEVGDYILTPEMCVERKSISDLIGSLNNGRLYSQCISMSR
YYKRPVLLIEFDPSKPFSLTSRGALFQEISSNDISSKLTLLTLHFPRLRI
LWCPSPHATAELFEELKQSKPQPDAATALAITADSETLPESEKYNPGPQD
FLLKMPGVNAKNCRSLMHHVKNIAELAALSQDELTSILGNAANAKQLYDF
IHTSFAEVVSKGKGKK

Strukturno-specifična nukleaza

[uredi | uredi izvor]
Slika 2: DNK supstrati ERCC1-XPF nukleaze

ERCC1–XPF kompleks je strukturno specifična endonukleaza. ERCC1-XPF ne siječe DNK koja je isključivo jednolančana ili dvolančana, ali cijepa fosfodiestersku kičmu DNK, posebno na spojevima između dvolančane i jednolančane DNK. Uvodi rez u dvolančanu DNK na 5′ strani takvog spoja, udaljenog oko dva nukleotida[14] (slika 2). Ova specifičnost strukture prvobitno je pokazana za RAD10-RAD1, ortologe kvasca ERCC1 i XPF.[15]

Hidrofobni motivi heliks–ukosnica–heliks u C-terminalnim regijama ERCC1 i XPF međusobno djeluju kako bi promovirali dimerizaciju dva proteina.[16][17] Nema katalitske aktivnosti u odsustvu dimerizacije. Zaista, iako je katalitski domen unutar XPF-a i ERCC1 je katalitski neaktivan, ERCC1 je neophodan za aktivnost kompleksa.

Predloženo je nekoliko modela za vezivanje ERCC1–XPF za DNK, na osnovu parcijalnih struktura relevantnih proteinskih fragmenata pri atomskoj rezoluciji.[16] Vezivanje DNK posredovano domenima heliks-ukosnica-heliks domena ERCC1 i XPF pozicionira heterodimer na spoju između dvolančane i jednolančane DNK.

Popravak ekscizijom nukleotida (NER)

[uredi | uredi izvor]

Tokom popravka ekscizijom nukleotida, nekoliko proteinskih kompleksa sarađuje kako bi prepoznali oštećenu DNK i lokalno odvojili spiralu DNK na kratku udaljenost s obje strane mjesta oštećenja DNK. ERCC1–XPF-nukleaza urezuje oštećeni lanac DNK na 5′ strani lezije.[14] Tokom NER-a, ERCC1 protein stupa u interakciju sa XPA proteinom, kako bi koordinirao DNK i vezivanje proteina.

Popravak dvostrukog lanca DNK (DSB)

[uredi | uredi izvor]

Ćelije sisara sa mutiranim ERCC1–XPF umjereno su osjetljivije od normalnih ćelija na agense (kao što je ionizirajuće zračenje) koji uzrokuju dvolančane lomove u DNK.[18][19] Određeni putevi i popravke homologne rekombinacije i nehomolognog spajanja kraja oslanjaju se na funkciju ERCC1-XPF.[20][21] Relevantna aktivnost ERCC1–XPF za oba tipa popravke dvolančanog prekida je sposobnost uklanjanja nehomolognih 3′ jednolančanih repova sa krajeva DNK prije ponovnog spajanja. Ova aktivnost je potrebna tokom podputa homologne rekombinacije jednolančanog izduživanja. Podrezivanje jednolančanih repova od 3’ je također potrebno u mehanički različitom podputu nehomolognog spajanja krajeva, neovisno o Ku-proteinima.[19][22] Homologna integracija DNK, važna tehnika za genetičku manipulaciju, ovisi o funkciji ERCC1-XPF u ćeliji domaćinu.[23]

Popravak međunitnih poprečnih veza

[uredi | uredi izvor]

Ćelije sisara koje nose mutacije u ERCC1 ili XPF posebno su osjetljive na agense koji uzrokuju međulančane umrežavanje DNK (ICL)[24] Međulančane umrežene veze blokiraju napredovanje replikacija DNK, a strukture na blokiranim viljuškama replikacije DNK obezbjeđuju supstrate za cijepanje pomoću ERCC1-XPF.[20][25] Incizije se mogu napraviti sa obe strane ukrštene veze na jednom lancu DNK, kako bi se poprečna veza otkačila i započela popravka. Alternativno, dvolančani prekid može biti napravljen u DNK u blizini ICL-a, a naknadna popravkahomologne rekombinacije uključuje djelovanje ERCC1-XPF. Iako nije jedina uključena nukleaza, ERCC1–XPF je neophodan za popravak ICL-a tokom nekoliko faza ćelijskog ciklusa.[26][27]

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

Xeroderma pigmentosum (XP)

[uredi | uredi izvor]

Neke osobe s rijetkim nasljednim sindromom xeroderma pigmentosum imaju mutacije u ERCC4. Ovi pacijenti su klasifikovani kao XP komplementaciona grupa F (XP-F). Dijagnostičke karakteristike XP-a su suha ljuskava koža, abnormalna pigmentacija kože na područjima izloženim suncu i teška fotosenzibilnost, praćena velikim od 1.000 puta povećanim rizikom od razvoja karcinoma kože izazvanog UV-zračenjem.[5]

Cockayneov sindrom (CS)

[uredi | uredi izvor]

|Većina pacijenata s XP-F pokazuje umjerene simptome XP-a, ali nekoliko pokazuje dodatne simptome Cockayneovog sindroma.[28] Pacijenti s Cockayneovim sindromom (CS) pokazuju fotosenzitivnost, a također imaju razvojne nedostatke i neurološke simptome.[5][7]

Mutacije u genu ERCC4 mogu rezultirati vrlo rijetkim XF-E sindromom.[29] Ovi pacijenti imaju karakteristike XP i CS, kao i dodatne neurološke, hepatobilijarne, muskuloskeletne i hematopoetske simptome.

Fanconijeva anemija

[uredi | uredi izvor]

Nekoliko ljudi sa simptomima Fanconijeve anemije(FA) ima uzročne mutacije u ERCC4 genu. Fanconijeva anemija je složena bolest koja uključuje glavne hematopoetske simptome. Karakteristična oznaka FA je preosjetljivost na agense koji uzrokuju umrežavanje međulančanih DNK. FA pacijenti sa ERCC4 mutacijama klasifikovani su kao pripadnici Fanconijeve anemije komplementarne grupe Q (FANCQ).[28][30]

ERCC4 (XPF) u normalnom debelom crijevu

[uredi | uredi izvor]
Uzastopni dijelovi istih kripta debelog crijeva sa imunohistohemijskim bojenjem (smeđe) pokazujući normalnu visoku ekspresiju proteina za popravci DNK PMS2 (A), ERCC1 (B) i ERCC4 (XPF) (C). Ova kripta je iz biopsije 58-godišnjeg muškog pacijenta koji nikada nije imao neoplazije i kripta ima visoku ekspresiju ovih proteina za popravku DNK u apsorptivnim ćelijskim jedrima kroz veći dio kripte. Imajte na umu da su ekspresija PMS2 i ERCC4 (XPF) (na panelima A i C) svaka smanjena ili odsutna u jedru ćelija na vrhu kripte i unutar površine debelog crijeva lumenu između kripta. Originalna slika, također u publikaciji.[31]

ERCC4 (XPF) je normalno eksprimiran na visokom nivou u ćeliji jedrima unutar unutrašnje površine debelog crijeva (pogledajte sliku, panel C). Unutrašnja površina debelog crijeva obložena je jednostavnim stubastim epitelom sa invaginacijama. Invaginacije se nazivaju crijevne žlijezde ili kripte debelog crijeva. Kripte debelog crijeva su oblikovane kao mikroskopske epruvete sa debelim zidovima sa centralnom rupom niz dužinu epruvete (kripta lumena). Kripte su dugačke oko 75 do 110 ćelija. Popravka DNK, koja uključuje visoku ekspresiju ERCC4 (XPF), PMS2 i ERCC1 proteina, izgleda da je vrlo aktivna u kriptama debelog crijeva u normalnom epitelu debelog crijeva koji nije neoplazijaski.

Ćelije se stvaraju u bazi kripte i migriraju prema gore duž ose kripte prije nego što se prebace u lumen debelog crijeva dan kasnije.[32] U bazama kripti postoji 5 do 6 matičnih ćelija.[32] Postoji oko 10 miliona kripti duž unutrašnje površine prosečnog ljudskog debelog crijeva.[31] Ako matične ćelije u bazi kripte eksprimiraju ERCC4 (XPF), općenito će svih nekoliko hiljada ćelija kripte također eksprimirati ERCC4 (XPF). Ovo je naznačeno smeđom bojom koja se vidi imunobojanjem ERCC4 (XPF) u skoro svim ćelijama u kripti na panelu C slike u ovom odeljku. Slična ekspresija PMS2 i ERCC1 javlja se u hiljadama ćelija u svakoj normalnoj kripti debelog creva.

Odsječak tkiva na slici prikazanoj ovdje također je kontrabojenjem obojen hematoksilinom, kako bi se DNK u jedrima obojila u plavo-sivu boju. Ćelijska jedra u lamina propria, ćelije koje se nalaze ispod i okružuju epitelne kripte, hematoksilinom uglavnom pokazuju plavo-sivu boju i imaju malu ekspresiju PMS2, ERCC1 ili ERCC4 (XPF). Osim toga, ćelije na samim vrhovima kripti obojene na PMS2 (panel A) ili ERCC4 (XPF) (panel C) imaju niske razine ovih proteina za popravku DNK, tako da takve ćelije također pokazuju plavo-sivu boju DNK.[31]

ERCC4 (XPF) nedostatak u epitelu debelom crijevu u blizini i unutar karcinoma

[uredi | uredi izvor]
Uzastopni dijelovi segmenta epitela debelog crijeva u blizini kolorektumskog karcinoma koji pokazuju smanjenu ili odsutnu ekspresiju PMS2 (A), ERCC1 (B) i ERCC4 (C) u kriptama debelog crijeva. Ovaj segment tkiva je iz histološki normalnog područja resekcije debelog crijeva muškog pacijenta koji je imao adenokarcinom u sigmoidnom kolonu. Za PMS2 (A), izostaje ekspresija u ćelijskim jedrima tijela kripte, vrata kripte i površine lumena za sve epitelne ćelije. Za ERCC1 (B), postoji smanjena ekspresija u većini ćelijskih jedara u kriptama, ali postoji visoka ekspresija u ćelijskim jedrima na vratu kripti i na susjednoj površini lumena debelog crijeva . Za ERCC4 (XPF) (C), odsutna je ekspresija u većini ćelijskih jedara kripti i u lumenu debelog crijeva u ovoj oblasti tkiva, ali je vidljiva ekspresija na vratu nekih kripti. Čini se da je smanjenje ili izostanak ekspresije ovih gena za popravak DNK u ovom tkivu posljedica epigenetičke represije.[31] Originalna slika, također u publikaciji.[31]

ERCC4 (XPF) je deficitaran u oko 55% karcinoma debelog crijeva i u oko 40% kripti debelog crijeva u epitelu unutar 10 cm u blizini karcinoma (u defektima polja iz kojih su karcinomi vjerovatno nastali).[31] Kada je ERCC4 (XPF) smanjen u kriptama debelog crijeva u defektu polja, to je najčešće povezano sa smanjenom ekspresijom enzima za popravak DNK ERCC1 i PMS2, kao što je ilustrovano u slika u ovom odeljku. Čini se da su nedostaci ERCC1 (XPF) u epitelu debelog crijeva posljedica epigenetičkog potiskivanja.[31] Nedostatak ERCC4 (XPF) bi doveo do smanjene popravke oštećenja DNK. Kao što ukazuju Harper i Elledge,[33] defekti u sposobnosti pravilnog reagovanja i popravljanja oštećenja DNK leže u osnovi mnogih oblika raka. Česta epigenetička redukcija ERCC4 (XPF) kod defekta polja koji okružuju karcinom debelog crijeva, kao i kod karcinoma (zajedno sa epigenetičkim smanjenjem ERCC1 i PMS2) ukazuje da takva smanjenja često mogu imati centralnu ulogu u progresiji do raka debelog crijeva.

Iako je epigenetičko smanjenje ekspresije ERCC4 (XPF) često kod karcinoma debelog crijeva kod ljudi, mutacije u ERCC4 (XPF) su rijetke kod ljudi.[34] However, a mutation in ERCC4 (XPF) causes patients to be prone to skin cancer.[34] Čini se da je naslijeđeni polimorfizam u ERCC4 (XPF) važan i kod raka dojke.[35] Ove rijetke mutacijske promjene naglašavaju vjerovatnu ulogu nedostatka ERCC4 (XPF) u progresiji do raka.

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000175595 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000022545 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c Friedberg EC, Walker GC, Siede W, Wood RD, Schultz RA, Ellenberger T (2006). DNA Repair and Mutagenesis. ASM Press. ISBN 978-1555813192.
  6. ^ a b "Entrez Gene: ERCC4 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 4".
  7. ^ a b Gregg SQ, Robinson AR, Niedernhofer LJ (Jul 2011). "Physiological consequences of defects in ERCC1-XPF DNA repair endonuclease". DNA Repair. 10 (7): 781–91. doi:10.1016/j.dnarep.2011.04.026. PMC 3139823. PMID 21612988.
  8. ^ a b Westerveld A, Hoeijmakers JH, van Duin M, de Wit J, Odijk H, Pastink A, Wood RD, Bootsma D (1984). "Molecular cloning of a human DNA repair gene". Nature. 310 (5976): 425–9. Bibcode:1984Natur.310..425W. doi:10.1038/310425a0. PMID 6462228. S2CID 4336902.
  9. ^ Busch D, Greiner C, Lewis K, Ford R, Adair G, Thompson L (Sep 1989). "Summary of complementation groups of UV-sensitive CHO cell mutants isolated by large-scale screening". Mutagenesis. 4 (5): 349–54. doi:10.1093/mutage/4.5.349. PMID 2687628.
  10. ^ Brookman KW, Lamerdin JE, Thelen MP, Hwang M, Reardon JT, Sancar A, Zhou ZQ, Walter CA, Parris CN, Thompson LH (Nov 1996). "ERCC4 (XPF) encodes a human nucleotide excision repair protein with eukaryotic recombination homologs". Molecular and Cellular Biology. 16 (11): 6553–62. doi:10.1128/mcb.16.11.6553. PMC 231657. PMID 8887684.
  11. ^ Sgouros J, Gaillard PH, Wood RD (Mar 1999). "A relationship between a DNA-repair/recombination nuclease family and archaeal helicases". Trends in Biochemical Sciences. 24 (3): 95–7. doi:10.1016/s0968-0004(99)01355-9. PMID 10203755.
  12. ^ Enzlin JH, Schärer OD (Apr 2002). "The active site of the DNA repair endonuclease XPF-ERCC1 forms a highly conserved nuclease motif". The EMBO Journal. 21 (8): 2045–53. doi:10.1093/emboj/21.8.2045. PMC 125967. PMID 11953324.
  13. ^ Gaillard PH, Wood RD (Feb 2001). "Activity of individual ERCC1 and XPF subunits in DNA nucleotide excision repair". Nucleic Acids Research. 29 (4): 872–9. doi:10.1093/nar/29.4.872. PMC 29621. PMID 11160918.
  14. ^ a b Sijbers AM, de Laat WL, Ariza RR, Biggerstaff M, Wei YF, Moggs JG, Carter KC, Shell BK, Evans E, de Jong MC, Rademakers S, de Rooij J, Jaspers NG, Hoeijmakers JH, Wood RD (Sep 1996). "Xeroderma pigmentosum group F caused by a defect in a structure-specific DNA repair endonuclease". Cell. 86 (5): 811–22. doi:10.1016/s0092-8674(00)80155-5. hdl:1765/3110. PMID 8797827. S2CID 12957716.
  15. ^ Bardwell AJ, Bardwell L, Tomkinson AE, Friedberg EC (Sep 1994). "Specific cleavage of model recombination and repair intermediates by the yeast Rad1-Rad10 DNA endonuclease". Science. 265 (5181): 2082–5. Bibcode:1994Sci...265.2082B. doi:10.1126/science.8091230. PMID 8091230.
  16. ^ a b Tripsianes K, Folkers G, Ab E, Das D, Odijk H, Jaspers NG, Hoeijmakers JH, Kaptein R, Boelens R (decembar 2005). "The structure of the human ERCC1/XPF interaction domains reveals a complementary role for the two proteins in nucleotide excision repair". Structure. 13 (12): 1849–1858. doi:10.1016/j.str.2005.08.014. hdl:1874/14818. ISSN 1633-8413. PMID 16338413. S2CID 23146316.
  17. ^ Faridounnia M, Wienk H, Kovačič L, Folkers GE, Jaspers NG, Kaptein R, Hoeijmakers JH, Boelens R (august 2015). "The Cerebro-oculo-facio-skeletal Syndrome Point Mutation F231L in the ERCC1 DNA Repair Protein Causes Dissociation of the ERCC1-XPF Complex". J Biol Chem. 290 (33): 20541–20555. doi:10.1074/jbc.M114.635169. ISSN 1083-351X. PMC 4536458. PMID 26085086.
  18. ^ Wood RD, Burki HJ, Hughes M, Poley A (Feb 1983). "Radiation-induced lethality and mutation in a repair-deficient CHO cell line". International Journal of Radiation Biology and Related Studies in Physics, Chemistry, and Medicine. 43 (2): 207–13. doi:10.1080/09553008314550241. PMID 6600735.
  19. ^ a b Ahmad A, Robinson AR, Duensing A, van Drunen E, Beverloo HB, Weisberg DB, Hasty P, Hoeijmakers JH, Niedernhofer LJ (Aug 2008). "ERCC1-XPF endonuclease facilitates DNA double-strand break repair". Molecular and Cellular Biology. 28 (16): 5082–92. doi:10.1128/MCB.00293-08. PMC 2519706. PMID 18541667.
  20. ^ a b Sargent RG, Rolig RL, Kilburn AE, Adair GM, Wilson JH, Nairn RS (Nov 1997). "Recombination-dependent deletion formation in mammalian cells deficient in the nucleotide excision repair gene ERCC1". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 94 (24): 13122–7. Bibcode:1997PNAS...9413122S. doi:10.1073/pnas.94.24.13122. PMC 24273. PMID 9371810.
  21. ^ Al-Minawi AZ, Saleh-Gohari N, Helleday T (Jan 2008). "The ERCC1/XPF endonuclease is required for efficient single-strand annealing and gene conversion in mammalian cells". Nucleic Acids Research. 36 (1): 1–9. doi:10.1093/nar/gkm888. PMC 2248766. PMID 17962301.
  22. ^ Bennardo N, Cheng A, Huang N, Stark JM (Jun 2008). "Alternative-NHEJ is a mechanistically distinct pathway of mammalian chromosome break repair". PLOS Genetics. 4 (6): e1000110. doi:10.1371/journal.pgen.1000110. PMC 2430616. PMID 18584027.
  23. ^ Niedernhofer LJ, Essers J, Weeda G, Beverloo B, de Wit J, Muijtjens M, Odijk H, Hoeijmakers JH, Kanaar R (Nov 2001). "The structure-specific endonuclease Ercc1-Xpf is required for targeted gene replacement in embryonic stem cells". The EMBO Journal. 20 (22): 6540–9. doi:10.1093/emboj/20.22.6540. PMC 125716. PMID 11707424.
  24. ^ Wood RD (Jul 2010). "Mammalian nucleotide excision repair proteins and interstrand crosslink repair". Environmental and Molecular Mutagenesis. 51 (6): 520–6. doi:10.1002/em.20569. PMC 3017513. PMID 20658645.
  25. ^ Klein Douwel D, Boonen RA, Long DT, Szypowska AA, Räschle M, Walter JC, Knipscheer P (maj 2014). "XPF-ERCC1 acts in Unhooking DNA interstrand crosslinks in cooperation with FANCD2 and FANCP/SLX4". Molecular Cell. 54 (3): 460–71. doi:10.1016/j.molcel.2014.03.015. PMC 5067070. PMID 24726325.
  26. ^ Rahn JJ, Adair GM, Nairn RS (Jul 2010). "Multiple roles of ERCC1-XPF in mammalian interstrand crosslink repair". Environmental and Molecular Mutagenesis. 51 (6): 567–81. doi:10.1002/em.20583. PMID 20658648. S2CID 29240680.
  27. ^ Clauson C, Schärer OD, Niedernhofer L (Oct 2013). "Advances in understanding the complex mechanisms of DNA interstrand cross-link repair". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 5 (10): a012732. doi:10.1101/cshperspect.a012732. PMC 4123742. PMID 24086043.
  28. ^ a b Kashiyama K, Nakazawa Y, Pilz DT, Guo C, Shimada M, Sasaki K, Fawcett H, Wing JF, Lewin SO, Carr L, Li TS, Yoshiura K, Utani A, Hirano A, Yamashita S, Greenblatt D, Nardo T, Stefanini M, McGibbon D, Sarkany R, Fassihi H, Takahashi Y, Nagayama Y, Mitsutake N, Lehmann AR, Ogi T (maj 2013). "Malfunction of nuclease ERCC1-XPF results in diverse clinical manifestations and causes Cockayne syndrome, xeroderma pigmentosum, and Fanconi anemia". American Journal of Human Genetics. 92 (5): 807–19. doi:10.1016/j.ajhg.2013.04.007. PMC 3644632. PMID 23623389.
  29. ^ Niedernhofer LJ, Garinis GA, Raams A, Lalai AS, Robinson AR, Appeldoorn E, Odijk H, Oostendorp R, Ahmad A, van Leeuwen W, Theil AF, Vermeulen W, van der Horst GT, Meinecke P, Kleijer WJ, Vijg J, Jaspers NG, Hoeijmakers JH (Dec 2006). "A new progeroid syndrome reveals that genotoxic stress suppresses the somatotroph axis". Nature. 444 (7122): 1038–43. Bibcode:2006Natur.444.1038N. doi:10.1038/nature05456. PMID 17183314. S2CID 4358515.
  30. ^ Bogliolo M, Schuster B, Stoepker C, Derkunt B, Su Y, Raams A, Trujillo JP, Minguillón J, Ramírez MJ, Pujol R, Casado JA, Baños R, Rio P, Knies K, Zúñiga S, Benítez J, Bueren JA, Jaspers NG, Schärer OD, de Winter JP, Schindler D, Surrallés J (maj 2013). "Mutations in ERCC4, encoding the DNA-repair endonuclease XPF, cause Fanconi anemia". American Journal of Human Genetics. 92 (5): 800–6. doi:10.1016/j.ajhg.2013.04.002. PMC 3644630. PMID 23623386.
  31. ^ a b c d e f g Facista A, Nguyen H, Lewis C, Prasad AR, Ramsey L, Zaitlin B, Nfonsam V, Krouse RS, Bernstein H, Payne CM, Stern S, Oatman N, Banerjee B, Bernstein C (2012). "Deficient expression of DNA repair enzymes in early progression to sporadic colon cancer". Genome Integr. 3 (1): 3. doi:10.1186/2041-9414-3-3. PMC 3351028. PMID 22494821.
  32. ^ a b Baker AM, Cereser B, Melton S, Fletcher AG, Rodriguez-Justo M, Tadrous PJ, Humphries A, Elia G, McDonald SA, Wright NA, Simons BD, Jansen M, Graham TA (2014). "Quantification of crypt and stem cell evolution in the normal and neoplastic human colon". Cell Rep. 8 (4): 940–7. doi:10.1016/j.celrep.2014.07.019. PMC 4471679. PMID 25127143.
  33. ^ Harper JW, Elledge SJ (2007). "The DNA damage response: ten years after". Mol. Cell. 28 (5): 739–45. doi:10.1016/j.molcel.2007.11.015. PMID 18082599.
  34. ^ a b Gregg SQ, Robinson AR, Niedernhofer LJ (2011). "Physiological consequences of defects in ERCC1-XPF DNA repair endonuclease". DNA Repair (Amst.). 10 (7): 781–91. doi:10.1016/j.dnarep.2011.04.026. PMC 3139823. PMID 21612988.
  35. ^ Lee E, Levine EA, Franco VI, Allen GO, Gong F, Zhang Y, Hu JJ (2014). "Combined genetic and nutritional risk models of triple negative breast cancer". Nutr Cancer. 66 (6): 955–63. doi:10.1080/01635581.2014.932397. PMID 25023197. S2CID 22065506.

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=DDB1&oldid=3490578"