Pfam

Pfam
内容
有機體	全部
相關信息
研究中心	WTSI（英语：Wellcome Trust Sanger Institute）
访问入口
数据格式	Stockholm format（英语：Stockholm format）
网站	Pfam
下載地址	Pfam ftp[永久失效連結] Pfam ftp
工具
其他
许可	GNU宽通用公共许可证
可否列為書籤	yes

Pfam是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註^[1]^[2]^[3]。

特色

Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以：

查詢多重序列比對
查看蛋白質主要結構
檢視物種演化樹
連結其他資料庫
查看已知的蛋白質結構

Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。

Pfam的最新版本是「Pfam 34.0」（2021年3月，共計19,179個家族）^[4]

參見

TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
InterPro（英语：InterPro） Integration of protein domain and protein family databases
PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)^[5]^[6]

參考文獻

^ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907  . PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.
^ Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511  . PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容存档于2019-10-16）.
^ Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855  . PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容存档于2019-03-28）.
^ Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12]. ^{[永久失效連結]}
^ Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）.
^ Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341  . PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.

外部連結

Pfam －英國Sanger Institute（英语：Sanger Institute）的蛋白質家族資料庫
Pfam（页面存档备份，存于互联网档案馆）－美國珍利亞農場研究園區的蛋白質家族資料庫
Pfam（页面存档备份，存于互联网档案馆）－瑞典Stockholm Bioinformatics Centre（英语：Stockholm Bioinformatics Centre）的蛋白質家族資料庫
iPfam - Interactions of Pfam domains in PDB
PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） - Assignments of Pfam domains to sequences in the PDB at Fox Chase Cancer Center（英语：Fox Chase Cancer Center） USA

[pmid18039703-1] Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907  . PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.

[pmid16381856-2] Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511  . PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容存档于2019-10-16）.

[pmid14681378-3] Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855  . PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容存档于2019-03-28）.

[4] Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12]. ^{[永久失效連結]}

[5] Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）.

[6] Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341  . PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.

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