Pfam：修订间差异
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*[http://pfam.sanger.ac.uk Pfam] －[[英國]]{{le|Sanger Institute}}的蛋白質家族資料庫 |
*[http://webarchive.loc.gov/all/20110506030957/http%3A//pfam.sanger.ac.uk/ Pfam] －[[英國]]{{le|Sanger Institute}}的蛋白質家族資料庫 |
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*[http://pfam.janelia.org/ Pfam] －[[美國]][[珍利亞農場研究園區]]的蛋白質家族資料庫 |
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*[http://pfam.sbc.su.se/ Pfam] －[[瑞典]]{{le|Stockholm Bioinformatics Centre}}的蛋白質家族資料庫 |
*[http://pfam.sbc.su.se/ Pfam] －[[瑞典]]{{le|Stockholm Bioinformatics Centre}}的蛋白質家族資料庫 |
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2017年8月1日 (二) 05:46的版本
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| 内容 | |
| 有機體 | 全部 |
| 相關信息 | |
| 研究中心 | WTSI |
| 访问入口 | |
| 数据格式 | Stockholm format |
| 网站 | Pfam |
| 下載地址 | Pfam ftp Pfam ftp |
| 工具 | |
| 其他 | |
| 许可 | GNU宽通用公共许可证 |
| 可否列為書籤 | yes |
Pfam是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註[1][2][3]。
特色
Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以：
- 查詢多重序列比對
- 查看蛋白質主要結構
- 檢視物種演化樹
- 連結其他資料庫
- 查看已知的蛋白質結構
Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。
Pfam的最新版本是「Pfam 27.0」（2013年3月，共計14,831個家族）[4]
參見
- TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
- InterPro Integration of protein domain and protein family databases
- PDBfam — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)[5][6]
參考文獻
- ^ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907
. PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.
- ^ PMID 16381856（PMID 16381856）
本引用來源將由机器人自動扩充。您可以检查英文对应模板或手動擴充 - ^ PMID 14681378（PMID 14681378）
本引用來源將由机器人自動扩充。您可以检查英文对应模板或手動擴充 - ^ Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12].
- ^ Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013].
- ^ Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341
外部連結
- Pfam －英國Sanger Institute的蛋白質家族資料庫
- Pfam －美國珍利亞農場研究園區的蛋白質家族資料庫
- Pfam －瑞典Stockholm Bioinformatics Centre的蛋白質家族資料庫
- iPfam - Interactions of Pfam domains in PDB
- PDBfam - Assignments of Pfam domains to sequences in the PDB at Fox Chase Cancer Center USA