创建时期 北京大学化学系的前身是京师大学堂格致科化学门，1910年首次招生。1911年武昌起义爆发，京师大学堂停办，后改名北京大学。1913年化学门重新招生，1918年有首届毕业生7名。它是中国国立大学中成立最早的化学系。教授多为外国人。1917年蔡元培来北大主持工作，进行改革。俞同奎、丁绪贤、任鸿隽、吴匡时、王兼善、陈世璋等先后来此任教。1919年废门改系。第一任化学系主任是俞同奎，他是京师大学堂1902 年入学的首届学生，后去英国利物浦大学获硕士学位。1920年他调往北京工业专科学校去当校长，主任由王星拱接替。

　　1923-1924学年化学系开设有普通化学、有机化学、定性分析、定量分析、物理化学，高等无机、高等分析、高等有机、高等物化、应用化学、化学工程、胶体化学、电化学、 化学史等21门课。1929年2月, 王星拱任理学院院长, 化学系主任由丁绪贤继任。

　　中兴时期 1930年冬，蒋梦麟继任北京大学校长，在胡适的支持下，争取留学生回国任教，并按照美国大学模式改革北大。1931年刘树杞到校任理学院院长，曾昭抡任化学系主任。在1932-1936 年间，在系任教的还有李麟玉、胡壮猷、赵学海、刘云浦、钱思亮、孙承锷、张贻伺、朱汝华、李续祖等。清华大学高崇熙、黄子卿也来兼课。当时，化学系重视基础，不强调专门化，严格考试制度，规定毕业论文必修，教材多用英文教科书，德文必修，研究工作开始起步。曾昭抡关注国家安危, 将炸药化学、军事化学列入教学计划。曾昭抡估计，当时的化学系设备条件已经达到欧美二流大学水平，教师研究积极性超过欧美大学，比起10年前有了较大提高。那时，归国留学生积极组织学术团体，1932年组建了中国化学会， 1934年出版了《中国化学会会志》，化学系同人都积极参与。

　　抗战时期 北大于1937年10月迁校并与清华、南开联合组成长沙临时大学，后又迁往昆明，组成国立西南联合大学，途中师生徒步3000里，历时68 天。联大化学系由南开大学杨石先任主任，杨出国期间由黄子卿代理。联大化学系集北方化学界中之精英，有教师42名，其中教授13名，讲师4名，助教25名。教授中有北大的曾昭抡、孙承谔、 刘云浦、钱思亮、朱汝华， 清华的张子高、高崇熙、黄子卿、张大煜、张青莲、苏国桢和南开的杨石先、邱崇岳。在仪器药品极度缺乏，无自来水，煤气的条件下，师生共同克服困难，使教学实验得以维持，在不得已的情况下尽量给学生多开些课。在这样恶劣的条件下，依然成长出一批批优秀人才。

　　胜利之后 1945年8月15日抗战胜利，次年5月西南联大的三校分别复原。北大于1946年10 月迁回北平。化学系主任仍由曾昭抡担任，在曾赴美考察期间由钱思亮代理。抗战期间, 沦陷区的北大校址仍在招收学生，实验室仍在使用，药品、仪器和藏书被保存下来。复原后的化学系除曾昭抡、钱思亮、孙承锷外，又增加了袁翰青、马祖圣、邢其毅、蒋明谦、 张龙翔等。清华大学黄子卿、高崇熙、张青莲、严仁荫、曹本熹等仍来北大兼课。尽管政局动荡，学生学习气氛仍然浓厚。

　　解放前夕 钱思亮、马祖圣离开大陆。后曾昭抡又调任教育部副部长, 袁翰青调任科普领导工作。此间，唐敖庆、徐光宪、田曰灵、高小霞等相继回国。

　　院系调整至“文化大革命” 1952年秋全国范围进行院系调整。调整后的北大化学系是由原北京大学、清华大学和燕京大学三校的化学系重组而成。来自北大的有孙承谔、邢其毅、徐光宪、田曰灵、高小霞等；来自清华的有黄子卿、张青莲、严仁荫、冯新德，唐有祺等；来自燕大的有张滂、白和懿;、朱起鹤、师树简等，由孙承谔任系主任。

　　1952-1966年间化学系年招生数都在 200人以上，比院系调整前三校化学系年招生数总和还多几倍，而且学生人数波动很大，教师人数也大幅度增长。学习苏联是当时的方针。培养目标是造就化学专家，因此强调专门教育。建立的专门方向先后有无机化学、有机化学、分析化学、物理化学、稳定同位素化学、胶体化学、高分子化学、催化等。学制从4年延长到5年（1955年入学），6年（1956年），再减至5年（1962年）。化学系党组织的主要负责人先后是叶于浦、李琬、戴乾圜、文重、王效挺(王孝庭)，副系主任有文重、卢锡锟、严仁荫、徐振亚等。

　　调整前的三校化学系都已经在培养研究生。调整后，又兼顾研究生和进修生的培养，扩大规模，为北大自己和兄弟院校培养出大批人才，尔后成为中国化学界的学术骨干。1955年, 黄子卿、傅鹰、张青莲受聘为首届中国科学院学部委员后称院士。

　　1957年夏开始了众所周知的一系列政治运动。化学系持续了几年的良好发展势头受到挫折。许多能向党坦诚相见的师生,，受到不公正的对待，成为批判对象，直到1962年情况才有所扭转。

　　1962年的广州会议为知识分子“脱帽加冕”，又给人们带来希望。次年教育部批准在北大建立以黄子卿、傅鹰为首，包括溶液化学和胶体化学在内的物理化学研究室，科研条件略有改善。还酝酿建立以唐有祺为首的物质结构研究基地。1962-1965年期间是继1952-1956年后的又一个相对安定时期。重大成果是人工全合成牛胰岛素。这个课题原来是以“群众运动”方式进行的，后因学校转入正常教学状态而中断。 1964年化学系派遣6名教师、研究生，在邢其毅、文重率领下到上海，与中国科学院有机化学研究所及生物化学研究所合作于1965秋完成，后获全国自然科学一等奖。

　　“文化大革命”期间 但好景不长，“文化大革命”的狂飙突然袭来，给化学系带来巨大破坏。许多教师被诬为“反动学术权威”，许多干部被打成“走资派”，许多归国教授以莫须有的罪名被疑为“特嫌”，隔离审查。

　　1969化学系的教职工，有的留校办厂；有的到东方红炼油厂“开门办学”；有的到江西鲤鱼洲和德安下放劳动，教师业务荒疏，进一步拉大与国际水平的差距。 1970年“工农兵学员”进入校。他们的多数渴望学习，尊重教师，有较强的工作能力，以后有所成就，也是化学系在困难年代为国家培养出来有用之才。但整体讲来，极“左”的教育路线对化学系的打击是严重的。 

　　文革期间，基础研究受到了受到极大抑制。为了装璜门面，个别基础研究项目还勉强维持，如猪胰岛素的结构测定。这个课题是由化学系、生物系以及中国科学院物理所和生物物理所协作进行，于1974年完成，以后获全国自然科学二等奖。

　　“拨乱反正”与改革开放 1978年党的十一届三中全会开始拨乱反正， 化学系进入又一个中兴时期。当年5月张青莲被任命为“文革”后第一任系主任，孙亦梁、张榕森、徐筱杰、赵新生、林建华陆续接任，至今已过22年。这是化学系建系90年来持续稳定时间最长的时期，对发展有利。1994年化学系更名化学与分子工程学院。

　　拨乱反正提高了入学学生水平，学制恢复到四年，培养目标不再强调专门化，实行了学位授予制度，改变以往攻读多年而无学位的做法，扩大了博士生导师队伍和研究生培养规模，等等。化学系先后由国务院学位委员会评出博士生导师33名，学校自评29名。5个二级化学学科都被批准为博士点并都设有博士后流动站。扩大了国际学术交流，几乎所有教授、副教授都有机会参加国际学术交流活动，经常接待来访的外国同行。进入SCI 的论文数在全校兄弟系科当中以及兄弟大学化学系当中都处在前列 。酝酿已久的物理化学研究所在1983年正式成立。后又陆续增设了稀土化学研究中心、分析测试中心，分子动态与稳态结构国家重点实验室、稀土材料化学及应用国家重点实验室和生物有机分子工程教育部重点实验室等机构。争取到许多大的科研项目，获得国家和世界银行贷款约四百万美元，添置了许多大型仪器，扭转了长期存在的仪器设备严重落后的局面。建筑面积 20,800 平方米的化学大楼1989年起投入使用。

　　积极实行人员流动政策。大批经验丰富的教师、干部支援外校、外单位，近80名具有博士学位的国内外优秀人才吸收进来。人员构成比例失调的矛盾有所缓解。恢复了停顿15年的职称评定工作。增设并发挥了系学术委员和系学位委员会的作用。

　　22年来科研取得显著进展，获得全国科学大会奖14项，国家自然科学奖及科技进步奖8项，国家教委等部级科技奖43项， 共计65项。邢其毅、冯新德、高小霞、徐光宪、唐有祺、张滂、黎乐民、周其凤先后被增选为中国科学院院士。聘请了赵新生、刘忠范、严纯华等为“长江学者”。根据中国国情和化学学科的特点，坚持基础研究和应用研究并重, 理论与实际结合，重视技术开发工作。

　　结语 90年来，北京大学化学系为国家培养了大批化学专业人才，本科毕业生约7000名，研究生约1600名, 其中博士生400多名。 他们在祖国的各条战线上起着骨干和领导作用。在化学系执教的现有和已故的中科院学部委员（院士）共有13位。许多曾在北大化学系工作或为化学系毕业生以及兼有两种身份的人未计算在内。还有一批化学系毕业生已经在国外著名大学担任教授职务。 北大化学系同仁一贯重视向全国和北京的同行学习，取长补短，共同进步。化学系师生积极参加中国化学会所组织的各项活动，担任中国化学会的领导和组织工作，参加期刊编辑出版工作，承办《物理化学学报》和《大学化学》和接受委托成立了“高等学校化学教育研究中心”。  北大化学系经过了光辉曲折的历程，一代代学人, 无论在任何情况下, 都能以对祖国前途的高度责任感以及对子孙后代极端负责精神，全心全意，任劳任怨，无私奉献。（徐振亚、孙亦梁、林建华 写于2000年）