Pod koniec 2019 roku pion śledczy Instytutu Pamięci Narodowej złożył zażalenie na wyrok Sądu Okręgowego. Według historyków IPN czyny opisane w sprawie kwalifikowały się jako zbrodnia przeciwko ludzkości, ponieważ wymierzone były nie tylko w duchownego, ale całą opozycję antykomunistyczną - więc sprawa nie powinna ulegać przedawnieniu.
W sprawie prowokacji wobec księdza Popiełuszki oskarżonych było trzech dawnych funkcjonariuszy Służb Bezpieczeństwa PRL z Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Jak podaje WP.pl sędzia Zbigniew Kapiński w ten sposób uzasadniał decyzję Sądu Administracyjnego:
Prokurator w zażaleniu nie wskazuje w żaden sposób i wprost, żeby był przypadek jakikolwiek w prawie międzynarodowym, żeby tego rodzaju jednorazowe zachowanie przez jakikolwiek sąd w innym kraju zostało uznane za zbrodnię przeciwko ludzkości. W związku z tym sąd apelacyjny uznał, że podniesione w zażaleniu zarzuty nie są zasadne.
Umorzona sprawa dotyczyła prowokacji z 1983 roku, kiedy Służby Bezpieczeństwa podrzuciły do mieszkania księdza Popiełuszki amunicję, materiały wybuchowe oraz ulotki i czasopisma zakazane przez władze PRL. Sfabrykowane dowody były wtedy podstawą do wszczęcia postępowania karnego przeciwko duchownemu.