DNA-DNA hibridizasyon

DNA-DNA hibridizasyon, genellikle moleküler biyolojide DNA havuzlarındaki sıraların genetik olarak benzerliklerini ölçmek için kullanılan bir tekniktir.

Hibridizasyon yöntemini anlatan bir idiogram

Genellikle, iki tür arasındaki genetik uzaklığın bulunmasında kullanılır. Ne zaman birkaç tür bu yolla kıyaslansa, benzerlik değerleriyle filogenetik ağaçta yer almalarına izin verir, moleküler sistematikten daha doğru olan bir yöntem günümüzde görülmemektedir.

Charles Sibley ve Jon Alqhuist, tekniğin yapımcıları, DNA-DNA hibridizasyonunu, kuşlar ve primatlar arasındaki filogenetik akrabalıkları sınıflandırmada kullanmışlardır.^[1]^[2]

Eleştirmenler, tekniğin yakın türlerin akrabalık kıyaslamalarında tam olarak doğru işleyemediğini, doğru dizilerin sıraları arasındaki farklılıkların, bir canlının genomuyla yapılan mantıksız sıralarla, hibridizasyon tarafından baskılandığını savunmuşlardır.^[3] DNA sıraları ve dizilerin kıyaslanması, artık günümüzde mikrobiyolojide bakterilerin tanımlanmasında bile kullanılan bir tekniktir.^[4]

Yöntem

Yöntem, Sibley ve Ahlquist tarafından geliştirilmiş, örneğin eritilip, tekrar kendini eşlemesi ve bu şekilde çoğaltımı sağlayan bir tekniktir.^[5] Yöntemde, iki türün DNA'sı çıkarılır, parçalar küçük baz çiftlerine kesilir, arındırılır sonra kıyaslanabilir. İşaretlenmiş canlı DNA'sı, karıştırılıp, karşısına gelen işaretlenmemiş DNA ile eşleştirilir. Karışımın inkübasyonu, DNA zincirlerinin ayrılıp tekrar birleşmelerine ve hibrit çift zincirli DNA moleküllerinin oluşmasına olanak tanır.

Birbirlerine yüksek oranda benzeyen hibrit sıralar, daha kuvvetli bağlanırlar ve onları ayırmak için daha çok enerjiye gerek duyulur, örneğin; farklı zincirler yüksek sıcaklıklarda ısıtıldıkları zaman, "DNA erimesi" olarak bilinir ve ayrılırlar.

Hibrit DNA'nın profilinin anlanması için, çift zincirli DNA diziler ve karışım küçük adımlarla ısıtılır. Her adımda artıklar yıkanır, eritilen diziler tek zincirli ve artıklarından arınmış hale gelir. Sonuçlar, canlılar arasındanki benzerliklerin anlaşılmasında kullanılır.

Ayrıca bakınız

Kaynakça

^ "Genetic Similarities: Wilson, Sarich, Sibley, and Ahlquist". 16 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007.
^ Sibley, C. G.; Ahlquist, J. E. (1984). "The Phylogeny of the Hominoid Primates, as Indicated by DNA-DNA Hybridization". Journal of Molecular Evolution. Cilt 20. ss. 2-15.
^ "DNA hybridization in the apes -- Technical issues". 9 Mayıs 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007.
^ S.S. Socransky, A.D. Haffajee, C. Smith, L. Martin, J.A. Haffajee, N.G. Uzel, J. M. Goodson (2004). "Use of checkerboard DNA–DNA hybridization to study complex microbial ecosystems". Oral Microbiology and Immunology. 19 (6). ss. 352-362.
^ "THE DNA-DNA HYBRIDIZATION TECHNIQUE: Methods and discussions about groups, by Dr. Charles G. Sibley". 29 Ocak 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007.

Graur, D. & Li, W-H. 1991 (2nd ed. 1999). Fundamentals of Molecular Evolution. (a good text on these topics)

[1] "Genetic Similarities: Wilson, Sarich, Sibley, and Ahlquist". 16 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007.

[2] Sibley, C. G.; Ahlquist, J. E. (1984). "The Phylogeny of the Hominoid Primates, as Indicated by DNA-DNA Hybridization". Journal of Molecular Evolution. Cilt 20. ss. 2-15.

[3] "DNA hybridization in the apes -- Technical issues". 9 Mayıs 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007.

[4] S.S. Socransky, A.D. Haffajee, C. Smith, L. Martin, J.A. Haffajee, N.G. Uzel, J. M. Goodson (2004). "Use of checkerboard DNA–DNA hybridization to study complex microbial ecosystems". Oral Microbiology and Immunology. 19 (6). ss. 352-362.

[5] "THE DNA-DNA HYBRIDIZATION TECHNIQUE: Methods and discussions about groups, by Dr. Charles G. Sibley". 29 Ocak 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ekim 2007.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]