Les chercheurs veulent aborder toute la complexité des socio-écosystèmes (SES) afférents aux dynamiques biophysiques, sociales ainsi qu’à leurs interactions. Afin d'aborder cette complexité, ils ont recours à des modèles de simulation de plus en plus complexes, dont l'initialisation et l'observation sont devenues difficiles à mettre en œuvre. Toutefois, aucun cadre générique n'a encore été développé pour résoudre ce problème. L’objectif de cette thèse est de proposer un cadre générique pour la spécification et la mise en œuvre de l'initialisation, à partir de nombreuses données hétérogènes, et l'observation pour produire les indicateurs souhaités par les thématiciens. Le résultat est un ensemble d’outils et de savoir-faire, permettant aux thématiciens de spécifier et d’automatiser l'ensemble du processus d'exploitation d’un modèle de simulation, de l'initialisation à la production des indicateurs. Pour cela, nous proposons de formuler l'initialisation et l'observation des modèles de simulation en des transformations entre données et structures de données. Cette formulation permet d'utiliser les concepts de l’ingénierie dirigée par les modèles (IDM) afin de mettre en œuvre des langages dédiés (DSL). Ces derniers fournissent les concepts nécessaires permettant aux thématiciens de spécifier plus facilement l’initialisation et l’observation de modèles de SES.